More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0102 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_0520  HMGL-like domain-containing protein  65.44 
 
 		 604 aa  856    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.999411  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1549  pyruvate carboxyltransferase  69 
 
 		 609 aa  900    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3301  pyruvate carboxyltransferase  55.65 
 
 		 609 aa  671    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.709105 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2092  pyruvate carboxyltransferase  62.19 
 
 		 620 aa  805    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.238477 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2536  pyruvate carboxyltransferase  67.82 
 
 		 608 aa  900    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0520244  normal  0.20942 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0102  pyruvate carboxyltransferase  100 
 
 		 611 aa  1278    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0518  pyruvate carboxyltransferase  55.43 
 
 		 465 aa  523  1e-147  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0305589  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3157  pyruvate carboxyltransferase  51.49 
 
 		 459 aa  491  1e-137  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000266472  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3097  pyruvate carboxyltransferase  52.08 
 
 		 470 aa  488  1e-136  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000195078  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2177  pyruvate carboxyltransferase  50.77 
 
 		 457 aa  484  1e-135  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.282539  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2226  pyruvate carboxyltransferase  49.77 
 
 		 452 aa  466  9.999999999999999e-131  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1009  pyruvate carboxyltransferase  58.33 
 
 		 311 aa  365  1e-99  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1917  pyruvate carboxyltransferase  37.82 
 
 		 419 aa  278  2e-73  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2246  pyruvate carboxyltransferase  39.03 
 
 		 436 aa  262  2e-68  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.792989 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0624  2-isopropylmalate synthase  31.92 
 
 		 442 aa  207  6e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1075  pyruvate carboxyltransferase  32.27 
 
 		 425 aa  204  5e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00051273  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0336  pyruvate carboxyltransferase  33.52 
 
 		 353 aa  187  5e-46  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1629  trans-homoaconitate synthase  26.74 
 
 		 382 aa  126  1e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0375  trans-homoaconitate synthase  28.57 
 
 		 390 aa  125  2e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0576  (R)-citramalate synthase  25.68 
 
 		 492 aa  120  7e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0260  (R)-citramalate synthase  27.01 
 
 		 492 aa  120  7.999999999999999e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0093381 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1099  trans-homoaconitate synthase  27.59 
 
 		 381 aa  119  9.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0347  (R)-citramalate synthase  27.17 
 
 		 492 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1641  (R)-citramalate synthase  26.61 
 
 		 492 aa  115  3e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.345484  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0415  trans-homoaconitate synthase  25.43 
 
 		 383 aa  114  7.000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000279687  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0392  2-isopropylmalate synthase  26.04 
 
 		 517 aa  114  7.000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2141  2-isopropylmalate synthase  28 
 
 		 519 aa  113  1.0000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.720274  normal  0.0787269 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2936  2-isopropylmalate synthase  24.9 
 
 		 520 aa  111  4.0000000000000004e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1153  trans-homoaconitate synthase  27.81 
 
 		 386 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3405  2-isopropylmalate synthase  24.9 
 
 		 520 aa  111  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3535  2-isopropylmalate synthase  24.9 
 
 		 520 aa  111  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0604  (R)-citramalate synthase  27.27 
 
 		 504 aa  110  7.000000000000001e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0984378 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2339  trans-homoaconitate synthase  26.76 
 
 		 377 aa  110  9.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1522  trans-homoaconitate synthase  27.3 
 
 		 387 aa  110  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000249206  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1703  trans-homoaconitate synthase  26.96 
 
 		 381 aa  109  2e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1522  trans-homoaconitate synthase  26.4 
 
 		 386 aa  107  6e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3368  trans-homoaconitate synthase  29.15 
 
 		 383 aa  107  6e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0675  (R)-citramalate synthase  24.06 
 
 		 492 aa  107  7e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08050  trans-homoaconitate synthase  26.24 
 
 		 385 aa  107  8e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000328807  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1438  putative homocitrate synthase  28.36 
 
 		 378 aa  107  9e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0435894  normal  0.0132652 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0745  2-isopropylmalate synthase  26.48 
 
 		 524 aa  106  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0785  trans-homoaconitate synthase  27.01 
 
 		 380 aa  106  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1158  trans-homoaconitate synthase  26.51 
 
 		 386 aa  106  1e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0797  trans-homoaconitate synthase  26.97 
 
 		 386 aa  106  1e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0215775  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0937  trans-homoaconitate synthase  28.28 
 
 		 383 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.34033  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1059  pyruvate carboxyltransferase  29.47 
 
 		 377 aa  106  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1506  homocitrate synthase  29.93 
 
 		 386 aa  105  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3741  2-isopropylmalate synthase  27.93 
 
 		 386 aa  105  2e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1224  homocitrate synthase  29.93 
 
 		 386 aa  105  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000100599 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1938  trans-homoaconitate synthase  26.18 
 
 		 383 aa  104  5e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00360416  unclonable  0.0000000147263 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2110  trans-homoaconitate synthase  28.21 
 
 		 400 aa  103  8e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2269  pyruvate carboxyltransferase  27.09 
 
 		 392 aa  103  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319025  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0711  (R)-citramalate synthase  27.06 
 
 		 485 aa  103  1e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1906  2-isopropylmalate synthase  26.7 
 
 		 519 aa  103  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.115585  hitchhiker  0.0000778681 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1391  2-isopropylmalate synthase  26.44 
 
 		 511 aa  103  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3607  2-isopropylmalate synthase  26.61 
 
 		 532 aa  102  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1229  homocitrate synthase  27.98 
 
 		 381 aa  102  2e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00076  2-isopropylmalate synthase  24.02 
 
 		 523 aa  102  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3524  2-isopropylmalate synthase  24.02 
 
 		 523 aa  102  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4071  homocitrate synthase  27.56 
 
 		 413 aa  102  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00164533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0079  2-isopropylmalate synthase  24.02 
 
 		 523 aa  101  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0081  2-isopropylmalate synthase  24.02 
 
 		 523 aa  101  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0077  2-isopropylmalate synthase  24.02 
 
 		 523 aa  101  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2059  2-isopropylmalate synthase  28.41 
 
 		 489 aa  102  3e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0773223 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0826  2-isopropylmalate synthase  28.41 
 
 		 448 aa  102  3e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0068  2-isopropylmalate synthase  24.02 
 
 		 523 aa  101  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00075  hypothetical protein  24.02 
 
 		 523 aa  102  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3583  2-isopropylmalate synthase  24.02 
 
 		 523 aa  101  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000384081 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3795  2-isopropylmalate synthase  26.61 
 
 		 532 aa  101  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0692  trans-homoaconitate synthase  27.41 
 
 		 383 aa  101  4e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1366  homocitrate synthase  28.16 
 
 		 384 aa  101  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1808  2-isopropylmalate synthase  28.04 
 
 		 475 aa  101  5e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.787559  hitchhiker  0.000060507 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4489  pyruvate carboxyltransferase  29.46 
 
 		 398 aa  100  6e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0377  2-isopropylmalate synthase  25.75 
 
 		 515 aa  100  6e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0632  2-isopropylmalate synthase  26.61 
 
 		 525 aa  100  7e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.310101  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1069  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthases  28.45 
 
 		 503 aa  100  7e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.111067  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0079  2-isopropylmalate synthase  23.8 
 
 		 523 aa  100  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.999327 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0254  homocitrate synthase  27.7 
 
 		 384 aa  99.4  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1765  2-isopropylmalate synthase  26.78 
 
 		 460 aa  99  2e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.877684 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0994  trans-homoaconitate synthase  25.29 
 
 		 387 aa  99.4  2e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1595  2-isopropylmalate synthase  27.68 
 
 		 448 aa  99  2e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5088  homocitrate synthase  27.75 
 
 		 397 aa  99.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2127  trans-homoaconitate synthase  26.55 
 
 		 382 aa  99.4  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.70661 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2146  trans-homoaconitate synthase  27.61 
 
 		 382 aa  99  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2073  trans-homoaconitate synthase  27.87 
 
 		 382 aa  99  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3956  trans-homoaconitate synthase  25.8 
 
 		 377 aa  98.2  4e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000442748  hitchhiker  0.00302646 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1243  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  27.27 
 
 		 504 aa  97.8  5e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0516378 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4450  pyruvate carboxyltransferase  29.27 
 
 		 402 aa  97.8  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1086  Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase  28.85 
 
 		 394 aa  97.8  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0594  2-isopropylmalate synthase  26.61 
 
 		 524 aa  97.8  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0876  pyruvate carboxyltransferase  26.39 
 
 		 387 aa  97.4  6e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2865  pyruvate carboxyltransferase  26.82 
 
 		 393 aa  97.8  6e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.134152  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0368  2-isopropylmalate synthase  24.94 
 
 		 522 aa  97.4  6e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5897  pyruvate carboxyltransferase  26.12 
 
 		 379 aa  97.4  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.277778  normal  0.176603 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001656  2-isopropylmalate synthase  25.7 
 
 		 515 aa  97.4  7e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0622  2-isopropylmalate synthase  23.75 
 
 		 523 aa  97.1  8e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0282494 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3588  2-isopropylmalate synthase  25.87 
 
 		 522 aa  97.1  9e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0109  (R)-citramalate synthase  26.74 
 
 		 460 aa  97.1  9e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1533  trans-homoaconitate synthase  25.85 
 
 		 393 aa  97.1  9e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.200545  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3761  2-isopropylmalate synthase  25.87 
 
 		 522 aa  97.1  9e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.211233 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>