105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0016 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_0016  hypothetical protein  100 
 
 
290 aa  595  1e-169  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3809  Rhomboid family protein  48.16 
 
 
304 aa  282  4.0000000000000003e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.199592 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5567  Rhomboid family protein  46.53 
 
 
308 aa  247  1e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0483  Rhomboid family protein  37.2 
 
 
286 aa  182  8.000000000000001e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6620  Rhomboid family protein  35.93 
 
 
292 aa  177  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000794004  hitchhiker  0.00987109 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07080  putative transmembrane rhomboid family protein  38.7 
 
 
299 aa  175  9.999999999999999e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0209  rhomboid family protein  33.33 
 
 
287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1403  rhomboid family protein  35.03 
 
 
288 aa  134  9.999999999999999e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.327287 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0277  Rhomboid family protein  31.91 
 
 
293 aa  124  1e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.499185  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1654  hypothetical protein  28.87 
 
 
302 aa  120  3e-26  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  36.17 
 
 
278 aa  117  3e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  33.45 
 
 
273 aa  109  6e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  33.76 
 
 
283 aa  105  6e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  32.74 
 
 
264 aa  105  9e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0860  Rhomboid family protein  29.79 
 
 
250 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  28.62 
 
 
273 aa  103  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  30.03 
 
 
276 aa  102  6e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  32.03 
 
 
291 aa  102  8e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2191  Rhomboid family protein  29.34 
 
 
262 aa  100  2e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  29.76 
 
 
273 aa  94  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3495  rhomboid family protein  32.53 
 
 
297 aa  94  3e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.335831 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1588  Rhomboid family protein  25.97 
 
 
296 aa  76.6  0.0000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.186801  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0482  Rhomboid family protein  32.39 
 
 
241 aa  75.9  0.0000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  31.48 
 
 
279 aa  71.2  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  27.4 
 
 
197 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  33.11 
 
 
232 aa  68.2  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  28.67 
 
 
207 aa  67.4  0.0000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1387  hypothetical protein  34.42 
 
 
202 aa  65.5  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0256989  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1317  rhomboid family protein  34.42 
 
 
202 aa  65.1  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.175415  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  28.44 
 
 
220 aa  63.9  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  30.72 
 
 
220 aa  63.5  0.000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0287  hypothetical protein  30.83 
 
 
279 aa  62  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.742971  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6787  Rhomboid family protein  29.45 
 
 
280 aa  61.6  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.132625 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  31.37 
 
 
224 aa  61.6  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2965  Rhomboid family protein  32.67 
 
 
318 aa  60.8  0.00000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.58204  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  27.96 
 
 
209 aa  60.5  0.00000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  29.44 
 
 
197 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  28.76 
 
 
220 aa  59.3  0.00000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4665  rhomboid-like protein  32.28 
 
 
285 aa  57.8  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0599  AN1-type Zinc finger protein  30.95 
 
 
321 aa  57.4  0.0000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.715069  normal  0.614872 
 
 
-
 
NC_002950  PG1404  rhomboid family protein  29.38 
 
 
238 aa  57.4  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.334243 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  32 
 
 
198 aa  57  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  28.36 
 
 
205 aa  57  0.0000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2019  rhomboid family protein  30.49 
 
 
226 aa  56.6  0.0000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.334479  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  29.41 
 
 
444 aa  56.2  0.0000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2632  Rhomboid family protein  32.75 
 
 
310 aa  55.8  0.0000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2666  Rhomboid family protein  33.12 
 
 
208 aa  54.3  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0426657 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1130  integral membrane protein  25.96 
 
 
196 aa  54.3  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283045  normal  0.0126937 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1155  rhomboid-like protein  30.77 
 
 
155 aa  53.5  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  26.11 
 
 
234 aa  53.1  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0132  rhomboid family protein  31.62 
 
 
190 aa  52.8  0.000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_139  rhomboid  32.35 
 
 
190 aa  52.4  0.000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1735  GntR family transcriptional regulator  31.01 
 
 
340 aa  52.4  0.000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  28.64 
 
 
237 aa  52  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2078  rhomboid family protein  27.88 
 
 
226 aa  52  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.347543  normal  0.269308 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0239  rhomboid family protein  30.23 
 
 
190 aa  51.6  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  28.66 
 
 
200 aa  51.2  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2451  Rhomboid family protein  31.87 
 
 
326 aa  51.6  0.00002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1220  Rhomboid family protein  28.48 
 
 
228 aa  50.8  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.231981 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  28.24 
 
 
359 aa  50.8  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0312  rhomboid family protein  31.28 
 
 
206 aa  50.4  0.00004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000705799  hitchhiker  0.00414604 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4502  rhomboid family protein  29.73 
 
 
212 aa  49.7  0.00005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0633  hypothetical protein  22.76 
 
 
263 aa  50.1  0.00005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07075  rhomboid family protein  25.37 
 
 
247 aa  49.3  0.00007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1552  Rhomboid family protein  31.43 
 
 
200 aa  49.3  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000315131 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  27.78 
 
 
293 aa  47.4  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4409  Rhomboid family protein  28.27 
 
 
197 aa  47.4  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.824835 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  28.92 
 
 
261 aa  47.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4542  Rhomboid family protein  28.27 
 
 
197 aa  47.4  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00483276 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  27.35 
 
 
234 aa  47.4  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00720  uncharacterized membrane protein  30.95 
 
 
313 aa  47  0.0004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0210  rhomboid family protein  25.37 
 
 
249 aa  46.6  0.0005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  29.49 
 
 
396 aa  46.6  0.0005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00150  uncharacterized membrane protein  40.43 
 
 
306 aa  46.6  0.0005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.143019  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  30.07 
 
 
260 aa  46.2  0.0006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  30.07 
 
 
260 aa  46.2  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0305  rhomboid-like protein  30.14 
 
 
230 aa  45.8  0.0007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_8424  predicted protein  28.68 
 
 
160 aa  45.8  0.0007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.339927  normal  0.0315766 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  30.07 
 
 
229 aa  45.8  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  30.21 
 
 
211 aa  45.8  0.0009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB05400  hypothetical protein  34.26 
 
 
330 aa  45.4  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0369764  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3810  Rhomboid family protein  22.09 
 
 
261 aa  45.4  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.450903  normal  0.184474 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  39.68 
 
 
292 aa  45.4  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1367  Rhomboid family protein  31.79 
 
 
205 aa  45.4  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.870184  normal  0.274757 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  47.46 
 
 
286 aa  45.4  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1039  serine protease  30.07 
 
 
202 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224714  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0278  rhomboid family protein  29.93 
 
 
202 aa  45.1  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0021  S54 family peptidase  30.07 
 
 
202 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0391  S54 family peptidase  30.07 
 
 
202 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1192  S54 family peptidase  30.07 
 
 
202 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.970208  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  26.6 
 
 
226 aa  45.1  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00672  peptidase, S54 (rhomboid) family  29.22 
 
 
202 aa  44.7  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.271958  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  42.59 
 
 
201 aa  45.1  0.002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  26.99 
 
 
265 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  32.56 
 
 
292 aa  44.7  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5745  Rhomboid family protein  33.95 
 
 
207 aa  44.3  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  40 
 
 
238 aa  44.7  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2304  Rhomboid family protein  32.23 
 
 
203 aa  43.9  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0147214  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13218  hypothetical protein  30.14 
 
 
216 aa  43.1  0.005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  23.6 
 
 
513 aa  43.1  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.887377 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>