More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2344 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2344  phage integrase  100 
 
 		 322 aa  626  1e-178  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0456613  normal  0.219342 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3619  phage integrase family protein  53.4 
 
 		 309 aa  267  2e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.215155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0788  phage integrase family protein  38.35 
 
 		 293 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0795  phage integrase family protein  36.95 
 
 		 283 aa  147  3e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2179  integrase family protein  38.44 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.353401  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0775  phage integrase family protein  38.49 
 
 		 286 aa  137  3.0000000000000003e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0341069  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  35.53 
 
 		 285 aa  134  9.999999999999999e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  44.13 
 
 		 302 aa  122  7e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  35.11 
 
 		 295 aa  122  9.999999999999999e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0485  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.9 
 
 		 322 aa  120  3e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.853028 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  28.41 
 
 		 299 aa  119  6e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  30.08 
 
 		 284 aa  119  7.999999999999999e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  44.51 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  29.17 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  35.41 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  34 
 
 		 314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  34.78 
 
 		 296 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  32.97 
 
 		 290 aa  118  1.9999999999999998e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  33.8 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  43.9 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  35.54 
 
 		 332 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  43.29 
 
 		 302 aa  116  6e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  37.15 
 
 		 313 aa  116  6e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09860  tyrosine recombinase XerC subunit  34.65 
 
 		 329 aa  115  6.9999999999999995e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  31.73 
 
 		 296 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0037  integrase-recombinase protein  28.88 
 
 		 285 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.491877  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.62 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1970  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.03 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.62 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.41 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.62 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  44.08 
 
 		 306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.62 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.62 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.62 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.62 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.62 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1990  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.03 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.32 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.62 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  36.47 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2036  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.03 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0541579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.15 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  36.33 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.04 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  34.77 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4135  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.81 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.383086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  35.43 
 
 		 294 aa  114  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.95 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.33 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225708  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.95 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0128  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.51 
 
 		 303 aa  114  3e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.95 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  34.04 
 
 		 294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  41.75 
 
 		 362 aa  113  5e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  44.44 
 
 		 304 aa  112  6e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  31.29 
 
 		 299 aa  112  6e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  30.82 
 
 		 305 aa  112  7.000000000000001e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  41.67 
 
 		 346 aa  112  7.000000000000001e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.07 
 
 		 299 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  42.16 
 
 		 324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  41.33 
 
 		 310 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  41.03 
 
 		 306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  30.11 
 
 		 291 aa  111  2.0000000000000002e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  27.96 
 
 		 291 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0318  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.74 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  35.39 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  37.99 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  37.57 
 
 		 298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  32.88 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.8 
 
 		 300 aa  110  5e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  30.87 
 
 		 315 aa  109  6e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1821  integrase family protein  28.52 
 
 		 307 aa  109  7.000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0364742  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2439  integrase family protein  28.22 
 
 		 283 aa  109  8.000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000285613  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2260  integrase family protein  44.87 
 
 		 395 aa  108  8.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.46728  normal  0.0539974 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.01 
 
 		 317 aa  109  8.000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002113  tyrosine recombinase XerC  38.51 
 
 		 310 aa  108  9.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3981  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.95 
 
 		 300 aa  108  9.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.105897  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0924  phage integrase family protein  30.6 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.852644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  30.5 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  39.38 
 
 		 317 aa  108  1e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.47 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.17 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.16 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  39.23 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2544  tyrosine recombinase XerC  38.2 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774585  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.3 
 
 		 330 aa  108  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  34.16 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 		 310 aa  107  2e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1846  integrase family protein  31.51 
 
 		 370 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000018136  normal  0.604263 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.16 
 
 		 298 aa  108  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00307  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.51 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  29.17 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  29.17 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5914  integrase family protein  45.78 
 
 		 325 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000658468  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  34.02 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.02 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.02 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3697  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.28 
 
 		 328 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.02 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>