More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1729 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1729  integrase family protein  100 
 
 		 297 aa  600  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.873688  normal  0.924027 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5154  integrase family protein  98.32 
 
 		 297 aa  594  1e-169  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.557863  normal  0.471019 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5993  Phage integrase  47.67 
 
 		 342 aa  245  6e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6690  integrase family protein  44 
 
 		 333 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.254504 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6779  integrase family protein  44.15 
 
 		 309 aa  205  6e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5847  phage integrase  43 
 
 		 311 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.687418  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6214  phage integrase family protein  43 
 
 		 311 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419719  hitchhiker  0.00629138 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7390  integrase family protein  39.86 
 
 		 313 aa  200  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.335502 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5334  integrase family protein  43.67 
 
 		 313 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.0475719 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6618  Phage integrase  43 
 
 		 312 aa  196  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.821698 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5041  hypothetical protein  28.25 
 
 		 328 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.283113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1507  phage integrase family protein  26.76 
 
 		 347 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0506287  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0002  phage integrase family site specific recombinase  26.76 
 
 		 347 aa  93.2  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0002  phage integrase family protein  26.76 
 
 		 347 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0002  integrase  26.76 
 
 		 347 aa  93.6  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.66685  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1148  phage integrase family protein  26.76 
 
 		 347 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0330275  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0002  phage integrase family protein  26.76 
 
 		 347 aa  92.4  8e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1428  phage integrase family protein  26.42 
 
 		 347 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.310189  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0003  phage integrase family site specific recombinase  26.42 
 
 		 347 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0153  hypothetical protein  45.45 
 
 		 309 aa  85.9  8e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0001  Phage integrase  25.75 
 
 		 339 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4156  integrase family protein  25.67 
 
 		 354 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4969  phage integrase family protein  25.75 
 
 		 337 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.188705  normal  0.373928 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3112  integrase family protein  25.75 
 
 		 337 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.295128 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4939  phage integrase family protein  26.91 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.267668  normal  0.379493 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7007  integrase family protein  25.67 
 
 		 360 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.436087 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4539  integrase family protein  25.08 
 
 		 339 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5161  phage integrase  25.08 
 
 		 339 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5698  phage integrase family protein  25.08 
 
 		 339 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.515749  hitchhiker  0.00119848 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3158  integrase family protein  24.41 
 
 		 337 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5594  integrase/recombinase protein  25.48 
 
 		 341 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727948  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0405  hypothetical protein  28.51 
 
 		 380 aa  71.2  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000315128  hitchhiker  0.0000725469 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3675  phage integrase / Tyr recombinase protein  26.03 
 
 		 358 aa  70.9  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_003296  RS02608  integrase/recombinase protein  26.9 
 
 		 323 aa  69.3  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.524066  normal  0.0976015 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4234  integrase family protein  27.09 
 
 		 326 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4344  integrase/recombinase protein  27.09 
 
 		 326 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.509087 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  24.21 
 
 		 296 aa  67  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  24.9 
 
 		 294 aa  65.5  0.0000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3024  putative phage integrase  27.33 
 
 		 360 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  30.63 
 
 		 291 aa  65.5  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  31.17 
 
 		 317 aa  65.1  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  31.58 
 
 		 310 aa  63.2  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  29.87 
 
 		 302 aa  61.6  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1118  tyrosine recombinase XerD  27.17 
 
 		 304 aa  62  0.00000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  27.71 
 
 		 307 aa  61.6  0.00000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  25.67 
 
 		 296 aa  61.2  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  32.53 
 
 		 311 aa  61.2  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  29.36 
 
 		 297 aa  61.2  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  27.81 
 
 		 307 aa  61.2  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  29.26 
 
 		 293 aa  60.5  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0989  integrase family protein  33.54 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0618431 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.13 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2992  tyrosine recombinase XerD  30.77 
 
 		 308 aa  59.7  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  29.82 
 
 		 308 aa  60.1  0.00000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  26.5 
 
 		 304 aa  60.1  0.00000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11716  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.09 
 
 		 311 aa  59.3  0.00000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.162629 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  27.64 
 
 		 301 aa  58.2  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  27.45 
 
 		 295 aa  58.5  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2344  phage integrase  31.72 
 
 		 322 aa  58.9  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0456613  normal  0.219342 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  32.67 
 
 		 346 aa  58.5  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  29.46 
 
 		 302 aa  58.5  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  27.8 
 
 		 294 aa  57.8  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  28.82 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1547  phage integrase family protein  33.93 
 
 		 336 aa  58.2  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.268843 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  25.23 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  27.33 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  24.01 
 
 		 284 aa  57  0.0000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.72 
 
 		 296 aa  57  0.0000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  26.22 
 
 		 297 aa  57  0.0000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  26.7 
 
 		 310 aa  57  0.0000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0485  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.23 
 
 		 322 aa  56.2  0.0000006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.853028 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  30.68 
 
 		 315 aa  56.2  0.0000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2063  tyrosine recombinase XerD  25.99 
 
 		 290 aa  56.2  0.0000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3835  tyrosine recombinase XerC  28.57 
 
 		 304 aa  55.8  0.0000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.955587  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2194  integrase family protein  33.33 
 
 		 317 aa  55.8  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  27.2 
 
 		 373 aa  55.8  0.0000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  26.16 
 
 		 296 aa  55.5  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1617  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.48 
 
 		 330 aa  55.1  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000155402  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1777  tyrosine recombinase XerD  25.42 
 
 		 290 aa  55.1  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  26.29 
 
 		 320 aa  55.5  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.49 
 
 		 317 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2834  integrase family protein  31.94 
 
 		 314 aa  54.7  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.061361  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09860  tyrosine recombinase XerC subunit  29.81 
 
 		 329 aa  54.7  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  29.53 
 
 		 302 aa  54.7  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  27.18 
 
 		 314 aa  55.1  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.88 
 
 		 314 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  28.21 
 
 		 343 aa  54.3  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15290  tyrosine recombinase XerD subunit  29.24 
 
 		 332 aa  54.3  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.203953  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1555  tyrosine recombinase XerD  26.24 
 
 		 290 aa  54.7  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0251  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.75 
 
 		 355 aa  54.7  0.000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00631913  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.58 
 
 		 299 aa  54.7  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.53 
 
 		 296 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.53 
 
 		 296 aa  53.9  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.53 
 
 		 296 aa  53.9  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.53 
 
 		 296 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12908  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.88 
 
 		 298 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000436053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.53 
 
 		 296 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.53 
 
 		 296 aa  53.9  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.53 
 
 		 296 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  27.34 
 
 		 362 aa  53.9  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>