More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1347 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_1347  DNA polymerase III epsilon subunit  100 
 
 
283 aa  583  1.0000000000000001e-165  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000179804  normal  0.207247 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3900  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.95 
 
 
269 aa  342  5e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5942  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  56.51 
 
 
270 aa  326  3e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1888  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  55.17 
 
 
328 aa  305  8.000000000000001e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.44 
 
 
257 aa  294  1e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_002950  PG1852  exonuclease  51.71 
 
 
259 aa  275  6e-73  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  52.65 
 
 
256 aa  274  1.0000000000000001e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13583  putative DNA polymerase III epsilon chain  51.12 
 
 
258 aa  266  2e-70  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0008  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  50.75 
 
 
258 aa  265  5.999999999999999e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.970645  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.73 
 
 
308 aa  96.7  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.19 
 
 
240 aa  77  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.72 
 
 
547 aa  75.5  0.0000000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  25 
 
 
240 aa  73.2  0.000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.19 
 
 
240 aa  72  0.00000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
453 aa  72  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.4 
 
 
695 aa  71.2  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.06 
 
 
481 aa  71.2  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.18 
 
 
530 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0688  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.02 
 
 
247 aa  70.9  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.219348  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.44 
 
 
463 aa  70.5  0.00000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  26.1 
 
 
232 aa  69.7  0.00000000006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3445  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.14 
 
 
262 aa  68.9  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0147122  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.34 
 
 
715 aa  68.2  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28650  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  28.64 
 
 
241 aa  67.8  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.50801 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1384  Rad3-related DNA helicase  32.53 
 
 
797 aa  67.8  0.0000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  30.38 
 
 
791 aa  67  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0524  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.65 
 
 
835 aa  66.6  0.0000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00517102  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  31.52 
 
 
242 aa  67  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.74 
 
 
398 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08720  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  27.98 
 
 
238 aa  65.9  0.0000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.84 
 
 
378 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3970  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.12 
 
 
406 aa  65.9  0.0000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.126437  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.84 
 
 
375 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.84 
 
 
375 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.84 
 
 
375 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  37.5 
 
 
530 aa  65.5  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  25.88 
 
 
250 aa  64.7  0.000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.26 
 
 
300 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.21 
 
 
482 aa  64.3  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.53 
 
 
375 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2481  DNA polymerase III subunit epsilon  26.64 
 
 
236 aa  63.9  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000473559 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.03 
 
 
442 aa  63.9  0.000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.84 
 
 
375 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.67 
 
 
479 aa  63.5  0.000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  31.33 
 
 
231 aa  62.8  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0640  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.57 
 
 
238 aa  62.8  0.000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.893813  normal  0.641508 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  30.36 
 
 
242 aa  62.4  0.000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  39.42 
 
 
244 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  27.48 
 
 
457 aa  61.6  0.00000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  36.07 
 
 
379 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  39.42 
 
 
244 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  39.42 
 
 
244 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.19 
 
 
659 aa  62  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.5 
 
 
392 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0314  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.4 
 
 
243 aa  60.8  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.124129 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.28 
 
 
252 aa  60.5  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0549  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.11 
 
 
342 aa  60.5  0.00000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.860226  hitchhiker  0.000115657 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  31.01 
 
 
695 aa  60.1  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  27.7 
 
 
584 aa  60.1  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.39 
 
 
462 aa  60.1  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.71 
 
 
395 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  26.8 
 
 
1433 aa  60.1  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  26.29 
 
 
970 aa  60.1  0.00000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.01 
 
 
695 aa  59.7  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  31.75 
 
 
714 aa  60.1  0.00000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  26.29 
 
 
1433 aa  59.3  0.00000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  31.36 
 
 
707 aa  59.3  0.00000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.11 
 
 
498 aa  59.3  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  30.43 
 
 
1402 aa  58.9  0.00000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  36.89 
 
 
240 aa  58.9  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15120  DNA polymerase III subunit epsilon  27.17 
 
 
228 aa  58.9  0.00000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4913  DNA polymerase III subunit epsilon  26.74 
 
 
389 aa  59.3  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.157801  hitchhiker  0.00553803 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  39.05 
 
 
1365 aa  58.9  0.00000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  27.47 
 
 
1433 aa  58.5  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  27.47 
 
 
1433 aa  58.5  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  27.47 
 
 
1433 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.84 
 
 
470 aa  58.2  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  27.47 
 
 
1433 aa  58.5  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  27.47 
 
 
1433 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.67 
 
 
449 aa  58.5  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  36.54 
 
 
242 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2759  DNA polymerase III subunit epsilon  26.7 
 
 
254 aa  58.9  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.137424  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  31.93 
 
 
234 aa  58.2  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0559  exonuclease  23.62 
 
 
234 aa  57.8  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  30.49 
 
 
245 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  36.54 
 
 
242 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  31.93 
 
 
234 aa  58.2  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  29.44 
 
 
240 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  39.42 
 
 
244 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0183  DNA polymerase III subunit epsilon  32.43 
 
 
250 aa  57  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.168499  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  25.77 
 
 
1433 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.95 
 
 
225 aa  57  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5735  DNA polymerase III subunit epsilon  26.9 
 
 
237 aa  57.4  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.96 
 
 
242 aa  57.4  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  25.77 
 
 
1433 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  30.18 
 
 
551 aa  57.4  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1025  DNA polymerase III, epsilon subunit/ATP-dependent helicase DinG  26.63 
 
 
902 aa  56.6  0.0000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.03 
 
 
242 aa  56.2  0.0000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  29.09 
 
 
1432 aa  56.6  0.0000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  31.36 
 
 
954 aa  56.2  0.0000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>