More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02608 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS02608  integrase/recombinase protein  100 
 
 		 323 aa  638    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.524066  normal  0.0976015 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4234  integrase family protein  78.48 
 
 		 326 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4344  integrase/recombinase protein  78.48 
 
 		 326 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.509087 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5594  integrase/recombinase protein  47.63 
 
 		 341 aa  260  3e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727948  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3675  phage integrase / Tyr recombinase protein  48.45 
 
 		 358 aa  245  6e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4539  integrase family protein  37.5 
 
 		 339 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0002  phage integrase family protein  37.58 
 
 		 347 aa  178  9e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5161  phage integrase  37.5 
 
 		 339 aa  178  9e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5698  phage integrase family protein  37.5 
 
 		 339 aa  178  9e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.515749  hitchhiker  0.00119848 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0001  Phage integrase  37.14 
 
 		 339 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0002  phage integrase family protein  37.13 
 
 		 347 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1428  phage integrase family protein  37.13 
 
 		 347 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.310189  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1507  phage integrase family protein  37.13 
 
 		 347 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0506287  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1148  phage integrase family protein  37.13 
 
 		 347 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0330275  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0003  phage integrase family site specific recombinase  37.13 
 
 		 347 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0002  phage integrase family site specific recombinase  37.13 
 
 		 347 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0002  integrase  37.13 
 
 		 347 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.66685  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4969  phage integrase family protein  36.68 
 
 		 337 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.188705  normal  0.373928 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3158  integrase family protein  37.3 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3112  integrase family protein  36.36 
 
 		 337 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.295128 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7007  integrase family protein  35.98 
 
 		 360 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.436087 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4156  integrase family protein  36.28 
 
 		 354 aa  162  9e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3024  putative phage integrase  36.72 
 
 		 360 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6006  tyr recombinase activity site-specific recombination  27.27 
 
 		 391 aa  95.1  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4939  phage integrase family protein  30.51 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.267668  normal  0.379493 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5154  integrase family protein  27.93 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.557863  normal  0.471019 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1729  integrase family protein  27.59 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.873688  normal  0.924027 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7390  integrase family protein  27.53 
 
 		 313 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.335502 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0517  integrase family protein  27.62 
 
 		 335 aa  66.6  0.0000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3631  tyrosine recombinase XerC  32.12 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.465228 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0394  tyrosine recombinase XerC  32.12 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0393  tyrosine recombinase XerC  32.12 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.426652 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5993  Phage integrase  26.32 
 
 		 342 aa  62.8  0.000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0840  integrase family protein  26.39 
 
 		 294 aa  62.8  0.000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.774041 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  23.55 
 
 		 306 aa  62  0.00000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4306  integrase/recombinase XerC  32.12 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6779  integrase family protein  26.54 
 
 		 309 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  24.3 
 
 		 305 aa  60.1  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.2 
 
 		 291 aa  59.3  0.00000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6690  integrase family protein  29.7 
 
 		 333 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.254504 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.32 
 
 		 303 aa  59.3  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  27.81 
 
 		 294 aa  58.9  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  28.47 
 
 		 299 aa  58.9  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0128  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.99 
 
 		 303 aa  58.9  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0325  tyrosine recombinase XerC  29.2 
 
 		 297 aa  58.9  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  28.7 
 
 		 295 aa  58.5  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002113  tyrosine recombinase XerC  25.08 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.32 
 
 		 303 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  25.33 
 
 		 332 aa  57.4  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00307  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.68 
 
 		 313 aa  56.6  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3971  tyrosine recombinase XerC  30.66 
 
 		 306 aa  56.6  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  33.55 
 
 		 302 aa  57  0.0000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  23.05 
 
 		 294 aa  56.2  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3928  integrase family protein  24.41 
 
 		 290 aa  56.2  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0582  integrase family protein  25.17 
 
 		 330 aa  56.2  0.0000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.132855 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4087  tyrosine recombinase XerC  30.66 
 
 		 306 aa  56.2  0.0000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0169707 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3894  tyrosine recombinase XerC  30.66 
 
 		 306 aa  55.8  0.0000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533729 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6618  Phage integrase  28.01 
 
 		 312 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.821698 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3993  tyrosine recombinase XerC  30.66 
 
 		 306 aa  55.8  0.0000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.57 
 
 		 299 aa  55.5  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5847  phage integrase  27.74 
 
 		 311 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.687418  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0447  tyrosine recombinase XerC  28.06 
 
 		 299 aa  55.8  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1013  site-specific tyrosine recombinase XerS  25 
 
 		 356 aa  55.5  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00257725  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  28.72 
 
 		 318 aa  55.1  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6214  phage integrase family protein  27.74 
 
 		 311 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419719  hitchhiker  0.00629138 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0924  phage integrase family protein  29.19 
 
 		 294 aa  54.3  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.852644  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  24 
 
 		 302 aa  55.1  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  24.74 
 
 		 295 aa  54.7  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3398  integrase  24.14 
 
 		 293 aa  55.1  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.292469  normal  0.438437 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2063  tyrosine recombinase XerD  21.18 
 
 		 290 aa  54.7  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1777  tyrosine recombinase XerD  21.18 
 
 		 290 aa  55.1  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6298  integrase family protein  29.41 
 
 		 340 aa  54.7  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3580  tyrosine recombinase XerC  30.66 
 
 		 302 aa  54.7  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.636062  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0611  integrase family protein  25 
 
 		 337 aa  54.3  0.000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.54 
 
 		 303 aa  54.3  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.54 
 
 		 303 aa  54.3  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  27.54 
 
 		 301 aa  53.9  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.68 
 
 		 299 aa  54.3  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.68 
 
 		 299 aa  54.3  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.54 
 
 		 303 aa  54.3  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.68 
 
 		 299 aa  54.3  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  29.2 
 
 		 294 aa  53.5  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2391  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.59 
 
 		 311 aa  53.5  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.21 
 
 		 300 aa  53.1  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.75 
 
 		 313 aa  53.1  0.000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2124  phage integrase family protein  21.32 
 
 		 301 aa  52.8  0.000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.308322  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0978  site-specific tyrosine recombinase XerS  25 
 
 		 356 aa  52.8  0.000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  30.67 
 
 		 332 aa  52.8  0.000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  24.28 
 
 		 303 aa  52.8  0.000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0386  phage integrase family site specific recombinase  24.11 
 
 		 400 aa  52.4  0.00001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  23.83 
 
 		 300 aa  52  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0380  tyrosine recombinase XerC  26.28 
 
 		 304 aa  52.4  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  22.48 
 
 		 295 aa  51.6  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  21.92 
 
 		 305 aa  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0124  phage integrase family protein  23.18 
 
 		 298 aa  51.6  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.776243  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  27.34 
 
 		 296 aa  51.6  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  30.82 
 
 		 304 aa  51.2  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  24.05 
 
 		 300 aa  51.2  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.09 
 
 		 315 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0401  integrase family protein  22.81 
 
 		 310 aa  51.2  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>