161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3557 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3557  Rhomboid family protein  100 
 
 		 206 aa  414  9.999999999999999e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.66103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5745  Rhomboid family protein  65.26 
 
 		 207 aa  247  7e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0460  rhomboid-like protein  49.5 
 
 		 204 aa  181  6e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0322234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3769  Rhomboid family protein  49.71 
 
 		 203 aa  174  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0472391 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00672  peptidase, S54 (rhomboid) family  47.52 
 
 		 202 aa  174  9.999999999999999e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.271958  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1387  hypothetical protein  44.95 
 
 		 202 aa  167  1e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0256989  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1317  rhomboid family protein  44.95 
 
 		 202 aa  166  2e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.175415  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2666  Rhomboid family protein  44.95 
 
 		 208 aa  165  5e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0426657 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0312  rhomboid family protein  42.78 
 
 		 206 aa  156  3e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000705799  hitchhiker  0.00414604 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1367  Rhomboid family protein  42.5 
 
 		 205 aa  154  1e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.870184  normal  0.274757 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0278  rhomboid family protein  42.86 
 
 		 202 aa  150  8.999999999999999e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0305  rhomboid-like protein  42.33 
 
 		 230 aa  150  8.999999999999999e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0099  Rhomboid family protein  39.11 
 
 		 205 aa  148  6e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.36939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6787  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 280 aa  112  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.132625 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4502  rhomboid family protein  34.55 
 
 		 212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1836  Rhomboid family protein  34.01 
 
 		 208 aa  104  8e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.76231  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13218  hypothetical protein  35.91 
 
 		 216 aa  104  1e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0287  hypothetical protein  29.84 
 
 		 279 aa  93.2  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.742971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2304  Rhomboid family protein  32.79 
 
 		 203 aa  93.2  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0147214  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  31.75 
 
 		 209 aa  63.2  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  30.48 
 
 		 205 aa  61.6  0.000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  31.14 
 
 		 220 aa  60.5  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  27.55 
 
 		 265 aa  59.3  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_8424  predicted protein  31.17 
 
 		 160 aa  57.4  0.0000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.339927  normal  0.0315766 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  28.57 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  28.57 
 
 		 261 aa  56.2  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  27.42 
 
 		 237 aa  56.2  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  28.57 
 
 		 279 aa  55.5  0.0000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  25 
 
 		 263 aa  54.7  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  27.55 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 342 aa  52.4  0.000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  33.33 
 
 		 227 aa  52.8  0.000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  31.97 
 
 		 356 aa  52.4  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  27.52 
 
 		 237 aa  52  0.000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  38.71 
 
 		 396 aa  52  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1360  Rhomboid family protein  26.15 
 
 		 492 aa  52  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.165337  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 342 aa  51.6  0.000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  29.09 
 
 		 273 aa  51.6  0.000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  33.95 
 
 		 232 aa  51.2  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1764  Rhomboid family protein  29.91 
 
 		 274 aa  51.2  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.949335  normal  0.141718 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  31.03 
 
 		 303 aa  50.4  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  36.43 
 
 		 239 aa  50.1  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  30.07 
 
 		 224 aa  50.4  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  26.99 
 
 		 554 aa  50.4  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  27.56 
 
 		 278 aa  49.7  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  35.78 
 
 		 444 aa  49.3  0.00003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0209  rhomboid family protein  30.57 
 
 		 287 aa  49.7  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  31.91 
 
 		 223 aa  49.7  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1588  Rhomboid family protein  25.91 
 
 		 296 aa  49.3  0.00004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.186801  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42743  predicted protein  32.38 
 
 		 669 aa  48.9  0.00005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.599119  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2632  Rhomboid family protein  29.17 
 
 		 310 aa  48.9  0.00006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2078  rhomboid family protein  24.59 
 
 		 226 aa  48.5  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.347543  normal  0.269308 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00624  conserved hypothetical protein  29.2 
 
 		 625 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1220  Rhomboid family protein  28.29 
 
 		 228 aa  47.8  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.231981 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00614  hypothetical protein  29.2 
 
 		 625 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  30.66 
 
 		 625 aa  47.8  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2989  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.2 
 
 		 625 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0982  rhomboid family protein  28.1 
 
 		 283 aa  47.8  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942219 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  28.12 
 
 		 276 aa  47.4  0.0001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  34.78 
 
 		 292 aa  47.8  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  31.47 
 
 		 264 aa  47.4  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  24.86 
 
 		 579 aa  47  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  29.31 
 
 		 356 aa  47.4  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  31.87 
 
 		 264 aa  47  0.0002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  28.3 
 
 		 260 aa  47  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  28.7 
 
 		 291 aa  47  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  30.46 
 
 		 218 aa  47  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  26.88 
 
 		 283 aa  47.4  0.0002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  29.55 
 
 		 223 aa  46.2  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6097  Rhomboid family protein  27.95 
 
 		 252 aa  46.6  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0830001 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 237 aa  46.6  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  29.85 
 
 		 315 aa  46.6  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  26.9 
 
 		 358 aa  46.2  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  28.29 
 
 		 234 aa  46.2  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47107  predicted protein  35.79 
 
 		 342 aa  46.2  0.0004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0432891  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  34.34 
 
 		 287 aa  45.8  0.0005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  27.84 
 
 		 273 aa  45.4  0.0006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  28.29 
 
 		 260 aa  45.4  0.0006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  29.41 
 
 		 234 aa  45.4  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  31.93 
 
 		 236 aa  45.4  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  26.97 
 
 		 327 aa  45.1  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  30.07 
 
 		 232 aa  45.1  0.0007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  28.29 
 
 		 229 aa  45.1  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  27.66 
 
 		 231 aa  45.1  0.0008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3495  rhomboid family protein  29.28 
 
 		 297 aa  45.1  0.0008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.335831 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1039  serine protease  28.29 
 
 		 202 aa  44.7  0.0009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224714  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0021  S54 family peptidase  28.29 
 
 		 202 aa  44.7  0.0009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0391  S54 family peptidase  28.29 
 
 		 202 aa  44.7  0.0009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1192  S54 family peptidase  28.29 
 
 		 202 aa  44.7  0.0009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.970208  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  28.57 
 
 		 303 aa  44.7  0.0009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1449  Rhomboid family protein  40 
 
 		 263 aa  44.3  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.6312  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  32.67 
 
 		 389 aa  44.7  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1155  rhomboid-like protein  34.15 
 
 		 155 aa  44.3  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1772  hypothetical protein  30.71 
 
 		 238 aa  44.3  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.884699 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1088  Rhomboid family protein  30.68 
 
 		 205 aa  44.7  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1130  integral membrane protein  29.93 
 
 		 196 aa  44.3  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283045  normal  0.0126937 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  28.29 
 
 		 260 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0283  rhomboid family protein  28.26 
 
 		 190 aa  43.9  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  29.35 
 
 		 224 aa  44.3  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  26.28 
 
 		 231 aa  43.9  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>