More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4798 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_4798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
330 aa  666    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.765348  normal 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4217  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  63.92 
 
 
302 aa  364  1e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.77511  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0012  DNA polymerase III fragment  31.42 
 
 
287 aa  107  3e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2342  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.9 
 
 
201 aa  97.1  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.944243  normal 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6889  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.15 
 
 
293 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.796423  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2362  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.72 
 
 
201 aa  93.2  5e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0173378  hitchhiker  0.0000149348 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2319  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.48 
 
 
217 aa  89  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.127163  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0007  YacC  33.09 
 
 
282 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.292935  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3499  exonuclease  37.2 
 
 
198 aa  82.4  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108148  hitchhiker  4.31103e-25 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003462  DNA polymerase III alpha subunit (gram-positive type)  29.63 
 
 
205 aa  79.3  0.00000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02308  hypothetical protein  30.43 
 
 
217 aa  77.8  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0836  conserved hypothetical protein, putative exonuclease  36.84 
 
 
459 aa  76.3  0.0000000000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000965957  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0181  putative exonuclease  35.26 
 
 
289 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.66165  normal  0.100194 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
267 aa  64.3  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  36.45 
 
 
242 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2183  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.39 
 
 
233 aa  64.3  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.536096  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0839  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
236 aa  64.3  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  41.84 
 
 
719 aa  64.3  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  36.45 
 
 
242 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  37.37 
 
 
242 aa  63.5  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.45 
 
 
237 aa  63.2  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.43 
 
 
232 aa  63.2  0.000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.862026 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4141  DNA polymerase III subunit epsilon  35.78 
 
 
252 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.962875  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1724  DNA polymerase III subunit epsilon  35.78 
 
 
252 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  37.61 
 
 
242 aa  62.8  0.000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.5 
 
 
226 aa  62  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3713  DNA polymerase III subunit epsilon  34.86 
 
 
252 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.687255  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.64 
 
 
231 aa  62  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.37 
 
 
237 aa  61.2  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  36.45 
 
 
240 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.56 
 
 
225 aa  61.6  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1041  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.5 
 
 
241 aa  61.6  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.79 
 
 
235 aa  61.2  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3135  DNA polymerase III subunit epsilon  33.04 
 
 
245 aa  61.6  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.530396  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3466  DNA polymerase III subunit epsilon  34.86 
 
 
254 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1296  DNA polymerase III subunit epsilon  35 
 
 
239 aa  61.6  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3952  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.5 
 
 
169 aa  61.6  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1361  DNA polymerase III subunit epsilon  35 
 
 
239 aa  61.2  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.64 
 
 
231 aa  60.8  0.00000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1010  DNA polymerase III subunit epsilon  33.93 
 
 
244 aa  60.8  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.296834  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  32.28 
 
 
249 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.98 
 
 
722 aa  60.5  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  31.48 
 
 
244 aa  60.5  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1144  DNA polymerase III subunit epsilon  33.93 
 
 
245 aa  60.5  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  32.52 
 
 
244 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2256  DNA polymerase III, epsilon subunit  35 
 
 
234 aa  60.1  0.00000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.313606 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0352  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.5 
 
 
426 aa  60.1  0.00000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4659  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.63 
 
 
203 aa  60.1  0.00000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.102752 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  29.19 
 
 
180 aa  59.7  0.00000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1764  DNA polymerase III subunit epsilon  32.11 
 
 
259 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.743789  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 
239 aa  59.7  0.00000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5104  hypothetical protein  30.26 
 
 
320 aa  59.7  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.547359  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1250  DNA polymerase III subunit epsilon  32.28 
 
 
244 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687426  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  35.35 
 
 
244 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.63 
 
 
239 aa  59.7  0.00000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2398  DNA polymerase III subunit epsilon  33.91 
 
 
243 aa  59.7  0.00000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3993  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.74 
 
 
238 aa  59.3  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0718563  normal  0.0295208 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  34.25 
 
 
1440 aa  59.3  0.00000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.75 
 
 
253 aa  59.3  0.00000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  34.12 
 
 
181 aa  58.9  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3711  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.11 
 
 
257 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1027  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.82 
 
 
236 aa  59.3  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.134047  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.9 
 
 
236 aa  58.9  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  32.46 
 
 
254 aa  58.5  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  32.46 
 
 
254 aa  58.5  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.77 
 
 
238 aa  58.5  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  32.52 
 
 
244 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2284  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.94 
 
 
240 aa  58.9  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  32.52 
 
 
244 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  32.46 
 
 
254 aa  58.5  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  32.52 
 
 
244 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02468  DNA polymerase III subunit epsilon  35.59 
 
 
244 aa  58.2  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.650155  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  36.11 
 
 
238 aa  58.2  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.92 
 
 
237 aa  58.2  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.07 
 
 
731 aa  58.5  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  31.19 
 
 
252 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4426  DNA polymerase III subunit epsilon  32.52 
 
 
244 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000436585  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.93 
 
 
234 aa  58.5  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.92 
 
 
237 aa  58.5  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.75 
 
 
201 aa  58.2  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.19 
 
 
243 aa  57.8  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2379  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.74 
 
 
237 aa  57.8  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  34.31 
 
 
253 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  34.31 
 
 
253 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  34.31 
 
 
253 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  34.31 
 
 
253 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  31.71 
 
 
244 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.78 
 
 
237 aa  57.8  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.34 
 
 
239 aa  57.4  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  34.31 
 
 
253 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  31.5 
 
 
244 aa  57  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  32.11 
 
 
246 aa  57  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  32.11 
 
 
246 aa  57  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  30.25 
 
 
527 aa  56.6  0.0000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  32.73 
 
 
252 aa  57  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.37 
 
 
236 aa  56.6  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  34.26 
 
 
241 aa  56.6  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.16 
 
 
240 aa  56.6  0.0000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2148  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.95 
 
 
235 aa  56.2  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2838  DNA polymerase III subunit epsilon  32.14 
 
 
244 aa  56.2  0.0000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>