More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3607 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00076  2-isopropylmalate synthase  84.77 
 
 		 523 aa  938    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3524  2-isopropylmalate synthase  84.77 
 
 		 523 aa  938    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3405  2-isopropylmalate synthase  83.4 
 
 		 520 aa  919    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0385  2-isopropylmalate synthase  67.64 
 
 		 522 aa  721    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4208  2-isopropylmalate synthase  64.51 
 
 		 526 aa  694    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4236  2-isopropylmalate synthase  67.69 
 
 		 522 aa  721    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0594  2-isopropylmalate synthase  90.04 
 
 		 524 aa  989    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0129  2-isopropylmalate synthase  83.46 
 
 		 523 aa  932    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0124  2-isopropylmalate synthase  83.65 
 
 		 523 aa  933    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.041588 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0397  2-isopropylmalate synthase  67.44 
 
 		 522 aa  720    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000563336 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0079  2-isopropylmalate synthase  84.77 
 
 		 523 aa  939    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0081  2-isopropylmalate synthase  84.77 
 
 		 523 aa  939    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00817  2-isopropylmalate synthase  69.86 
 
 		 544 aa  764    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0077  2-isopropylmalate synthase  84.77 
 
 		 523 aa  939    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0122  2-isopropylmalate synthase  83.65 
 
 		 523 aa  933    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.624748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03085  2-isopropylmalate synthase  62.33 
 
 		 515 aa  676    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3535  2-isopropylmalate synthase  83.4 
 
 		 520 aa  919    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0068  2-isopropylmalate synthase  84.77 
 
 		 523 aa  939    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001656  2-isopropylmalate synthase  70.45 
 
 		 515 aa  770    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00075  hypothetical protein  84.77 
 
 		 523 aa  938    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0334  2-isopropylmalate synthase  66.09 
 
 		 522 aa  692    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0386  2-isopropylmalate synthase  67.25 
 
 		 522 aa  718    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0632  2-isopropylmalate synthase  89.29 
 
 		 525 aa  988    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.310101  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0471  2-isopropylmalate synthase  67.44 
 
 		 522 aa  721    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0393  2-isopropylmalate synthase  65.63 
 
 		 523 aa  702    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000340876 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4550  2-isopropylmalate synthase  65.63 
 
 		 523 aa  709    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.518555  normal  0.0133708 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3268  2-isopropylmalate synthase  63.88 
 
 		 519 aa  694    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.983126  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2065  2-isopropylmalate synthase  70.65 
 
 		 516 aa  768    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0392  2-isopropylmalate synthase  66.67 
 
 		 517 aa  707    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3588  2-isopropylmalate synthase  67.31 
 
 		 522 aa  721    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0368  2-isopropylmalate synthase  67.12 
 
 		 522 aa  720    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3820  2-isopropylmalate synthase  65.24 
 
 		 522 aa  706    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2936  2-isopropylmalate synthase  83.4 
 
 		 520 aa  919    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0411  2-isopropylmalate synthase  67.05 
 
 		 522 aa  716    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0622  2-isopropylmalate synthase  83.08 
 
 		 523 aa  926    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0282494 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0129  2-isopropylmalate synthase  83.65 
 
 		 523 aa  933    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0229765 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3607  2-isopropylmalate synthase  100 
 
 		 532 aa  1102    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3761  2-isopropylmalate synthase  67.12 
 
 		 522 aa  719    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.211233 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3583  2-isopropylmalate synthase  84.77 
 
 		 523 aa  939    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000384081 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3795  2-isopropylmalate synthase  99.06 
 
 		 532 aa  1094    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0335  2-isopropylmalate synthase  67.77 
 
 		 522 aa  726    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3472  2-isopropylmalate synthase  66.41 
 
 		 523 aa  713    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.817295 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0216  2-isopropylmalate synthase  66.47 
 
 		 519 aa  727    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.408005 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0079  2-isopropylmalate synthase  84.59 
 
 		 523 aa  937    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.999327 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3828  2-isopropylmalate synthase  66.09 
 
 		 523 aa  714    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.507391  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0377  2-isopropylmalate synthase  70.1 
 
 		 515 aa  763    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0125  2-isopropylmalate synthase  83.65 
 
 		 523 aa  932    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.16499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0745  2-isopropylmalate synthase  83.83 
 
 		 524 aa  930    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2096  2-isopropylmalate synthase  59.41 
 
 		 511 aa  625  1e-178  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1889  2-isopropylmalate synthase  58.61 
 
 		 511 aa  622  1e-177  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0017  2-isopropylmalate synthase  58.81 
 
 		 511 aa  624  1e-177  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42440  2-isopropylmalate synthase  53.02 
 
 		 516 aa  523  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.892988  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0505  2-isopropylmalate synthase  52.89 
 
 		 507 aa  520  1e-146  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0595  2-isopropylmalate synthase  51.3 
 
 		 532 aa  518  1.0000000000000001e-145  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000207046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0989  2-isopropylmalate synthase  51.76 
 
 		 515 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000770176 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0285  2-isopropylmalate synthase  51.1 
 
 		 505 aa  512  1e-144  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3434  2-isopropylmalate synthase  51.51 
 
 		 508 aa  507  9.999999999999999e-143  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2516  2-isopropylmalate synthase  51.6 
 
 		 511 aa  503  1e-141  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0226  2-isopropylmalate synthase  49.52 
 
 		 525 aa  499  1e-140  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.885298  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2255  2-isopropylmalate synthase  49.9 
 
 		 517 aa  501  1e-140  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2477  2-isopropylmalate synthase  50.9 
 
 		 516 aa  501  1e-140  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2275  2-isopropylmalate synthase  51.2 
 
 		 514 aa  498  1e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2153  2-isopropylmalate synthase  50.9 
 
 		 516 aa  497  1e-139  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0611  2-isopropylmalate synthase  48.5 
 
 		 514 aa  493  9.999999999999999e-139  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000725227  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_734  isopropylmalate/homocitrate/citramalate synthase  49.8 
 
 		 505 aa  492  9.999999999999999e-139  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.368888  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2143  2-isopropylmalate synthase  49.9 
 
 		 509 aa  494  9.999999999999999e-139  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.151808  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0306  2-isopropylmalate synthase  48.49 
 
 		 503 aa  493  9.999999999999999e-139  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.168492 
 
 
-
 
NC_002936  DET0830  2-isopropylmalate synthase  49.8 
 
 		 505 aa  490  1e-137  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.141095  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0355  2-isopropylmalate synthase  50.39 
 
 		 509 aa  491  1e-137  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0832  2-isopropylmalate synthase  49.9 
 
 		 536 aa  486  1e-136  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2596  2-isopropylmalate synthase  51.5 
 
 		 513 aa  487  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0749  2-isopropylmalate synthase  49.8 
 
 		 505 aa  488  1e-136  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0860  2-isopropylmalate synthase  49.9 
 
 		 536 aa  486  1e-136  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.872251 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2225  2-isopropylmalate synthase  51.5 
 
 		 513 aa  487  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.324069  normal  0.905076 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3071  2-isopropylmalate synthase  49.8 
 
 		 513 aa  484  1e-135  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000941582 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2777  2-isopropylmalate synthase  50 
 
 		 511 aa  482  1e-135  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0065  2-isopropylmalate synthase  48.46 
 
 		 518 aa  479  1e-134  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0518457 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1874  2-isopropylmalate synthase  49 
 
 		 522 aa  479  1e-134  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0315845 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1126  2-isopropylmalate synthase  49.71 
 
 		 536 aa  481  1e-134  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1906  2-isopropylmalate synthase  50.2 
 
 		 512 aa  476  1e-133  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00355798  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1193  2-isopropylmalate synthase  48.42 
 
 		 504 aa  476  1e-133  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.408954  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0599  2-isopropylmalate synthase  48.19 
 
 		 516 aa  475  1e-133  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.541423 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0391  2-isopropylmalate synthase  49.31 
 
 		 509 aa  478  1e-133  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0690  2-isopropylmalate synthase  50.1 
 
 		 516 aa  478  1e-133  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2742  2-isopropylmalate synthase  50.6 
 
 		 515 aa  473  1e-132  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1775  2-isopropylmalate synthase  50.2 
 
 		 516 aa  473  1e-132  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1265  2-isopropylmalate synthase  50.81 
 
 		 512 aa  473  1e-132  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000029461  decreased coverage  0.00000000000565514 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0453  2-isopropylmalate synthase  51.2 
 
 		 510 aa  473  1e-132  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1791  2-isopropylmalate synthase  49.5 
 
 		 514 aa  475  1e-132  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.265436 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0551  2-isopropylmalate synthase  49.5 
 
 		 517 aa  474  1e-132  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.235647  hitchhiker  0.000444348 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10860  2-isopropylmalate synthase  49.11 
 
 		 515 aa  469  1.0000000000000001e-131  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1907  2-isopropylmalate synthase  49 
 
 		 513 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3218  2-isopropylmalate synthase  47.66 
 
 		 507 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2253  2-isopropylmalate synthase  49.24 
 
 		 541 aa  471  1.0000000000000001e-131  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.412449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1982  2-isopropylmalate synthase  47.8 
 
 		 523 aa  467  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.527114  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1981  2-isopropylmalate synthase  47.6 
 
 		 523 aa  467  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2523  2-isopropylmalate synthase  49.19 
 
 		 515 aa  465  9.999999999999999e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.735275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1897  2-isopropylmalate synthase  47.8 
 
 		 523 aa  468  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1329  2-isopropylmalate synthase  47.72 
 
 		 527 aa  465  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3325  2-isopropylmalate synthase  48.5 
 
 		 519 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>