More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I0377 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00076  2-isopropylmalate synthase  68.55 
 
 
523 aa  741    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3524  2-isopropylmalate synthase  68.55 
 
 
523 aa  741    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001656  2-isopropylmalate synthase  89.51 
 
 
515 aa  974    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0124  2-isopropylmalate synthase  67.58 
 
 
523 aa  730    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.041588 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4208  2-isopropylmalate synthase  66.92 
 
 
526 aa  712    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4236  2-isopropylmalate synthase  70.51 
 
 
522 aa  744    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0385  2-isopropylmalate synthase  69.73 
 
 
522 aa  738    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0129  2-isopropylmalate synthase  67.58 
 
 
523 aa  730    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0229765 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4550  2-isopropylmalate synthase  68.49 
 
 
523 aa  736    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.518555  normal  0.0133708 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00817  2-isopropylmalate synthase  90.87 
 
 
544 aa  988    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0081  2-isopropylmalate synthase  68.55 
 
 
523 aa  741    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0377  2-isopropylmalate synthase  100 
 
 
515 aa  1061    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3607  2-isopropylmalate synthase  70.1 
 
 
532 aa  762    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3535  2-isopropylmalate synthase  71.37 
 
 
520 aa  779    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3828  2-isopropylmalate synthase  69.67 
 
 
523 aa  746    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.507391  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0745  2-isopropylmalate synthase  70.39 
 
 
524 aa  780    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0129  2-isopropylmalate synthase  67.77 
 
 
523 aa  731    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0122  2-isopropylmalate synthase  67.58 
 
 
523 aa  730    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.624748  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00075  hypothetical protein  68.55 
 
 
523 aa  741    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0632  2-isopropylmalate synthase  69.52 
 
 
525 aa  754    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.310101  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0334  2-isopropylmalate synthase  69.61 
 
 
522 aa  735    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0397  2-isopropylmalate synthase  69.34 
 
 
522 aa  736    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000563336 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0125  2-isopropylmalate synthase  67.58 
 
 
523 aa  730    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.16499  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0393  2-isopropylmalate synthase  68.69 
 
 
523 aa  729    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000340876 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0411  2-isopropylmalate synthase  69.34 
 
 
522 aa  734    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2065  2-isopropylmalate synthase  90.61 
 
 
516 aa  974    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3268  2-isopropylmalate synthase  66.86 
 
 
519 aa  726    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.983126  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3405  2-isopropylmalate synthase  71.37 
 
 
520 aa  779    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0392  2-isopropylmalate synthase  65.31 
 
 
517 aa  717    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3588  2-isopropylmalate synthase  71.09 
 
 
522 aa  750    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0368  2-isopropylmalate synthase  71.09 
 
 
522 aa  751    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3820  2-isopropylmalate synthase  69.47 
 
 
522 aa  742    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0594  2-isopropylmalate synthase  69.52 
 
 
524 aa  751    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03085  2-isopropylmalate synthase  65.48 
 
 
515 aa  689    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0471  2-isopropylmalate synthase  69.73 
 
 
522 aa  738    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3583  2-isopropylmalate synthase  68.55 
 
 
523 aa  741    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000384081 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0386  2-isopropylmalate synthase  69.53 
 
 
522 aa  737    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0622  2-isopropylmalate synthase  66.8 
 
 
523 aa  725    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0282494 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0079  2-isopropylmalate synthase  68.55 
 
 
523 aa  741    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3795  2-isopropylmalate synthase  70.3 
 
 
532 aa  764    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3761  2-isopropylmalate synthase  70.9 
 
 
522 aa  749    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.211233 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0077  2-isopropylmalate synthase  68.55 
 
 
523 aa  741    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0335  2-isopropylmalate synthase  70.84 
 
 
522 aa  755    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3472  2-isopropylmalate synthase  67.91 
 
 
523 aa  730    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.817295 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0216  2-isopropylmalate synthase  69.46 
 
 
519 aa  748    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.408005 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0079  2-isopropylmalate synthase  68.36 
 
 
523 aa  739    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.999327 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2936  2-isopropylmalate synthase  71.37 
 
 
520 aa  779    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0068  2-isopropylmalate synthase  68.55 
 
 
523 aa  741    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2096  2-isopropylmalate synthase  58.86 
 
 
511 aa  631  1e-180  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1889  2-isopropylmalate synthase  58.78 
 
 
511 aa  629  1e-179  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0017  2-isopropylmalate synthase  58.19 
 
 
511 aa  624  1e-177  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0285  2-isopropylmalate synthase  51.1 
 
 
505 aa  513  1e-144  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42440  2-isopropylmalate synthase  51.91 
 
 
516 aa  502  1e-141  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.892988  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0595  2-isopropylmalate synthase  50.2 
 
 
532 aa  499  1e-140  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000207046  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2255  2-isopropylmalate synthase  50.6 
 
 
517 aa  499  1e-140  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0226  2-isopropylmalate synthase  49.3 
 
 
525 aa  496  1e-139  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.885298  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0989  2-isopropylmalate synthase  53.01 
 
 
515 aa  498  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000770176 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2275  2-isopropylmalate synthase  51.39 
 
 
514 aa  491  1e-137  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2153  2-isopropylmalate synthase  51.3 
 
 
516 aa  489  1e-137  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2516  2-isopropylmalate synthase  49.8 
 
 
511 aa  484  1e-135  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0611  2-isopropylmalate synthase  49 
 
 
514 aa  484  1e-135  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000725227  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_734  isopropylmalate/homocitrate/citramalate synthase  49.2 
 
 
505 aa  482  1e-135  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.368888  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2777  2-isopropylmalate synthase  50.89 
 
 
511 aa  483  1e-135  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0830  2-isopropylmalate synthase  49 
 
 
505 aa  478  1e-134  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.141095  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0306  2-isopropylmalate synthase  47.89 
 
 
503 aa  479  1e-134  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.168492 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1329  2-isopropylmalate synthase  49.5 
 
 
527 aa  479  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0749  2-isopropylmalate synthase  49 
 
 
505 aa  477  1e-133  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0355  2-isopropylmalate synthase  50.2 
 
 
509 aa  477  1e-133  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0505  2-isopropylmalate synthase  48.6 
 
 
507 aa  478  1e-133  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1986  2-isopropylmalate synthase  48.41 
 
 
503 aa  478  1e-133  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.680034 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1791  2-isopropylmalate synthase  49.5 
 
 
514 aa  473  1e-132  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.265436 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2143  2-isopropylmalate synthase  49.5 
 
 
509 aa  474  1e-132  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.151808  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2477  2-isopropylmalate synthase  49.1 
 
 
516 aa  473  1e-132  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3325  2-isopropylmalate synthase  49.9 
 
 
519 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2225  2-isopropylmalate synthase  50.9 
 
 
513 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.324069  normal  0.905076 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2112  2-isopropylmalate synthase  48.61 
 
 
524 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2596  2-isopropylmalate synthase  50.9 
 
 
513 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0391  2-isopropylmalate synthase  48.43 
 
 
509 aa  468  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1907  2-isopropylmalate synthase  50 
 
 
513 aa  466  9.999999999999999e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3330  2-isopropylmalate synthase  49.09 
 
 
524 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.372535 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3434  2-isopropylmalate synthase  49.3 
 
 
508 aa  467  9.999999999999999e-131  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2715  2-isopropylmalate synthase  47.69 
 
 
520 aa  465  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0599  2-isopropylmalate synthase  48.19 
 
 
516 aa  468  9.999999999999999e-131  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.541423 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0551  2-isopropylmalate synthase  49.11 
 
 
517 aa  466  9.999999999999999e-131  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.235647  hitchhiker  0.000444348 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2742  2-isopropylmalate synthase  50.2 
 
 
515 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0690  2-isopropylmalate synthase  49.9 
 
 
516 aa  467  9.999999999999999e-131  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2259  2-isopropylmalate synthase  49.09 
 
 
524 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.044795  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1906  2-isopropylmalate synthase  49.3 
 
 
512 aa  463  1e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00355798  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3071  2-isopropylmalate synthase  47.61 
 
 
513 aa  464  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000941582 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0453  2-isopropylmalate synthase  50.2 
 
 
510 aa  462  1e-129  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3235  2-isopropylmalate synthase  48.19 
 
 
521 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.134931  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0478  2-isopropylmalate synthase  49.49 
 
 
518 aa  464  1e-129  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000102603  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0065  2-isopropylmalate synthase  47.45 
 
 
518 aa  462  1e-129  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0518457 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0093  2-isopropylmalate synthase  46.79 
 
 
521 aa  464  1e-129  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0953  2-isopropylmalate synthase  46.59 
 
 
520 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1986  2-isopropylmalate synthase  48.62 
 
 
511 aa  459  9.999999999999999e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1499  2-isopropylmalate synthase  49.8 
 
 
515 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3715  2-isopropylmalate synthase  50.4 
 
 
516 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000112658  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1265  2-isopropylmalate synthase  50.3 
 
 
512 aa  455  1e-127  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000029461  decreased coverage  0.00000000000565514 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1721  2-isopropylmalate synthase  46.67 
 
 
522 aa  456  1e-127  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.455277 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>