262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0287 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_0287  hypothetical protein  100 
 
 		 279 aa  561  1.0000000000000001e-159  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.742971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6787  Rhomboid family protein  51.27 
 
 		 280 aa  308  9e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.132625 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13218  hypothetical protein  46.56 
 
 		 216 aa  170  3e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4502  rhomboid family protein  43.07 
 
 		 212 aa  154  1e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1836  Rhomboid family protein  41.71 
 
 		 208 aa  150  3e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.76231  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2304  Rhomboid family protein  41.29 
 
 		 203 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0147214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3769  Rhomboid family protein  42.11 
 
 		 203 aa  108  9.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0472391 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0099  Rhomboid family protein  33.69 
 
 		 205 aa  104  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.36939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5745  Rhomboid family protein  34.3 
 
 		 207 aa  99.8  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1387  hypothetical protein  33.51 
 
 		 202 aa  96.7  4e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0256989  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  30.21 
 
 		 273 aa  96.3  6e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1367  Rhomboid family protein  38.96 
 
 		 205 aa  95.5  9e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.870184  normal  0.274757 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1317  rhomboid family protein  33.51 
 
 		 202 aa  94  3e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.175415  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3557  Rhomboid family protein  29.84 
 
 		 206 aa  93.2  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.66103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0460  rhomboid-like protein  30.86 
 
 		 204 aa  89.4  5e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0322234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  31.4 
 
 		 276 aa  89.4  6e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2666  Rhomboid family protein  33.68 
 
 		 208 aa  88.6  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0426657 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00672  peptidase, S54 (rhomboid) family  34.08 
 
 		 202 aa  87  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.271958  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0305  rhomboid-like protein  36 
 
 		 230 aa  84.3  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0312  rhomboid family protein  32.68 
 
 		 206 aa  83.6  0.000000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000705799  hitchhiker  0.00414604 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0278  rhomboid family protein  36 
 
 		 202 aa  83.6  0.000000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  30.29 
 
 		 264 aa  83.6  0.000000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  33.77 
 
 		 278 aa  81.3  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  28.57 
 
 		 283 aa  80.5  0.00000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  29 
 
 		 273 aa  75.9  0.0000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  27.51 
 
 		 273 aa  73.9  0.000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  34.97 
 
 		 197 aa  72  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  34.33 
 
 		 198 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  26.53 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2078  rhomboid family protein  31.47 
 
 		 226 aa  65.5  0.0000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.347543  normal  0.269308 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_6645  predicted protein  30.97 
 
 		 325 aa  65.5  0.000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0872317 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  34.09 
 
 		 234 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3394  Rhomboid family protein  38.54 
 
 		 198 aa  63.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  33.53 
 
 		 284 aa  63.5  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2719  Rhomboid family protein  38.54 
 
 		 198 aa  63.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.581136  normal  0.114622 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  30.64 
 
 		 487 aa  63.5  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  32.03 
 
 		 342 aa  63.5  0.000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  30.64 
 
 		 487 aa  63.5  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2146  Rhomboid family protein  28.43 
 
 		 258 aa  63.2  0.000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000095331  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4977  rhomboid family protein  33.11 
 
 		 289 aa  62.8  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.524569 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07075  rhomboid family protein  26.92 
 
 		 247 aa  62.4  0.000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01372  rhomboid family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G09150)  32.89 
 
 		 571 aa  62.4  0.000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1220  Rhomboid family protein  32.21 
 
 		 228 aa  62.4  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.231981 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2019  rhomboid family protein  32.17 
 
 		 226 aa  62.4  0.000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.334479  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0016  hypothetical protein  30.83 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0210  rhomboid family protein  27.72 
 
 		 249 aa  61.6  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  32.42 
 
 		 519 aa  61.6  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0483  Rhomboid family protein  25.79 
 
 		 286 aa  61.2  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6690  hypothetical protein  58.33 
 
 		 71 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  32.58 
 
 		 197 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  27.43 
 
 		 371 aa  60.8  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  32.85 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  32.03 
 
 		 342 aa  61.2  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39588  Rhomboid-related protein 1 (RRP) (Rhomboid-like protein 1)  31.87 
 
 		 556 aa  60.8  0.00000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0102742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  29.05 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  33.56 
 
 		 237 aa  60.1  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  30.05 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  34.31 
 
 		 220 aa  59.3  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  33.33 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  33.11 
 
 		 247 aa  58.9  0.00000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  32.1 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  32.12 
 
 		 220 aa  58.9  0.00000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  27.4 
 
 		 248 aa  58.9  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  31.74 
 
 		 227 aa  57.4  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  36 
 
 		 246 aa  57.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  31.39 
 
 		 232 aa  57.8  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  34.62 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  30.71 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  30.28 
 
 		 251 aa  57.4  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  31.79 
 
 		 327 aa  57.4  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1489  rhomboid-like protein  32.73 
 
 		 298 aa  56.6  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.726859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  31.34 
 
 		 279 aa  56.6  0.0000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  25.42 
 
 		 365 aa  57  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  32.21 
 
 		 239 aa  56.6  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  28.26 
 
 		 291 aa  56.2  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2750  rhomboid family protein  41.03 
 
 		 369 aa  56.2  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.717687 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  32.73 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  33.12 
 
 		 252 aa  56.2  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  32.87 
 
 		 228 aa  55.8  0.0000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  38.1 
 
 		 444 aa  55.8  0.0000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  30 
 
 		 486 aa  55.5  0.0000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  25.51 
 
 		 513 aa  55.5  0.0000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  31.33 
 
 		 264 aa  55.5  0.0000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1360  Rhomboid family protein  29.17 
 
 		 492 aa  55.5  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.165337  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  43.04 
 
 		 298 aa  55.5  0.0000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  33.08 
 
 		 515 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  28.3 
 
 		 232 aa  55.5  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  31.85 
 
 		 246 aa  55.5  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0884  rhomboid family protein  32.5 
 
 		 233 aa  55.1  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0277  Rhomboid family protein  25.97 
 
 		 293 aa  55.1  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.499185  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  33.77 
 
 		 267 aa  55.5  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  31.82 
 
 		 260 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  31.82 
 
 		 260 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  32.47 
 
 		 237 aa  54.7  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  31.79 
 
 		 569 aa  54.7  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6097  Rhomboid family protein  34.01 
 
 		 252 aa  54.7  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0830001 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  31.82 
 
 		 229 aa  54.3  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  35.86 
 
 		 224 aa  54.3  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  31.84 
 
 		 223 aa  54.7  0.000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6620  Rhomboid family protein  25.21 
 
 		 292 aa  53.9  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000794004  hitchhiker  0.00987109 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>