181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4344 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4234  integrase family protein  100 
 
 		 326 aa  650    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4344  integrase/recombinase protein  100 
 
 		 326 aa  650    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.509087 
 
 
-
 
NC_003296  RS02608  integrase/recombinase protein  78.48 
 
 		 323 aa  472  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.524066  normal  0.0976015 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5594  integrase/recombinase protein  47.19 
 
 		 341 aa  250  3e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727948  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3675  phage integrase / Tyr recombinase protein  47.8 
 
 		 358 aa  240  2.9999999999999997e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0002  phage integrase family protein  38.01 
 
 		 347 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5161  phage integrase  38.14 
 
 		 339 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5698  phage integrase family protein  38.14 
 
 		 339 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.515749  hitchhiker  0.00119848 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0002  integrase  38.12 
 
 		 347 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.66685  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4539  integrase family protein  38.14 
 
 		 339 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0001  Phage integrase  37.5 
 
 		 339 aa  179  8e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4969  phage integrase family protein  37.5 
 
 		 337 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.188705  normal  0.373928 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1428  phage integrase family protein  37.81 
 
 		 347 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.310189  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0003  phage integrase family site specific recombinase  37.81 
 
 		 347 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0002  phage integrase family protein  37.81 
 
 		 347 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1507  phage integrase family protein  37.81 
 
 		 347 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0506287  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3112  integrase family protein  36.89 
 
 		 337 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.295128 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1148  phage integrase family protein  37.81 
 
 		 347 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0330275  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0002  phage integrase family site specific recombinase  37.81 
 
 		 347 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3158  integrase family protein  38.14 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7007  integrase family protein  36.59 
 
 		 360 aa  169  8e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.436087 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4156  integrase family protein  37.11 
 
 		 354 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3024  putative phage integrase  36.89 
 
 		 360 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6006  tyr recombinase activity site-specific recombination  26.94 
 
 		 391 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4939  phage integrase family protein  30.66 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.267668  normal  0.379493 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5154  integrase family protein  27.27 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.557863  normal  0.471019 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1729  integrase family protein  27.55 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.873688  normal  0.924027 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7390  integrase family protein  26.07 
 
 		 313 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.335502 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6779  integrase family protein  23.81 
 
 		 309 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  27.94 
 
 		 318 aa  58.9  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002113  tyrosine recombinase XerC  27.71 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5993  Phage integrase  25.16 
 
 		 342 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6618  Phage integrase  26.92 
 
 		 312 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.821698 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  24.75 
 
 		 306 aa  57.8  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6690  integrase family protein  28.76 
 
 		 333 aa  57  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.254504 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0517  integrase family protein  25.16 
 
 		 335 aa  56.2  0.0000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  30.22 
 
 		 294 aa  55.5  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00307  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.11 
 
 		 313 aa  55.5  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0238  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.67 
 
 		 306 aa  54.7  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0625179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.91 
 
 		 299 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  29.22 
 
 		 332 aa  54.3  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5847  phage integrase  28.43 
 
 		 311 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.687418  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6214  phage integrase family protein  28.43 
 
 		 311 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419719  hitchhiker  0.00629138 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6298  integrase family protein  29.15 
 
 		 340 aa  53.9  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0128  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.1 
 
 		 303 aa  53.5  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.19 
 
 		 302 aa  53.5  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  22.51 
 
 		 306 aa  52.8  0.000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  27.27 
 
 		 295 aa  52.8  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.52 
 
 		 303 aa  52.4  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.52 
 
 		 303 aa  52.4  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.52 
 
 		 303 aa  52.4  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  22.18 
 
 		 305 aa  51.2  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  27.53 
 
 		 293 aa  51.6  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  29.07 
 
 		 302 aa  50.8  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  29.79 
 
 		 332 aa  50.8  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  25 
 
 		 295 aa  50.8  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.55 
 
 		 291 aa  50.8  0.00003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  22.65 
 
 		 304 aa  50.8  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  22.84 
 
 		 295 aa  50.8  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  32.14 
 
 		 304 aa  50.4  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  21.55 
 
 		 307 aa  50.4  0.00004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  27.85 
 
 		 304 aa  50.1  0.00005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.58 
 
 		 303 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.1 
 
 		 305 aa  50.1  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  26.97 
 
 		 293 aa  50.1  0.00006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  27.66 
 
 		 317 aa  49.3  0.00008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.58 
 
 		 303 aa  49.3  0.00009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  21.28 
 
 		 300 aa  48.9  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4572  phage integrase  26.18 
 
 		 337 aa  48.9  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0929051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.05 
 
 		 313 aa  48.5  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  22.67 
 
 		 309 aa  49.3  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0893  tyrosine recombinase XerD  22.67 
 
 		 304 aa  49.3  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0105661 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3928  integrase family protein  22.91 
 
 		 290 aa  48.1  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5334  integrase family protein  26.47 
 
 		 313 aa  48.1  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.0475719 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0318  site-specific tyrosine recombinase XerC  21.93 
 
 		 300 aa  48.1  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  29.17 
 
 		 343 aa  48.1  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  26.06 
 
 		 303 aa  48.1  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0394  tyrosine recombinase XerC  23.91 
 
 		 299 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3631  tyrosine recombinase XerC  23.91 
 
 		 299 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.465228 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0393  tyrosine recombinase XerC  23.91 
 
 		 299 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.426652 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.32 
 
 		 324 aa  48.5  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2391  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.79 
 
 		 311 aa  48.1  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  22.67 
 
 		 309 aa  48.1  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  21.67 
 
 		 300 aa  47.8  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3894  tyrosine recombinase XerC  28.06 
 
 		 306 aa  47.8  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533729 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.14 
 
 		 298 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  23.75 
 
 		 295 aa  47.8  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  26.43 
 
 		 295 aa  47.4  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2194  integrase family protein  30.26 
 
 		 317 aa  47.4  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  22.67 
 
 		 309 aa  47.8  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3993  tyrosine recombinase XerC  28.06 
 
 		 306 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.95 
 
 		 299 aa  47.4  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3971  tyrosine recombinase XerC  28.06 
 
 		 306 aa  47.8  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0840  integrase family protein  21.71 
 
 		 294 aa  47.4  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.774041 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4087  tyrosine recombinase XerC  26.67 
 
 		 306 aa  47  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0169707 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  25.14 
 
 		 308 aa  47  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3550  integrase family protein  27.19 
 
 		 324 aa  47  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  28.57 
 
 		 343 aa  47  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1762  phage/XerD family site-specific recombinase  22.51 
 
 		 338 aa  46.6  0.0006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  26.74 
 
 		 302 aa  46.6  0.0006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>