166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1670 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1670  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 190 aa  397  9.999999999999999e-111  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.217345  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0371  DNA polymerase III, alpha subunit  48.17 
 
 		 1485 aa  181  8.000000000000001e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04615  putative DNA polymerase III alpha subunit  45.83 
 
 		 1454 aa  172  2.9999999999999996e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0866  DNA polymerase III, alpha subunit  45.36 
 
 		 1476 aa  170  1e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00672697 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0639  exonuclease  45.31 
 
 		 215 aa  169  3e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0446468 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1310  DNA polymerase III, alpha subunit  44.79 
 
 		 1510 aa  164  8e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2298  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.13 
 
 		 193 aa  143  1e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.207631 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6834  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.22 
 
 		 193 aa  139  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000544485  normal  0.0136753 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1552  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.2 
 
 		 213 aa  105  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0259008  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2722  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.85 
 
 		 187 aa  92.8  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1721  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.31 
 
 		 203 aa  91.3  8e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431588  hitchhiker  0.0000758333 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3681  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.16 
 
 		 200 aa  85.5  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0011  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.94 
 
 		 189 aa  70.1  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.536124  hitchhiker  0.000865916 
 
 
-
 
NC_002950  PG0172  exonuclease  31.28 
 
 		 260 aa  69.7  0.00000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1161  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.43 
 
 		 189 aa  69.7  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.03 
 
 		 189 aa  66.2  0.0000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.929727  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0139  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.52 
 
 		 190 aa  64.7  0.0000000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0192788 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0699  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.08 
 
 		 191 aa  63.5  0.000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.192375  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1764  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.52 
 
 		 191 aa  62.8  0.000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.387329  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6889  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.65 
 
 		 293 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.796423  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2759  DNA polymerase III subunit epsilon  34.15 
 
 		 254 aa  62  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.137424  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4419  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.35 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.280676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1920  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  28.5 
 
 		 204 aa  58.2  0.00000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.931749  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0866  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.66 
 
 		 204 aa  57.8  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.183272 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2342  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.81 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.944243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  28.42 
 
 		 168 aa  56.6  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1638  DNA polymerase III, epsilon subunit, putative  27.98 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.400233  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3445  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.43 
 
 		 262 aa  56.2  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0147122  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2362  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.65 
 
 		 201 aa  55.5  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0173378  hitchhiker  0.0000149348 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3970  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.22 
 
 		 406 aa  55.8  0.0000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.126437  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  29.95 
 
 		 242 aa  55.5  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  28.89 
 
 		 232 aa  55.1  0.0000006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2943  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.7 
 
 		 410 aa  55.1  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000266032  decreased coverage  0.0000042458 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08720  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  38.1 
 
 		 238 aa  54.7  0.0000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0436  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.66 
 
 		 339 aa  54.7  0.0000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0464133  normal  0.956681 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.42 
 
 		 565 aa  53.9  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4959  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.67 
 
 		 277 aa  54.3  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.865455  normal  0.183971 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4913  DNA polymerase III subunit epsilon  27.81 
 
 		 389 aa  53.1  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.157801  hitchhiker  0.00553803 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.32 
 
 		 234 aa  53.1  0.000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2481  DNA polymerase III subunit epsilon  25.82 
 
 		 236 aa  53.1  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000473559 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5735  DNA polymerase III subunit epsilon  31.91 
 
 		 237 aa  53.1  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.84 
 
 		 228 aa  52  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.42 
 
 		 721 aa  51.6  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.82 
 
 		 231 aa  51.6  0.000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.74 
 
 		 719 aa  51.6  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.83 
 
 		 498 aa  51.2  0.000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0095  DNA polymerase III PolC  31.67 
 
 		 1464 aa  51.2  0.000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  27.42 
 
 		 240 aa  51.2  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9062  DNA-directed DNA polymerase  28.77 
 
 		 189 aa  50.8  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.71 
 
 		 328 aa  50.4  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.43 
 
 		 706 aa  51.2  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.42 
 
 		 769 aa  50.8  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  30.27 
 
 		 231 aa  51.2  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  28.72 
 
 		 234 aa  50.1  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.6 
 
 		 228 aa  50.1  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.42 
 
 		 722 aa  49.7  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  30.71 
 
 		 245 aa  50.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  28.72 
 
 		 234 aa  50.1  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.08 
 
 		 231 aa  49.7  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0978  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.68 
 
 		 280 aa  49.7  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0235504  normal  0.0652516 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15120  DNA polymerase III subunit epsilon  30.51 
 
 		 228 aa  49.7  0.00003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  28.72 
 
 		 954 aa  49.7  0.00003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.94 
 
 		 180 aa  48.9  0.00005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.58 
 
 		 230 aa  48.5  0.00006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.9 
 
 		 230 aa  48.5  0.00006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  27.55 
 
 		 1438 aa  48.5  0.00006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  27.55 
 
 		 1438 aa  48.5  0.00006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 		 236 aa  48.1  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.81 
 
 		 463 aa  48.1  0.00007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.19 
 
 		 532 aa  48.1  0.00007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2319  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.97 
 
 		 217 aa  48.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.127163  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.85 
 
 		 239 aa  48.1  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0524  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.16 
 
 		 835 aa  48.1  0.00008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00517102  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.92 
 
 		 226 aa  48.1  0.00008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.58 
 
 		 232 aa  48.1  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 		 241 aa  47.8  0.00009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  31.36 
 
 		 217 aa  47.4  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  27.42 
 
 		 1436 aa  47.4  0.0001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2347  exonuclease  23.63 
 
 		 313 aa  47  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  27.89 
 
 		 719 aa  47.4  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06861  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  28.46 
 
 		 270 aa  47.8  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3860  DNA polymerase III epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease-like protein  25.74 
 
 		 407 aa  47.4  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0792878  normal  0.0698195 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.33 
 
 		 231 aa  47  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.05 
 
 		 659 aa  46.6  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  30.73 
 
 		 1440 aa  46.6  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1041  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.06 
 
 		 241 aa  47  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.62 
 
 		 239 aa  45.8  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  32.5 
 
 		 527 aa  46.2  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  28.93 
 
 		 1433 aa  46.2  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0251  exonuclease  26.86 
 
 		 256 aa  45.8  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.58 
 
 		 231 aa  46.2  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2429  DNA polymerase III PolC  33.05 
 
 		 1635 aa  46.2  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  29.41 
 
 		 181 aa  45.4  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.83 
 
 		 231 aa  45.4  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.3 
 
 		 236 aa  45.8  0.0004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.57 
 
 		 449 aa  45.8  0.0004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0640  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.97 
 
 		 238 aa  45.8  0.0004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.893813  normal  0.641508 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  27.81 
 
 		 242 aa  45.8  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35510  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  32.06 
 
 		 611 aa  45.8  0.0004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0183  DNA polymerase III subunit epsilon  29.41 
 
 		 250 aa  45.4  0.0005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.168499  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>