More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2319 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_2319  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
217 aa  451  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.127163  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2362  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  53.44 
 
 
201 aa  206  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0173378  hitchhiker  0.0000149348 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2342  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  48.4 
 
 
201 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.944243  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3499  exonuclease  51.61 
 
 
198 aa  178  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108148  hitchhiker  4.31103e-25 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003462  DNA polymerase III alpha subunit (gram-positive type)  45.11 
 
 
205 aa  144  8.000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02308  hypothetical protein  44.2 
 
 
217 aa  141  7e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0012  DNA polymerase III fragment  45.83 
 
 
287 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0007  YacC  40.34 
 
 
282 aa  131  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.292935  normal 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6889  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  40.45 
 
 
293 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.796423  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4217  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.18 
 
 
302 aa  103  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.77511  normal 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0181  putative exonuclease  42.31 
 
 
289 aa  96.3  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.66165  normal  0.100194 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.48 
 
 
330 aa  89.4  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.765348  normal 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4659  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.11 
 
 
203 aa  80.5  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.102752 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  30.29 
 
 
551 aa  69.7  0.00000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  29.28 
 
 
299 aa  69.3  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  28.9 
 
 
578 aa  68.6  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  31.49 
 
 
645 aa  68.6  0.00000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  40.62 
 
 
239 aa  67.8  0.0000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  27.42 
 
 
315 aa  67  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  27.81 
 
 
315 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  38.54 
 
 
252 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  26.88 
 
 
315 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.23 
 
 
237 aa  66.6  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  26.88 
 
 
315 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  26.88 
 
 
315 aa  65.9  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  26.88 
 
 
315 aa  65.9  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  30.81 
 
 
232 aa  65.1  0.0000000007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0549  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.18 
 
 
342 aa  65.1  0.0000000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.860226  hitchhiker  0.000115657 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.46 
 
 
695 aa  64.7  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.66 
 
 
239 aa  64.7  0.0000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  26.88 
 
 
315 aa  64.7  0.0000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.72 
 
 
201 aa  64.3  0.000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  26.34 
 
 
315 aa  64.3  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.59 
 
 
240 aa  64.7  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2764  hypothetical protein  28.07 
 
 
120 aa  64.3  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.78 
 
 
240 aa  64.3  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.81 
 
 
240 aa  64.3  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.81 
 
 
238 aa  64.7  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  31.25 
 
 
603 aa  63.9  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.18 
 
 
459 aa  63.5  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  26.34 
 
 
315 aa  63.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.07 
 
 
232 aa  63.5  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  26.34 
 
 
315 aa  63.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.46 
 
 
238 aa  63.9  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1880  DNA-directed DNA polymerase  34.38 
 
 
242 aa  63.5  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0115193  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.18 
 
 
236 aa  63.2  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  38 
 
 
228 aa  62.8  0.000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  34.3 
 
 
485 aa  62.8  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  28.11 
 
 
617 aa  62.8  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  36.26 
 
 
244 aa  62.4  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.27 
 
 
231 aa  62  0.000000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.46 
 
 
232 aa  62.4  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.18 
 
 
235 aa  62  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  26.64 
 
 
1447 aa  62  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 
956 aa  61.6  0.000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.78 
 
 
729 aa  61.6  0.000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0866  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.14 
 
 
204 aa  61.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.183272 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  35.42 
 
 
695 aa  61.6  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.42 
 
 
695 aa  61.6  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.62 
 
 
449 aa  61.2  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1825  DNA polymerase III subunit epsilon  30.84 
 
 
247 aa  61.2  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.33 
 
 
944 aa  61.2  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.07 
 
 
243 aa  61.2  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  36.73 
 
 
707 aa  60.1  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  28.49 
 
 
601 aa  60.1  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.59 
 
 
205 aa  60.5  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.22 
 
 
240 aa  60.1  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.81 
 
 
659 aa  60.5  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  37.89 
 
 
254 aa  60.1  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.07 
 
 
237 aa  59.7  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  30.67 
 
 
1442 aa  59.7  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1144  DNA polymerase III subunit epsilon  28.57 
 
 
245 aa  60.1  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.65 
 
 
231 aa  59.7  0.00000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.32 
 
 
231 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  37.89 
 
 
254 aa  60.1  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  29.45 
 
 
1433 aa  59.7  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  30.29 
 
 
719 aa  60.1  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0836  conserved hypothetical protein, putative exonuclease  28.93 
 
 
459 aa  59.7  0.00000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000965957  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  37.89 
 
 
254 aa  60.1  0.00000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.92 
 
 
731 aa  60.1  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2111  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.34 
 
 
242 aa  59.7  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000449377  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  29.45 
 
 
970 aa  59.3  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.79 
 
 
239 aa  59.3  0.00000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.63 
 
 
239 aa  59.3  0.00000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.7 
 
 
231 aa  59.3  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  29.45 
 
 
1433 aa  59.3  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  35.71 
 
 
729 aa  59.7  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  28.32 
 
 
590 aa  58.9  0.00000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  29.45 
 
 
1433 aa  59.3  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3135  DNA polymerase III subunit epsilon  28.02 
 
 
245 aa  58.9  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.530396  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  29.45 
 
 
1433 aa  59.3  0.00000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002773  DNA polymerase III epsilon subunit  30 
 
 
240 aa  58.9  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.69 
 
 
231 aa  58.9  0.00000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  27.59 
 
 
570 aa  59.3  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.5 
 
 
238 aa  58.9  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0749  DNA polymerase III subunit epsilon  33.68 
 
 
245 aa  58.9  0.00000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.249034 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  35 
 
 
715 aa  58.9  0.00000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.07 
 
 
215 aa  58.9  0.00000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  28.87 
 
 
1433 aa  58.5  0.00000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.76 
 
 
236 aa  58.5  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>