110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3675 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3675  phage integrase / Tyr recombinase protein  100 
 
 		 358 aa  719    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5594  integrase/recombinase protein  68.77 
 
 		 341 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727948  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02608  integrase/recombinase protein  47.83 
 
 		 323 aa  253  5.000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.524066  normal  0.0976015 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4344  integrase/recombinase protein  46.52 
 
 		 326 aa  236  3e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.509087 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4234  integrase family protein  46.52 
 
 		 326 aa  236  3e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0002  phage integrase family protein  36.99 
 
 		 347 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7007  integrase family protein  37.24 
 
 		 360 aa  195  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.436087 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1428  phage integrase family protein  38.27 
 
 		 347 aa  192  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.310189  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0003  phage integrase family site specific recombinase  38.27 
 
 		 347 aa  192  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0002  phage integrase family protein  38.27 
 
 		 347 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1507  phage integrase family protein  38.27 
 
 		 347 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0506287  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1148  phage integrase family protein  38.27 
 
 		 347 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0330275  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0002  integrase  38.27 
 
 		 347 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.66685  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0002  phage integrase family site specific recombinase  38.27 
 
 		 347 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5161  phage integrase  37.65 
 
 		 339 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5698  phage integrase family protein  37.65 
 
 		 339 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.515749  hitchhiker  0.00119848 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4539  integrase family protein  37.65 
 
 		 339 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3158  integrase family protein  37.27 
 
 		 337 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4969  phage integrase family protein  38.58 
 
 		 337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.188705  normal  0.373928 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0001  Phage integrase  38.05 
 
 		 339 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3112  integrase family protein  37.98 
 
 		 337 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.295128 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3024  putative phage integrase  37.83 
 
 		 360 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4156  integrase family protein  35.31 
 
 		 354 aa  176  7e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6006  tyr recombinase activity site-specific recombination  26.58 
 
 		 391 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4939  phage integrase family protein  29.61 
 
 		 305 aa  89.4  8e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.267668  normal  0.379493 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5154  integrase family protein  26.03 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.557863  normal  0.471019 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1729  integrase family protein  26.03 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.873688  normal  0.924027 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7390  integrase family protein  27.55 
 
 		 313 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.335502 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6690  integrase family protein  28.62 
 
 		 333 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.254504 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5993  Phage integrase  28.44 
 
 		 342 aa  67.4  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6298  integrase family protein  26.91 
 
 		 340 aa  65.5  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5847  phage integrase  27.53 
 
 		 311 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.687418  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6214  phage integrase family protein  27.53 
 
 		 311 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419719  hitchhiker  0.00629138 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  26.38 
 
 		 300 aa  59.7  0.00000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6618  Phage integrase  27.04 
 
 		 312 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.821698 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  26.3 
 
 		 309 aa  59.7  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  25.73 
 
 		 309 aa  55.8  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  25.73 
 
 		 309 aa  54.7  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0015  Phage integrase  25.72 
 
 		 310 aa  53.9  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.230922  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2409  integrase family protein  28.57 
 
 		 197 aa  53.1  0.000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.17 
 
 		 302 aa  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1056  integrase family protein  28.57 
 
 		 197 aa  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0180759 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0795  phage integrase family protein  32.89 
 
 		 283 aa  51.6  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2871  integrase family protein  27.89 
 
 		 198 aa  50.8  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0924  phage integrase family protein  30.77 
 
 		 294 aa  50.4  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.852644  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  31.25 
 
 		 319 aa  50.1  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0405  hypothetical protein  25.34 
 
 		 380 aa  50.1  0.00006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000315128  hitchhiker  0.0000725469 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.28 
 
 		 324 aa  49.7  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5937  phage integrase family protein  29.27 
 
 		 329 aa  49.7  0.00008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5041  hypothetical protein  22.96 
 
 		 328 aa  49.3  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.283113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0200  site-specific tyrosine recombinase XerS  22.7 
 
 		 361 aa  49.3  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  9.249629999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4591  integrase family protein  31.76 
 
 		 316 aa  48.5  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000000427706  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0409  Phage integrase  25.49 
 
 		 317 aa  48.5  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.383536  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0788  phage integrase family protein  26.49 
 
 		 293 aa  48.5  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013167  Cyan8802_4618  integrase family protein  26.81 
 
 		 311 aa  48.1  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8115  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.23 
 
 		 312 aa  48.5  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00832586  n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4462  integrase family protein  26.81 
 
 		 311 aa  47.8  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4949  hypothetical protein  30.43 
 
 		 416 aa  47.4  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.284652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0229  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  24.16 
 
 		 362 aa  47.4  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2413  integrase family protein  27.74 
 
 		 182 aa  47.4  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1349  integrase family protein  22.29 
 
 		 291 aa  47  0.0005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  24.61 
 
 		 300 aa  47  0.0005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4760  integrase family protein  30.71 
 
 		 354 aa  47  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5532  site-specific tyrosine recombinase XerS  24.34 
 
 		 368 aa  47  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000644958 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0261  site-specific tyrosine recombinase XerS  22.09 
 
 		 361 aa  47  0.0005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  28.24 
 
 		 298 aa  47  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  30.65 
 
 		 377 aa  47  0.0006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0218  integrase family protein  26.35 
 
 		 191 aa  46.6  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0399465 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0687  Phage integrase  29.22 
 
 		 310 aa  46.6  0.0007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.004827  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0366  phage integrase family site specific recombinase  27.04 
 
 		 173 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.61457  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  25.16 
 
 		 300 aa  46.2  0.0008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  25.76 
 
 		 305 aa  46.2  0.0008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0776  hypothetical protein  27.56 
 
 		 188 aa  46.2  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.371446 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0839  DNA recombinase HbiF  27.56 
 
 		 188 aa  46.2  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000821916 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0873  HbiF  27.56 
 
 		 188 aa  46.2  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.102979  normal  0.239355 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  25.16 
 
 		 300 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  25.68 
 
 		 303 aa  45.8  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  23.85 
 
 		 295 aa  45.8  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  23.85 
 
 		 295 aa  45.8  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5334  integrase family protein  26.18 
 
 		 313 aa  45.8  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.0475719 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6779  integrase family protein  24.05 
 
 		 309 aa  45.8  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0287  integrase domain protein SAM domain protein  24.39 
 
 		 362 aa  45.8  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0311  site-specific tyrosine recombinase XerS  22.09 
 
 		 361 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1624  phage/XerD family site-specific recombinase  25.89 
 
 		 341 aa  45.1  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.389199 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.52 
 
 		 313 aa  45.1  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  22.69 
 
 		 291 aa  45.4  0.002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  26.41 
 
 		 301 aa  44.7  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  24.6 
 
 		 300 aa  44.7  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  31.61 
 
 		 254 aa  44.3  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.03 
 
 		 303 aa  44.7  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.03 
 
 		 303 aa  44.7  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.03 
 
 		 303 aa  44.7  0.003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5582  integrase family protein  25.1 
 
 		 313 aa  44.3  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  29.87 
 
 		 312 aa  43.9  0.004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.7 
 
 		 302 aa  43.9  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3835  tyrosine recombinase XerC  25.32 
 
 		 304 aa  43.9  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.955587  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0768  integrase family protein  28.05 
 
 		 337 aa  43.9  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000101801 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00295  site-specific recombinase, phage integrase family protein  27.63 
 
 		 297 aa  43.5  0.005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  26.74 
 
 		 332 aa  43.5  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  26.14 
 
 		 373 aa  43.5  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>