111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1920 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1920  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 204 aa  418  1e-116  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.931749  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1638  DNA polymerase III, epsilon subunit, putative  99.51 
 
 		 204 aa  416  9.999999999999999e-116  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.400233  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1161  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  42.11 
 
 		 189 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0011  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.11 
 
 		 189 aa  144  1e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.536124  hitchhiker  0.000865916 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.47 
 
 		 189 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.929727  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0139  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.78 
 
 		 190 aa  135  5e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0192788 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1764  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.24 
 
 		 191 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.387329  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0699  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  42.7 
 
 		 191 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.192375  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  26.49 
 
 		 170 aa  58.5  0.00000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1670  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.5 
 
 		 190 aa  58.2  0.00000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.217345  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1400  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.12 
 
 		 222 aa  54.7  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3970  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.36 
 
 		 406 aa  52  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.126437  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0626  exonuclease, putative  27.2 
 
 		 224 aa  50.8  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0689924  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0588  putative exonuclease  27.2 
 
 		 224 aa  50.8  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2298  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.95 
 
 		 193 aa  51.2  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.207631 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  33.6 
 
 		 244 aa  50.4  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  28.85 
 
 		 250 aa  49.3  0.00003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4419  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.6 
 
 		 224 aa  49.7  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.280676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.21 
 
 		 201 aa  49.3  0.00004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2559  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.76 
 
 		 242 aa  48.9  0.00005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.09 
 
 		 180 aa  48.5  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4900  DNA polymerase III subunit epsilon  26.85 
 
 		 330 aa  48.5  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4989  DNA polymerase III subunit epsilon  26.85 
 
 		 330 aa  48.5  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5268  DNA polymerase III subunit epsilon  26.85 
 
 		 330 aa  48.5  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.674728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0639  exonuclease  28.22 
 
 		 215 aa  48.1  0.00008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0446468 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.85 
 
 		 267 aa  47.8  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2157  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.76 
 
 		 242 aa  47.4  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000679182  normal  0.0877249 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2234  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.76 
 
 		 242 aa  47.4  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.76 
 
 		 242 aa  48.1  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.25 
 
 		 204 aa  47.4  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2000  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.21 
 
 		 242 aa  47.8  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000879357  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2015  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.21 
 
 		 242 aa  47.8  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000147945  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2063  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.21 
 
 		 242 aa  47.8  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000471549  decreased coverage  0.000117497 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6083  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.43 
 
 		 308 aa  47.8  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2323  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.21 
 
 		 242 aa  47.8  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00003917  hitchhiker  0.0000904617 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1010  DNA polymerase III subunit epsilon  30 
 
 		 244 aa  47.8  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.296834  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.48 
 
 		 230 aa  47.4  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.83 
 
 		 231 aa  47  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.56 
 
 		 231 aa  47  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.9 
 
 		 253 aa  47.4  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  25.2 
 
 		 242 aa  47  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2943  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.46 
 
 		 410 aa  47  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000266032  decreased coverage  0.0000042458 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1292  DNA polymerase III subunit epsilon  26.53 
 
 		 345 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.23 
 
 		 237 aa  47  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1018  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.78 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.53 
 
 		 228 aa  45.8  0.0004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1250  DNA polymerase III subunit epsilon  32.8 
 
 		 244 aa  46.2  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687426  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  25 
 
 		 181 aa  45.8  0.0005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  33.33 
 
 		 233 aa  45.4  0.0005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.62 
 
 		 239 aa  45.4  0.0005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.43 
 
 		 238 aa  45.8  0.0005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  33.33 
 
 		 233 aa  45.4  0.0006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  28.07 
 
 		 231 aa  45.4  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  22.86 
 
 		 328 aa  45.4  0.0006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.95 
 
 		 243 aa  45.1  0.0007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5519  DNA polymerase III subunit epsilon  25.34 
 
 		 333 aa  45.1  0.0007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.716069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0262  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.41 
 
 		 243 aa  45.1  0.0007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1761  DNA polymerase III, epsilon chain  25 
 
 		 236 aa  45.1  0.0008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0426  DNA polymerase III, epsilon subunit  25 
 
 		 232 aa  45.1  0.0008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.32865  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0912  DNA polymerase III subunit epsilon  26.4 
 
 		 246 aa  44.7  0.0009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.71 
 
 		 226 aa  44.7  0.0009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  30.43 
 
 		 238 aa  44.3  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1618  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.95 
 
 		 234 aa  43.9  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.910547  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  26.4 
 
 		 254 aa  44.3  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  26.4 
 
 		 254 aa  44.3  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  26.4 
 
 		 254 aa  44.3  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  33.06 
 
 		 249 aa  44.7  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.26 
 
 		 235 aa  44.3  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  33.04 
 
 		 240 aa  43.9  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  33.04 
 
 		 253 aa  43.9  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08720  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  28.87 
 
 		 238 aa  43.5  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.57 
 
 		 235 aa  43.9  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  33.04 
 
 		 253 aa  43.9  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  33.04 
 
 		 253 aa  43.9  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  33.04 
 
 		 253 aa  43.9  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  33.04 
 
 		 253 aa  43.9  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  33.04 
 
 		 240 aa  43.9  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.97 
 
 		 240 aa  43.9  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0754  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.14 
 
 		 205 aa  43.9  0.002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0636  exonuclease  24.4 
 
 		 205 aa  43.1  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0426  helicase, UvrD/REP/exonuclease family protein  28.93 
 
 		 870 aa  43.1  0.003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.75 
 
 		 242 aa  43.1  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.53 
 
 		 234 aa  43.1  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3135  DNA polymerase III subunit epsilon  27.69 
 
 		 245 aa  42.7  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.530396  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3681  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.47 
 
 		 200 aa  43.1  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.77 
 
 		 242 aa  42.4  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0545  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  23.4 
 
 		 175 aa  42.7  0.004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  26.8 
 
 		 168 aa  42.4  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2838  DNA polymerase III subunit epsilon  25.53 
 
 		 244 aa  42.7  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  28.23 
 
 		 217 aa  42.4  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.36 
 
 		 547 aa  42.4  0.005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1144  DNA polymerase III subunit epsilon  28.46 
 
 		 245 aa  42.4  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  24 
 
 		 183 aa  42.4  0.005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.19 
 
 		 242 aa  42.4  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000174809  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06771  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  32.69 
 
 		 259 aa  42.4  0.005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.921646  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  26.79 
 
 		 234 aa  42  0.006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  26.79 
 
 		 234 aa  42  0.006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13743  DNA polymerase III subunit epsilon  22.58 
 
 		 329 aa  42  0.006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000832595  normal  0.511972 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  32.23 
 
 		 240 aa  41.6  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.93 
 
 		 232 aa  41.6  0.007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.862026 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>