More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_0636 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_0636  exonuclease  100 
 
 
205 aa  424  1e-118  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0680  hypothetical protein  80 
 
 
110 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000852473  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2256  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.08 
 
 
234 aa  75.1  0.0000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.313606 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  31.84 
 
 
242 aa  74.7  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  32.4 
 
 
242 aa  74.7  0.0000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.8 
 
 
237 aa  73.2  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.8 
 
 
237 aa  73.6  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  31.46 
 
 
242 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  31.4 
 
 
252 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.96 
 
 
243 aa  68.9  0.00000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.72 
 
 
234 aa  69.3  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  32.02 
 
 
240 aa  68.6  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.26 
 
 
237 aa  67.8  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2379  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.02 
 
 
237 aa  67.4  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.39 
 
 
253 aa  66.6  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2148  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.73 
 
 
235 aa  66.6  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  31.67 
 
 
232 aa  66.2  0.0000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2284  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.32 
 
 
240 aa  66.6  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.67 
 
 
239 aa  65.5  0.0000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  30.9 
 
 
241 aa  65.5  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.16 
 
 
243 aa  65.5  0.0000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.67 
 
 
228 aa  65.5  0.0000000006  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0262  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.98 
 
 
243 aa  65.1  0.0000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.84 
 
 
201 aa  65.1  0.0000000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1041  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.17 
 
 
241 aa  63.5  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1618  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.17 
 
 
234 aa  63.2  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.910547  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  29.28 
 
 
244 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  31.46 
 
 
238 aa  62.8  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  29.28 
 
 
244 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 
237 aa  62.8  0.000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1880  DNA-directed DNA polymerase  29.03 
 
 
242 aa  62.4  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0115193  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  28.12 
 
 
244 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.07 
 
 
236 aa  62.4  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2183  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.61 
 
 
233 aa  62.4  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.536096  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  29.28 
 
 
244 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf732  DNA polymerase III PolC  32.74 
 
 
1438 aa  61.6  0.000000007  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6889  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28 
 
 
293 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.796423  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 
242 aa  61.2  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0426  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.12 
 
 
232 aa  60.8  0.00000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.32865  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1761  DNA polymerase III, epsilon chain  29.12 
 
 
236 aa  61.2  0.00000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1250  DNA polymerase III subunit epsilon  28.49 
 
 
244 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687426  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1027  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.53 
 
 
236 aa  60.8  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.134047  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  28.65 
 
 
244 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.82 
 
 
236 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.82 
 
 
241 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3711  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.15 
 
 
257 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1764  DNA polymerase III subunit epsilon  29.94 
 
 
259 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.743789  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4426  DNA polymerase III subunit epsilon  28.18 
 
 
244 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000436585  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2607  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.32 
 
 
242 aa  59.7  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000048711  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  29.65 
 
 
244 aa  59.3  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.34 
 
 
235 aa  60.1  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  29.68 
 
 
315 aa  59.3  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002773  DNA polymerase III epsilon subunit  29.38 
 
 
240 aa  59.3  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4419  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.06 
 
 
224 aa  58.9  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.280676  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3952  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.65 
 
 
169 aa  59.3  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  29.87 
 
 
315 aa  58.9  0.00000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  27.08 
 
 
241 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.43 
 
 
267 aa  58.5  0.00000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  28.18 
 
 
244 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1993  DNA-directed DNA polymerase  29.19 
 
 
242 aa  58.5  0.00000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000133992  hitchhiker  0.00000148516 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  29.87 
 
 
315 aa  58.5  0.00000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.16 
 
 
235 aa  58.5  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.25 
 
 
236 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  29.87 
 
 
315 aa  58.5  0.00000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  28.18 
 
 
244 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  29.87 
 
 
315 aa  58.5  0.00000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  29.87 
 
 
315 aa  58.5  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  29.87 
 
 
315 aa  58.5  0.00000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  29.87 
 
 
315 aa  58.5  0.00000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.65 
 
 
239 aa  58.2  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.41 
 
 
234 aa  58.2  0.00000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.17 
 
 
239 aa  58.2  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  28.49 
 
 
246 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  25.95 
 
 
302 aa  58.2  0.00000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.02 
 
 
242 aa  58.2  0.00000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000174809  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  26.56 
 
 
253 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  28.49 
 
 
249 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  26.56 
 
 
240 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.73 
 
 
242 aa  57.4  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  26.56 
 
 
253 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  26.56 
 
 
253 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.46 
 
 
230 aa  57.8  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  26.56 
 
 
240 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  26.56 
 
 
253 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  25.41 
 
 
302 aa  57.4  0.0000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.21 
 
 
328 aa  57.4  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  26.56 
 
 
253 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  29.22 
 
 
315 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  31.2 
 
 
315 aa  57  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.38 
 
 
232 aa  56.6  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.862026 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.02 
 
 
231 aa  57  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.28 
 
 
242 aa  56.6  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0839  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.53 
 
 
236 aa  57.4  0.0000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.18 
 
 
238 aa  57.4  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  27.91 
 
 
246 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2111  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.05 
 
 
242 aa  56.6  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000449377  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0603  DNA polymerase III subunit epsilon  24.72 
 
 
252 aa  56.6  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0749  DNA polymerase III subunit epsilon  27.53 
 
 
245 aa  56.2  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.249034 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3993  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.83 
 
 
238 aa  56.2  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0718563  normal  0.0295208 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  29.15 
 
 
242 aa  56.2  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>