More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_4659 on replicon NC_009806
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009806  Krad_4659  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
203 aa  403  1.0000000000000001e-112  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.102752 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2362  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.52 
 
 
201 aa  97.8  9e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0173378  hitchhiker  0.0000149348 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2342  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.03 
 
 
201 aa  94.7  8e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.944243  normal 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0181  putative exonuclease  40.3 
 
 
289 aa  94  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.66165  normal  0.100194 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3002  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.22 
 
 
372 aa  92.8  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.457806  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0012  DNA polymerase III fragment  28.87 
 
 
287 aa  90.5  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6889  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.89 
 
 
293 aa  85.1  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.796423  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0007  YacC  34.66 
 
 
282 aa  82  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.292935  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2319  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.11 
 
 
217 aa  80.5  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.127163  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3499  exonuclease  30.81 
 
 
198 aa  80.5  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108148  hitchhiker  4.31103e-25 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02308  hypothetical protein  28.81 
 
 
217 aa  74.3  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  31.45 
 
 
530 aa  72.8  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.68 
 
 
378 aa  72  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003462  DNA polymerase III alpha subunit (gram-positive type)  28.9 
 
 
205 aa  72  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.3 
 
 
398 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.91 
 
 
375 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.91 
 
 
375 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.91 
 
 
375 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.88 
 
 
375 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.12 
 
 
530 aa  69.3  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  31.1 
 
 
379 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.63 
 
 
375 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.49 
 
 
392 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.86 
 
 
240 aa  67  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.9 
 
 
659 aa  66.6  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.18 
 
 
405 aa  66.6  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.56 
 
 
695 aa  65.9  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4217  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.56 
 
 
302 aa  65.9  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.77511  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.66 
 
 
383 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.86 
 
 
240 aa  63.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  32.45 
 
 
244 aa  63.5  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.97 
 
 
453 aa  63.5  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.26 
 
 
220 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2120  exodeoxyribonuclease X  32.26 
 
 
220 aa  63.2  0.000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0714  exonuclease  32.34 
 
 
516 aa  62.8  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.86 
 
 
240 aa  62.8  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1788  exodeoxyribonuclease X  32.26 
 
 
220 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0941 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1342  exodeoxyribonuclease X  32.26 
 
 
220 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.214775 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2074  exodeoxyribonuclease X  32.26 
 
 
220 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1935  exodeoxyribonuclease X  32.26 
 
 
220 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.27 
 
 
395 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01815  exodeoxyribonuclease X  32.26 
 
 
220 aa  62.4  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01803  hypothetical protein  32.26 
 
 
220 aa  62.4  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2092  exodeoxyribonuclease X  32.26 
 
 
232 aa  62  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1246  exodeoxyribonuclease X  32.26 
 
 
232 aa  62  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.940165  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2037  exodeoxyribonuclease X  32.26 
 
 
232 aa  62  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0918048 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2032  exodeoxyribonuclease X  32.26 
 
 
232 aa  61.6  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.786881 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1371  exodeoxyribonuclease X  32.26 
 
 
232 aa  61.6  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000325159 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.45 
 
 
453 aa  61.6  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3040  DNA polymerase/helicase  30.36 
 
 
381 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476773  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  29.83 
 
 
695 aa  60.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0436  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.89 
 
 
339 aa  60.8  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0464133  normal  0.956681 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2940  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  30.36 
 
 
381 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000147558  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3006  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  30.36 
 
 
381 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00547496  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  33.04 
 
 
714 aa  60.8  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2580  exodeoxyribonuclease X  31.61 
 
 
220 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.345038  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  28.48 
 
 
168 aa  60.1  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  37.5 
 
 
246 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.06 
 
 
462 aa  60.5  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  30.77 
 
 
1433 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  37.5 
 
 
246 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.28 
 
 
695 aa  60.1  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  28.24 
 
 
485 aa  59.7  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2415  exodeoxyribonuclease X  30.43 
 
 
220 aa  59.7  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.63 
 
 
330 aa  59.7  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.765348  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.74 
 
 
180 aa  59.3  0.00000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  31.52 
 
 
181 aa  58.9  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.34 
 
 
225 aa  58.9  0.00000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3952  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.52 
 
 
169 aa  58.5  0.00000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.13 
 
 
470 aa  58.5  0.00000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.1 
 
 
502 aa  58.5  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4419  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.98 
 
 
224 aa  58.5  0.00000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.280676  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4987  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.56 
 
 
256 aa  58.2  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.94 
 
 
226 aa  58.2  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  28.31 
 
 
242 aa  57.8  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  29.06 
 
 
1433 aa  57.8  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  35.58 
 
 
244 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  28.1 
 
 
791 aa  57.8  0.0000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  31.73 
 
 
242 aa  57.4  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2340  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.92 
 
 
257 aa  57  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  0.684331 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  29.06 
 
 
970 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  29.06 
 
 
1433 aa  57  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  29.06 
 
 
1433 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  29.06 
 
 
1433 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  29.06 
 
 
1433 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  30.12 
 
 
570 aa  57.4  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  26 
 
 
527 aa  57  0.0000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.4 
 
 
232 aa  57  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.862026 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  26.44 
 
 
254 aa  57.4  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  26.44 
 
 
254 aa  57.4  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  29.06 
 
 
1433 aa  57  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  29.06 
 
 
1433 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.12 
 
 
482 aa  57  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  26.44 
 
 
254 aa  57.4  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1501  DNA-directed DNA polymerase  28.83 
 
 
267 aa  57  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0237591 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
239 aa  57.4  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  29.06 
 
 
1433 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.65 
 
 
237 aa  57  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  30.11 
 
 
236 aa  56.2  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  33.01 
 
 
238 aa  56.6  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>