More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeHA_A0007 on replicon NC_011081
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011081  SeHA_A0007  YacC  100 
 
 
282 aa  581  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.292935  normal 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0181  putative exonuclease  50.53 
 
 
289 aa  274  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.66165  normal  0.100194 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2319  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.34 
 
 
217 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.127163  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3499  exonuclease  38.76 
 
 
198 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108148  hitchhiker  4.31103e-25 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2342  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.17 
 
 
201 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.944243  normal 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2362  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.16 
 
 
201 aa  118  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0173378  hitchhiker  0.0000149348 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6889  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  39.88 
 
 
293 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.796423  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0012  DNA polymerase III fragment  27.24 
 
 
287 aa  87  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02308  hypothetical protein  31.07 
 
 
217 aa  87  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003462  DNA polymerase III alpha subunit (gram-positive type)  31.64 
 
 
205 aa  85.9  7e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4217  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.04 
 
 
302 aa  82.8  0.000000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.77511  normal 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4659  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.66 
 
 
203 aa  82  0.00000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.102752 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.09 
 
 
330 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.765348  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
231 aa  64.3  0.000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.65 
 
 
300 aa  62  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
215 aa  60.5  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.07 
 
 
231 aa  60.1  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.44 
 
 
232 aa  60.1  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0836  conserved hypothetical protein, putative exonuclease  26.98 
 
 
459 aa  59.7  0.00000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000965957  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.38 
 
 
659 aa  59.7  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.44 
 
 
232 aa  59.7  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.46 
 
 
228 aa  59.7  0.00000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.74 
 
 
239 aa  59.3  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.12 
 
 
944 aa  58.5  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  31.06 
 
 
222 aa  57.8  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.78 
 
 
236 aa  58.2  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.75 
 
 
240 aa  57.4  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.51 
 
 
231 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.75 
 
 
240 aa  57.8  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3241  exonuclease  24.16 
 
 
281 aa  57  0.0000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000143121  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2764  hypothetical protein  31.86 
 
 
120 aa  57  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.66 
 
 
921 aa  57  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.48 
 
 
201 aa  55.8  0.0000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0262  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.9 
 
 
243 aa  55.8  0.0000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.88 
 
 
203 aa  55.8  0.0000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0008  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 
258 aa  55.5  0.0000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.970645  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.26 
 
 
239 aa  55.5  0.0000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  26.54 
 
 
239 aa  55.5  0.000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1671  exonuclease  26.15 
 
 
281 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000109537  decreased coverage  8.31519e-23 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  29.76 
 
 
252 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.14 
 
 
231 aa  55.1  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.61 
 
 
240 aa  55.1  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  25.12 
 
 
205 aa  54.3  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.07 
 
 
231 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
239 aa  54.7  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.74 
 
 
235 aa  54.7  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  28.93 
 
 
530 aa  54.3  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  32.24 
 
 
719 aa  54.3  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.81 
 
 
405 aa  54.3  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.11 
 
 
267 aa  53.9  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1764  DNA polymerase III subunit epsilon  29.28 
 
 
259 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.743789  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
240 aa  53.9  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0749  DNA polymerase III subunit epsilon  32.29 
 
 
245 aa  53.9  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.249034 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3952  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.44 
 
 
169 aa  53.5  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  33.53 
 
 
551 aa  53.5  0.000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.82 
 
 
934 aa  53.5  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.36 
 
 
238 aa  53.5  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.95 
 
 
236 aa  53.1  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.69 
 
 
239 aa  53.5  0.000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  34.38 
 
 
244 aa  53.1  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.42 
 
 
234 aa  53.1  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.17 
 
 
547 aa  52.8  0.000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  29.57 
 
 
252 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.86 
 
 
184 aa  52.8  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.11 
 
 
235 aa  52.4  0.000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.86 
 
 
184 aa  52.8  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.65 
 
 
237 aa  52.8  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.54 
 
 
234 aa  52.4  0.000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3332  exonuclease  23.38 
 
 
281 aa  52.4  0.000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000115219  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3296  exonuclease  23.38 
 
 
281 aa  52.4  0.000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  5.1337599999999993e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3247  exonuclease  23.38 
 
 
281 aa  52.4  0.000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000808174  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3547  exonuclease  23.38 
 
 
281 aa  52.4  0.000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.95667e-42 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.58 
 
 
237 aa  52.4  0.000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4141  DNA polymerase III subunit epsilon  30.89 
 
 
252 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.962875  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  28.68 
 
 
184 aa  51.6  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  36 
 
 
225 aa  51.6  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3713  DNA polymerase III subunit epsilon  30.89 
 
 
252 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.687255  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.46 
 
 
308 aa  52  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.93 
 
 
231 aa  52  0.00001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3593  exonuclease  25.38 
 
 
242 aa  52  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391718  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.98 
 
 
241 aa  52  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0839  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.38 
 
 
236 aa  51.6  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3466  DNA polymerase III subunit epsilon  30.89 
 
 
254 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1724  DNA polymerase III subunit epsilon  30.89 
 
 
252 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3002  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.31 
 
 
372 aa  52  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.457806  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.98 
 
 
978 aa  52  0.00001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  29.24 
 
 
246 aa  52  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1010  DNA polymerase III subunit epsilon  31.25 
 
 
244 aa  52  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.296834  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00208  DNA polymerase III subunit epsilon  31.25 
 
 
243 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3393  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.25 
 
 
246 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.882986  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3552  exonuclease  23.38 
 
 
281 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000804471  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0211  DNA polymerase III subunit epsilon  31.25 
 
 
243 aa  51.2  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.29 
 
 
228 aa  51.2  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0227  DNA polymerase III subunit epsilon  31.25 
 
 
243 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.302916  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.02 
 
 
230 aa  51.2  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00213  hypothetical protein  31.25 
 
 
243 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2943  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.88 
 
 
410 aa  51.6  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000266032  decreased coverage  0.0000042458 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0229  DNA polymerase III subunit epsilon  31.25 
 
 
246 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0164844  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.03 
 
 
498 aa  51.6  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.92 
 
 
956 aa  50.8  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589249 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>