178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3769 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_3769  Rhomboid family protein  100 
 
 
203 aa  414  9.999999999999999e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0472391 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00672  peptidase, S54 (rhomboid) family  49.24 
 
 
202 aa  194  7e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.271958  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1317  rhomboid family protein  47.96 
 
 
202 aa  191  6e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.175415  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1387  hypothetical protein  47.45 
 
 
202 aa  187  5.999999999999999e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0256989  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2666  Rhomboid family protein  48.19 
 
 
208 aa  187  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0426657 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3557  Rhomboid family protein  47.37 
 
 
206 aa  181  5.0000000000000004e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.66103  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5745  Rhomboid family protein  46.77 
 
 
207 aa  177  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0460  rhomboid-like protein  46.96 
 
 
204 aa  174  7e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0322234  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1367  Rhomboid family protein  42.56 
 
 
205 aa  164  8e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.870184  normal  0.274757 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0312  rhomboid family protein  40.86 
 
 
206 aa  156  2e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000705799  hitchhiker  0.00414604 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0305  rhomboid-like protein  43.85 
 
 
230 aa  155  6e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0278  rhomboid family protein  43.85 
 
 
202 aa  154  7e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0099  Rhomboid family protein  41.45 
 
 
205 aa  139  3e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.36939  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4502  rhomboid family protein  37.57 
 
 
212 aa  114  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0287  hypothetical protein  42.11 
 
 
279 aa  108  4.0000000000000004e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.742971  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13218  hypothetical protein  37.91 
 
 
216 aa  107  2e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2304  Rhomboid family protein  41.76 
 
 
203 aa  105  3e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0147214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6787  Rhomboid family protein  37.25 
 
 
280 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.132625 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1836  Rhomboid family protein  37.58 
 
 
208 aa  101  9e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.76231  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  37.82 
 
 
209 aa  73.2  0.000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  32.77 
 
 
279 aa  65.1  0.0000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  30.32 
 
 
444 aa  62  0.000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  28.72 
 
 
205 aa  60.8  0.00000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  29.09 
 
 
303 aa  60.1  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  28.73 
 
 
197 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  30.36 
 
 
248 aa  59.7  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2632  Rhomboid family protein  30.07 
 
 
310 aa  59.3  0.00000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  31.58 
 
 
211 aa  58.9  0.00000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  30.46 
 
 
260 aa  58.2  0.00000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1220  Rhomboid family protein  30.82 
 
 
228 aa  57.8  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.231981 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  29.75 
 
 
263 aa  57.4  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  27.53 
 
 
197 aa  56.2  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  28.48 
 
 
264 aa  56.6  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  29.53 
 
 
342 aa  55.8  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  31.29 
 
 
236 aa  55.8  0.0000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  28.86 
 
 
265 aa  55.5  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  29.53 
 
 
342 aa  54.7  0.0000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  28.24 
 
 
237 aa  53.5  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  33.73 
 
 
232 aa  53.1  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  29.61 
 
 
211 aa  53.9  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  28.48 
 
 
232 aa  52.8  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  29.27 
 
 
396 aa  53.1  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  27.39 
 
 
237 aa  52.8  0.000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  25.5 
 
 
234 aa  52.8  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  31.86 
 
 
227 aa  52.4  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_8424  predicted protein  28.79 
 
 
160 aa  52.4  0.000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.339927  normal  0.0315766 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  31.08 
 
 
273 aa  52.4  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  29.68 
 
 
234 aa  52  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  29.29 
 
 
207 aa  52  0.000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1772  hypothetical protein  25.82 
 
 
238 aa  52  0.000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.884699 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  28.86 
 
 
261 aa  52  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_002936  DET0132  rhomboid family protein  29.93 
 
 
190 aa  51.6  0.000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  28.83 
 
 
252 aa  51.2  0.000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  32.64 
 
 
220 aa  50.8  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  34.94 
 
 
292 aa  50.8  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  31.48 
 
 
273 aa  50.8  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  34.12 
 
 
356 aa  50.8  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  29.8 
 
 
224 aa  50.8  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2451  Rhomboid family protein  28.48 
 
 
326 aa  50.4  0.00002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2019  rhomboid family protein  25.65 
 
 
226 aa  50.8  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.334479  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  29.82 
 
 
246 aa  50.4  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_139  rhomboid  29.21 
 
 
190 aa  50.1  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  26.95 
 
 
227 aa  50.1  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  29.03 
 
 
218 aa  49.7  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  33.14 
 
 
231 aa  49.7  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  28.57 
 
 
327 aa  49.7  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  28.33 
 
 
198 aa  49.7  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42743  predicted protein  33.04 
 
 
669 aa  49.3  0.00004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.599119  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1039  serine protease  26.6 
 
 
202 aa  48.9  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224714  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  27.85 
 
 
248 aa  48.9  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0021  S54 family peptidase  26.6 
 
 
202 aa  48.9  0.00005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0391  S54 family peptidase  26.6 
 
 
202 aa  48.9  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_6645  predicted protein  29.88 
 
 
325 aa  48.9  0.00005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0872317 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1192  S54 family peptidase  26.6 
 
 
202 aa  48.9  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.970208  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  29.89 
 
 
231 aa  48.9  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  30 
 
 
359 aa  48.5  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2078  rhomboid family protein  27.03 
 
 
226 aa  48.9  0.00006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.347543  normal  0.269308 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  25.96 
 
 
222 aa  48.5  0.00007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  32.69 
 
 
315 aa  48.5  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  30.11 
 
 
276 aa  48.1  0.00008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  26.18 
 
 
260 aa  48.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  26.46 
 
 
229 aa  48.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  29.91 
 
 
298 aa  47.8  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  32.69 
 
 
239 aa  47.8  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0162  rhomboid family GlpG protein  27.83 
 
 
289 aa  47.8  0.0001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.562352  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  26.18 
 
 
260 aa  47.4  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0209  rhomboid family protein  32.87 
 
 
287 aa  47.8  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  32.1 
 
 
237 aa  47.4  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  28 
 
 
220 aa  47.4  0.0001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  24.22 
 
 
554 aa  46.6  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  25.97 
 
 
238 aa  47  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  23.7 
 
 
231 aa  47.4  0.0002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0239  rhomboid family protein  29.25 
 
 
190 aa  46.6  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  28.28 
 
 
274 aa  46.6  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  31 
 
 
515 aa  47  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  27.66 
 
 
541 aa  47  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1512  rhomboid family protein  26.17 
 
 
191 aa  47  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353415  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43673  predicted protein  27.67 
 
 
304 aa  46.6  0.0003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  decreased coverage  0.00220512  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  31.37 
 
 
278 aa  46.6  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  33.11 
 
 
224 aa  46.6  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>