More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003462 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_003462  DNA polymerase III alpha subunit (gram-positive type)  100 
 
 
205 aa  431  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02308  hypothetical protein  90.05 
 
 
217 aa  384  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2319  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.11 
 
 
217 aa  144  7.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.127163  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2342  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.16 
 
 
201 aa  141  7e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.944243  normal 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2362  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.81 
 
 
201 aa  137  8.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0173378  hitchhiker  0.0000149348 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3499  exonuclease  42.62 
 
 
198 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108148  hitchhiker  4.31103e-25 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0012  DNA polymerase III fragment  35.93 
 
 
287 aa  87.8  1e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0007  YacC  31.64 
 
 
282 aa  85.9  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.292935  normal 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6889  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.8 
 
 
293 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.796423  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.63 
 
 
330 aa  79.7  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.765348  normal 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4217  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.89 
 
 
302 aa  77  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.77511  normal 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4659  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.9 
 
 
203 aa  72  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.102752 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.32 
 
 
205 aa  68.9  0.00000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0181  putative exonuclease  29.85 
 
 
289 aa  67  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.66165  normal  0.100194 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  29.78 
 
 
239 aa  64.3  0.000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2764  hypothetical protein  30 
 
 
120 aa  64.3  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  37.74 
 
 
1397 aa  63.5  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.26 
 
 
956 aa  60.8  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.74 
 
 
232 aa  59.7  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  26.06 
 
 
720 aa  59.7  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.29 
 
 
944 aa  59.3  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.38 
 
 
498 aa  58.9  0.00000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0549  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.92 
 
 
342 aa  58.2  0.00000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.860226  hitchhiker  0.000115657 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.88 
 
 
240 aa  57.8  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.11 
 
 
243 aa  57.8  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.84 
 
 
240 aa  56.6  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1501  DNA-directed DNA polymerase  31.03 
 
 
267 aa  57  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0237591 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.84 
 
 
240 aa  56.6  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  32.14 
 
 
584 aa  57.4  0.0000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  32.98 
 
 
1433 aa  56.2  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2284  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.19 
 
 
240 aa  55.8  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  30.61 
 
 
170 aa  55.8  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.68 
 
 
186 aa  55.8  0.0000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.69 
 
 
595 aa  55.5  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  31.39 
 
 
232 aa  55.1  0.0000006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.62 
 
 
215 aa  55.5  0.0000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.94 
 
 
237 aa  55.5  0.0000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.38 
 
 
695 aa  55.1  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.68 
 
 
186 aa  55.1  0.0000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  34.38 
 
 
695 aa  55.1  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.19 
 
 
234 aa  55.1  0.0000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0603  DNA polymerase III subunit epsilon  29.44 
 
 
252 aa  54.7  0.0000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  38.71 
 
 
1362 aa  55.1  0.0000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  28.87 
 
 
485 aa  54.7  0.0000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2379  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.9 
 
 
237 aa  53.9  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  42.67 
 
 
719 aa  54.3  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.38 
 
 
695 aa  53.9  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.96 
 
 
978 aa  53.9  0.000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1296  DNA polymerase III subunit epsilon  35.87 
 
 
239 aa  53.5  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  31.68 
 
 
570 aa  53.5  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1880  DNA-directed DNA polymerase  34.62 
 
 
242 aa  53.5  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0115193  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.67 
 
 
218 aa  53.1  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.67 
 
 
242 aa  52.8  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3224  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.35 
 
 
927 aa  53.1  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00101103  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.68 
 
 
225 aa  52.4  0.000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1361  DNA polymerase III subunit epsilon  35.87 
 
 
239 aa  52.4  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.67 
 
 
242 aa  52  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.59 
 
 
238 aa  52  0.000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  26.29 
 
 
1440 aa  52  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2559  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.67 
 
 
242 aa  52  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0426  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.32 
 
 
232 aa  52  0.000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.32865  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2157  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.67 
 
 
242 aa  52  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000679182  normal  0.0877249 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2234  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.67 
 
 
242 aa  52  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.32 
 
 
605 aa  52  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.89 
 
 
214 aa  51.6  0.000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1761  DNA polymerase III, epsilon chain  28.32 
 
 
236 aa  51.6  0.000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  32.98 
 
 
1442 aa  51.6  0.000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.67 
 
 
242 aa  52  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2943  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.32 
 
 
410 aa  51.6  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000266032  decreased coverage  0.0000042458 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.44 
 
 
231 aa  51.6  0.000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.32 
 
 
476 aa  51.2  0.000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2111  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.65 
 
 
242 aa  51.2  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000449377  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.34 
 
 
205 aa  51.2  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.77 
 
 
609 aa  51.2  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  30.06 
 
 
238 aa  50.4  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  26.7 
 
 
1447 aa  50.4  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  34.62 
 
 
1426 aa  50.4  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  25.57 
 
 
299 aa  50.4  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.78 
 
 
203 aa  50.1  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  25.54 
 
 
1444 aa  50.1  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.66 
 
 
242 aa  50.4  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.04 
 
 
208 aa  50.1  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.98 
 
 
237 aa  50.4  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.75 
 
 
237 aa  50.4  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  34.74 
 
 
315 aa  50.1  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.7 
 
 
243 aa  50.1  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5151  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.65 
 
 
174 aa  50.4  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.822  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.83 
 
 
252 aa  50.1  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2015  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.68 
 
 
242 aa  49.7  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000147945  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2063  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.68 
 
 
242 aa  49.7  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000471549  decreased coverage  0.000117497 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.07 
 
 
239 aa  49.7  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2323  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.68 
 
 
242 aa  49.7  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00003917  hitchhiker  0.0000904617 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  35.56 
 
 
578 aa  49.7  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2000  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.68 
 
 
242 aa  49.7  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000879357  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.63 
 
 
204 aa  49.7  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  32.29 
 
 
601 aa  49.7  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.32 
 
 
459 aa  49.7  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  33.98 
 
 
1365 aa  49.3  0.00004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.86 
 
 
231 aa  49.3  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.99 
 
 
236 aa  49.3  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>