241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_7007 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007952  Bxe_B3024  putative phage integrase  92.22 
 
 		 360 aa  642    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7007  integrase family protein  100 
 
 		 360 aa  723    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.436087 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4156  integrase family protein  75.81 
 
 		 354 aa  487  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0002  phage integrase family protein  67.56 
 
 		 347 aa  441  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0002  integrase  67.86 
 
 		 347 aa  432  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.66685  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0002  phage integrase family protein  67.56 
 
 		 347 aa  430  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1507  phage integrase family protein  67.56 
 
 		 347 aa  431  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0506287  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1148  phage integrase family protein  67.56 
 
 		 347 aa  430  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0330275  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1428  phage integrase family protein  67.26 
 
 		 347 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.310189  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0002  phage integrase family site specific recombinase  67.56 
 
 		 347 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0003  phage integrase family site specific recombinase  67.26 
 
 		 347 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0001  Phage integrase  60.71 
 
 		 339 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4969  phage integrase family protein  60.71 
 
 		 337 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.188705  normal  0.373928 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4539  integrase family protein  62.62 
 
 		 339 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3112  integrase family protein  60.71 
 
 		 337 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.295128 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5161  phage integrase  62.62 
 
 		 339 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5698  phage integrase family protein  62.62 
 
 		 339 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.515749  hitchhiker  0.00119848 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3158  integrase family protein  64.05 
 
 		 337 aa  397  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5594  integrase/recombinase protein  40.12 
 
 		 341 aa  200  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727948  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3675  phage integrase / Tyr recombinase protein  37.24 
 
 		 358 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6006  tyr recombinase activity site-specific recombination  32.38 
 
 		 391 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4344  integrase/recombinase protein  36.45 
 
 		 326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.509087 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4234  integrase family protein  36.45 
 
 		 326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02608  integrase/recombinase protein  35.37 
 
 		 323 aa  161  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.524066  normal  0.0976015 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4939  phage integrase family protein  33.78 
 
 		 305 aa  112  7.000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.267668  normal  0.379493 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5993  Phage integrase  29.7 
 
 		 342 aa  99.4  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6298  integrase family protein  29.23 
 
 		 340 aa  90.1  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7390  integrase family protein  25.5 
 
 		 313 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.335502 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5154  integrase family protein  25.67 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.557863  normal  0.471019 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6690  integrase family protein  30.03 
 
 		 333 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.254504 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1729  integrase family protein  25.67 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.873688  normal  0.924027 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6618  Phage integrase  29.93 
 
 		 312 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.821698 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5847  phage integrase  29.7 
 
 		 311 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.687418  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6214  phage integrase family protein  29.7 
 
 		 311 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419719  hitchhiker  0.00629138 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5334  integrase family protein  30.87 
 
 		 313 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.0475719 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0405  hypothetical protein  24.43 
 
 		 380 aa  62.4  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000315128  hitchhiker  0.0000725469 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5041  hypothetical protein  23.24 
 
 		 328 aa  59.3  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.283113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  23.76 
 
 		 290 aa  58.5  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  26.78 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0370  integrase family protein  27.12 
 
 		 332 aa  57.4  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  29.71 
 
 		 301 aa  57  0.0000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0394  tyrosine recombinase XerC  26.32 
 
 		 299 aa  55.8  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3631  tyrosine recombinase XerC  26.32 
 
 		 299 aa  55.8  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.465228 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0393  tyrosine recombinase XerC  26.32 
 
 		 299 aa  55.8  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.426652 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4306  integrase/recombinase XerC  26.97 
 
 		 299 aa  55.1  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  24.5 
 
 		 308 aa  55.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6779  integrase family protein  26.44 
 
 		 309 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0421  integrase family protein  27.23 
 
 		 329 aa  54.3  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5937  phage integrase family protein  27.45 
 
 		 329 aa  53.5  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0753  tyrosine recombinase XerD subunit  24.66 
 
 		 297 aa  52.4  0.00001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000038176  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.23 
 
 		 298 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.61 
 
 		 298 aa  52  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3971  tyrosine recombinase XerC  26.95 
 
 		 306 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.61 
 
 		 298 aa  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  24.61 
 
 		 298 aa  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.61 
 
 		 298 aa  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  24.61 
 
 		 298 aa  52  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  32.2 
 
 		 319 aa  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.61 
 
 		 298 aa  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.61 
 
 		 298 aa  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0325  tyrosine recombinase XerC  25.66 
 
 		 297 aa  51.6  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  29.94 
 
 		 303 aa  51.6  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.61 
 
 		 298 aa  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  21.92 
 
 		 325 aa  50.8  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3894  tyrosine recombinase XerC  26.95 
 
 		 306 aa  50.8  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533729 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.08 
 
 		 298 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4087  tyrosine recombinase XerC  26.95 
 
 		 306 aa  51.2  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0169707 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3580  tyrosine recombinase XerC  25.66 
 
 		 302 aa  51.2  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.636062  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.08 
 
 		 298 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.08 
 
 		 298 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.08 
 
 		 298 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0600  phage integrase family protein  25.94 
 
 		 329 aa  51.2  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3993  tyrosine recombinase XerC  26.95 
 
 		 306 aa  50.8  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.61 
 
 		 298 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.04 
 
 		 302 aa  50.4  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4243  phage integrase  26.88 
 
 		 309 aa  50.1  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000426285 
 
 
-
 
NC_013167  Cyan8802_4618  integrase family protein  29.33 
 
 		 311 aa  49.7  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.87 
 
 		 303 aa  49.7  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4897  integrase family protein  29.71 
 
 		 336 aa  49.7  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3960  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.92 
 
 		 311 aa  49.3  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.011638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.87 
 
 		 303 aa  49.7  0.00009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.87 
 
 		 303 aa  49.7  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.11 
 
 		 305 aa  49.3  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.15 
 
 		 302 aa  48.9  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.182372  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  27.61 
 
 		 332 aa  48.9  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0393  tyrosine recombinase XerC  26.17 
 
 		 321 aa  48.9  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  27.54 
 
 		 290 aa  48.9  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  29.34 
 
 		 297 aa  49.3  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3700  integrase family protein  24.14 
 
 		 295 aa  49.3  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  27.54 
 
 		 290 aa  48.9  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  29.33 
 
 		 373 aa  49.3  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0131  integrase family protein  25.81 
 
 		 312 aa  48.1  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.144823 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  22.75 
 
 		 295 aa  48.5  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  22.97 
 
 		 297 aa  48.9  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1344  integrase family protein  25.5 
 
 		 292 aa  48.5  0.0002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000678444  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  24.83 
 
 		 284 aa  48.1  0.0002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5643  tyrosine recombinase XerD  27.95 
 
 		 299 aa  48.5  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.776137 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  22.75 
 
 		 295 aa  48.5  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1273  phage integrase  28.43 
 
 		 331 aa  48.1  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.010146 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  25.95 
 
 		 309 aa  47.8  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>