107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_C5993 on replicon NC_007336
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007336  Reut_C5993  Phage integrase  100 
 
 		 342 aa  699    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6779  integrase family protein  51.83 
 
 		 309 aa  258  9e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5154  integrase family protein  47.33 
 
 		 297 aa  250  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.557863  normal  0.471019 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1729  integrase family protein  47.67 
 
 		 297 aa  250  3e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.873688  normal  0.924027 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7390  integrase family protein  45.95 
 
 		 313 aa  236  4e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.335502 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6690  integrase family protein  49.17 
 
 		 333 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.254504 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5847  phage integrase  48.99 
 
 		 311 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.687418  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6214  phage integrase family protein  48.99 
 
 		 311 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419719  hitchhiker  0.00629138 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6618  Phage integrase  47.46 
 
 		 312 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.821698 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5334  integrase family protein  48.66 
 
 		 313 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.0475719 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7007  integrase family protein  29.7 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.436087 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0405  hypothetical protein  32.85 
 
 		 380 aa  102  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000315128  hitchhiker  0.0000725469 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5041  hypothetical protein  28.84 
 
 		 328 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.283113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3024  putative phage integrase  28.71 
 
 		 360 aa  92.8  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4156  integrase family protein  28.05 
 
 		 354 aa  92  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4969  phage integrase family protein  31.44 
 
 		 337 aa  90.9  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.188705  normal  0.373928 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3112  integrase family protein  31.88 
 
 		 337 aa  90.9  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.295128 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5594  integrase/recombinase protein  28.84 
 
 		 341 aa  90.1  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727948  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0002  phage integrase family protein  32.75 
 
 		 347 aa  89.4  8e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1148  phage integrase family protein  32.75 
 
 		 347 aa  89.4  8e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0330275  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1507  phage integrase family protein  32.75 
 
 		 347 aa  89.4  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0506287  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0002  phage integrase family protein  32.9 
 
 		 347 aa  89.4  9e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0153  hypothetical protein  46.94 
 
 		 309 aa  89.4  9e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0002  integrase  32.75 
 
 		 347 aa  89.4  9e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.66685  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0002  phage integrase family site specific recombinase  32.75 
 
 		 347 aa  89.4  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3158  integrase family protein  30.87 
 
 		 337 aa  89.4  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1428  phage integrase family protein  32.75 
 
 		 347 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.310189  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0003  phage integrase family site specific recombinase  32.75 
 
 		 347 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0001  Phage integrase  31.44 
 
 		 339 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4539  integrase family protein  31.44 
 
 		 339 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5161  phage integrase  31.44 
 
 		 339 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5698  phage integrase family protein  31.44 
 
 		 339 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.515749  hitchhiker  0.00119848 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4939  phage integrase family protein  27.78 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.267668  normal  0.379493 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3675  phage integrase / Tyr recombinase protein  29.15 
 
 		 358 aa  69.3  0.00000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_003296  RS02608  integrase/recombinase protein  26.32 
 
 		 323 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.524066  normal  0.0976015 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6006  tyr recombinase activity site-specific recombination  24.26 
 
 		 391 aa  62.4  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6298  integrase family protein  26.21 
 
 		 340 aa  61.2  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0229  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  24.91 
 
 		 362 aa  55.5  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.57 
 
 		 301 aa  54.7  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0287  integrase domain protein SAM domain protein  24.91 
 
 		 362 aa  55.1  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  30.34 
 
 		 285 aa  55.1  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2421  integrase family protein  23.02 
 
 		 323 aa  55.5  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0129159 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.27 
 
 		 299 aa  54.3  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.53 
 
 		 299 aa  53.5  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.53 
 
 		 299 aa  53.5  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.53 
 
 		 299 aa  53.5  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.53 
 
 		 299 aa  53.5  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  26.56 
 
 		 295 aa  53.5  0.000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  25.21 
 
 		 317 aa  52.8  0.000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  23.92 
 
 		 290 aa  52.8  0.000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.2 
 
 		 299 aa  52.4  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.22 
 
 		 299 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.48 
 
 		 299 aa  51.6  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  25.52 
 
 		 315 aa  51.6  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.27 
 
 		 299 aa  51.6  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.66 
 
 		 299 aa  50.8  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4234  integrase family protein  24.68 
 
 		 326 aa  50.8  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4344  integrase/recombinase protein  24.68 
 
 		 326 aa  50.8  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.509087 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  29.29 
 
 		 296 aa  50.4  0.00005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.9 
 
 		 298 aa  50.1  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.9 
 
 		 298 aa  50.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.9 
 
 		 298 aa  50.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.9 
 
 		 298 aa  50.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.9 
 
 		 298 aa  50.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2179  integrase family protein  28.8 
 
 		 288 aa  49.7  0.00008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.353401  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.9 
 
 		 298 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.9 
 
 		 298 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  24.9 
 
 		 298 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.9 
 
 		 298 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.9 
 
 		 298 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.9 
 
 		 298 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.9 
 
 		 298 aa  48.5  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.9 
 
 		 298 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  24.9 
 
 		 298 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1148  phage integrase family site specific recombinase  19.06 
 
 		 328 aa  47.4  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0281308  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3558  phage integrase family protein  33.1 
 
 		 311 aa  47.8  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  27.81 
 
 		 296 aa  47.4  0.0004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  27.15 
 
 		 307 aa  47  0.0004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.79 
 
 		 298 aa  47  0.0005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.95 
 
 		 299 aa  47  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  27.04 
 
 		 294 aa  46.6  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3947  integrase family protein  26.27 
 
 		 353 aa  46.2  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.859516  normal  0.187137 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0795  phage integrase family protein  27.22 
 
 		 283 aa  46.2  0.0008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0292  tyrosine recombinase XerD  26.25 
 
 		 305 aa  45.4  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  31.94 
 
 		 302 aa  45.4  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  23.71 
 
 		 294 aa  45.4  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2540  integrase family protein  27.06 
 
 		 350 aa  45.8  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  25 
 
 		 311 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  24.8 
 
 		 291 aa  44.7  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  25.09 
 
 		 297 aa  45.1  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0775  phage integrase family protein  28.48 
 
 		 286 aa  43.9  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0341069  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3102  integrase family protein  19.8 
 
 		 301 aa  43.9  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000184896  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  30.41 
 
 		 302 aa  43.9  0.004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  24.57 
 
 		 311 aa  43.5  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 		 295 aa  43.5  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2420  integrase family protein  25.36 
 
 		 335 aa  43.1  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0132691 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.75 
 
 		 299 aa  43.1  0.006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.75 
 
 		 299 aa  43.1  0.006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.75 
 
 		 299 aa  43.1  0.006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2471  tyrosine recombinase XerC subunit  32.92 
 
 		 308 aa  43.1  0.007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0340389  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>