More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0460 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_0460  rhomboid-like protein  100 
 
 		 204 aa  403  1.0000000000000001e-112  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0322234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3557  Rhomboid family protein  50.5 
 
 		 206 aa  192  3e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.66103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5745  Rhomboid family protein  50.79 
 
 		 207 aa  186  3e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1387  hypothetical protein  47.34 
 
 		 202 aa  179  2e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0256989  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1317  rhomboid family protein  47.34 
 
 		 202 aa  179  2.9999999999999997e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.175415  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2666  Rhomboid family protein  48.19 
 
 		 208 aa  177  7e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0426657 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00672  peptidase, S54 (rhomboid) family  49.44 
 
 		 202 aa  177  1e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.271958  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3769  Rhomboid family protein  48.17 
 
 		 203 aa  174  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0472391 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1367  Rhomboid family protein  43.5 
 
 		 205 aa  164  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.870184  normal  0.274757 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0305  rhomboid-like protein  46.33 
 
 		 230 aa  150  1e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0278  rhomboid family protein  45.76 
 
 		 202 aa  149  4e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0099  Rhomboid family protein  41.11 
 
 		 205 aa  147  7e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.36939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0312  rhomboid family protein  46.39 
 
 		 206 aa  143  1e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000705799  hitchhiker  0.00414604 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4502  rhomboid family protein  40.48 
 
 		 212 aa  125  4.0000000000000003e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6787  Rhomboid family protein  37.71 
 
 		 280 aa  124  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.132625 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13218  hypothetical protein  46.1 
 
 		 216 aa  123  2e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1836  Rhomboid family protein  38.89 
 
 		 208 aa  122  3e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.76231  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2304  Rhomboid family protein  38.61 
 
 		 203 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0147214  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0287  hypothetical protein  30.86 
 
 		 279 aa  99.4  3e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.742971  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  37.75 
 
 		 209 aa  92.4  4e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  30.77 
 
 		 279 aa  78.6  0.00000000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  41.24 
 
 		 356 aa  73.2  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1772  hypothetical protein  27.75 
 
 		 238 aa  70.5  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.884699 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  38.52 
 
 		 239 aa  69.7  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  30.66 
 
 		 444 aa  69.7  0.00000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  30.72 
 
 		 232 aa  69.3  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_8424  predicted protein  34.75 
 
 		 160 aa  69.3  0.00000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.339927  normal  0.0315766 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  31.87 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  30.72 
 
 		 265 aa  68.6  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  29.41 
 
 		 231 aa  68.6  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  30.38 
 
 		 237 aa  67  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  43.16 
 
 		 209 aa  66.6  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  26.29 
 
 		 231 aa  67  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  28.57 
 
 		 205 aa  67.4  0.0000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  30.69 
 
 		 230 aa  67  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  30.39 
 
 		 273 aa  66.2  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  34.04 
 
 		 197 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2078  rhomboid family protein  25.5 
 
 		 226 aa  65.9  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.347543  normal  0.269308 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  30.77 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  32.92 
 
 		 263 aa  65.1  0.0000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  34.38 
 
 		 227 aa  64.7  0.0000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  30.34 
 
 		 207 aa  64.3  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2632  Rhomboid family protein  31.82 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  30.6 
 
 		 283 aa  63.5  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  40.23 
 
 		 232 aa  63.5  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1360  Rhomboid family protein  31.08 
 
 		 492 aa  63.2  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.165337  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  29.41 
 
 		 261 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  31.21 
 
 		 260 aa  62.8  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 218 aa  62.8  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  31 
 
 		 231 aa  63.2  0.000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  30.5 
 
 		 198 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  29.58 
 
 		 224 aa  62  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  30.54 
 
 		 287 aa  61.6  0.000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1220  Rhomboid family protein  28.37 
 
 		 228 aa  61.6  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.231981 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  33.96 
 
 		 291 aa  60.5  0.00000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  39.76 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  39.29 
 
 		 279 aa  60.8  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  39.76 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  28.86 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  29.48 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  33.56 
 
 		 246 aa  60.8  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  30 
 
 		 220 aa  60.5  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2451  Rhomboid family protein  32.03 
 
 		 326 aa  60.1  0.00000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  28.12 
 
 		 239 aa  60.5  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  27.86 
 
 		 232 aa  60.5  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  27.81 
 
 		 248 aa  60.1  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  29.58 
 
 		 227 aa  60.1  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  34.27 
 
 		 396 aa  60.5  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  33.06 
 
 		 236 aa  59.3  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  27.5 
 
 		 231 aa  59.7  0.00000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  29.29 
 
 		 220 aa  59.3  0.00000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  32.21 
 
 		 290 aa  59.3  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7801  hypothetical protein  34.44 
 
 		 245 aa  59.3  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.990932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  38.27 
 
 		 223 aa  58.9  0.00000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  27.38 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  32.64 
 
 		 241 aa  58.5  0.00000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  37.86 
 
 		 283 aa  58.5  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  29.17 
 
 		 276 aa  58.5  0.00000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  29.17 
 
 		 278 aa  58.5  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0482  Rhomboid family protein  28.9 
 
 		 241 aa  58.2  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  29.5 
 
 		 220 aa  58.2  0.00000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5314  rhomboid family protein  31.16 
 
 		 496 aa  57.8  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63242 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  40 
 
 		 226 aa  57.8  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  27.49 
 
 		 376 aa  57.8  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1155  rhomboid-like protein  41.33 
 
 		 155 aa  57.8  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  30.41 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  28.57 
 
 		 348 aa  57.8  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  32.65 
 
 		 274 aa  57.8  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  39.56 
 
 		 298 aa  57.4  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  29.03 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  30.56 
 
 		 273 aa  57.8  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_6645  predicted protein  32.65 
 
 		 325 aa  57.4  0.0000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0872317 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  37.93 
 
 		 281 aa  57.8  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  32.09 
 
 		 197 aa  57  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  30.41 
 
 		 222 aa  57  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  36.44 
 
 		 227 aa  57  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  27.63 
 
 		 248 aa  57  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  27.59 
 
 		 252 aa  57.4  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  29.85 
 
 		 234 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  39.02 
 
 		 237 aa  57  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>