59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_5041 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_5041  hypothetical protein  100 
 
 		 328 aa  674    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.283113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6779  integrase family protein  30.91 
 
 		 309 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5993  Phage integrase  28.84 
 
 		 342 aa  99.4  8e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7390  integrase family protein  26.67 
 
 		 313 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.335502 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6214  phage integrase family protein  29.84 
 
 		 311 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419719  hitchhiker  0.00629138 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5847  phage integrase  29.84 
 
 		 311 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.687418  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6690  integrase family protein  29.17 
 
 		 333 aa  98.2  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.254504 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5154  integrase family protein  28.25 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.557863  normal  0.471019 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6618  Phage integrase  29.34 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.821698 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1729  integrase family protein  28.25 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.873688  normal  0.924027 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0405  hypothetical protein  26.24 
 
 		 380 aa  94.4  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000315128  hitchhiker  0.0000725469 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5334  integrase family protein  28.94 
 
 		 313 aa  92  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.0475719 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6298  integrase family protein  24.77 
 
 		 340 aa  62  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3158  integrase family protein  24.18 
 
 		 337 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4156  integrase family protein  24.09 
 
 		 354 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5594  integrase/recombinase protein  23.51 
 
 		 341 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727948  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4969  phage integrase family protein  24.83 
 
 		 337 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.188705  normal  0.373928 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  31.17 
 
 		 298 aa  60.1  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3112  integrase family protein  24.83 
 
 		 337 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.295128 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7007  integrase family protein  23.24 
 
 		 360 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.436087 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1507  phage integrase family protein  25.08 
 
 		 347 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0506287  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0003  phage integrase family site specific recombinase  24.77 
 
 		 347 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1428  phage integrase family protein  24.77 
 
 		 347 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.310189  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0002  phage integrase family site specific recombinase  24.77 
 
 		 347 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0002  phage integrase family protein  24.77 
 
 		 347 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0002  integrase  24.77 
 
 		 347 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.66685  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1148  phage integrase family protein  24.77 
 
 		 347 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0330275  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0002  phage integrase family protein  24.77 
 
 		 347 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0730  phage integrase  31.25 
 
 		 305 aa  57  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0001  Phage integrase  23.49 
 
 		 339 aa  54.7  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1268  integrase family protein  24.22 
 
 		 353 aa  53.1  0.000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5698  phage integrase family protein  23.17 
 
 		 339 aa  53.1  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.515749  hitchhiker  0.00119848 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5161  phage integrase  23.17 
 
 		 339 aa  53.1  0.000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4539  integrase family protein  23.17 
 
 		 339 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2052  integrase family protein  28.67 
 
 		 353 aa  51.6  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00829339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  27.93 
 
 		 295 aa  51.6  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4939  phage integrase family protein  24.4 
 
 		 305 aa  50.1  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.267668  normal  0.379493 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3558  phage integrase family protein  30 
 
 		 311 aa  50.1  0.00006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6006  tyr recombinase activity site-specific recombination  24.1 
 
 		 391 aa  49.3  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  25.26 
 
 		 304 aa  48.5  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0550  phage integrase family protein  23.58 
 
 		 413 aa  47.8  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.14 
 
 		 303 aa  46.6  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.14 
 
 		 303 aa  46.6  0.0006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.14 
 
 		 303 aa  46.6  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3115  phage integrase  31.3 
 
 		 298 aa  46.2  0.0009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00295  site-specific recombinase, phage integrase family protein  27.16 
 
 		 297 aa  45.4  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002113  tyrosine recombinase XerC  24.88 
 
 		 310 aa  44.3  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2540  integrase family protein  22.66 
 
 		 350 aa  44.3  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1554  integrase family protein  24.12 
 
 		 339 aa  43.9  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.86595  decreased coverage  0.00111318 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04122  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.9 
 
 		 305 aa  43.9  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3796  phage integrase family protein  32.65 
 
 		 304 aa  43.5  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4383  hypothetical protein  22.74 
 
 		 347 aa  43.5  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.99 
 
 		 294 aa  43.5  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0825  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.99 
 
 		 277 aa  43.1  0.006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104756  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4164  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.26 
 
 		 311 aa  42.7  0.007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.154418  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3024  putative phage integrase  23.24 
 
 		 360 aa  43.1  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1344  integrase family protein  24.39 
 
 		 292 aa  43.1  0.007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000678444  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3218  phage integrase family protein  27.87 
 
 		 310 aa  42.7  0.008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000104017 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1284  integrase domain protein SAM domain protein  22.98 
 
 		 227 aa  42.4  0.01  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0235313  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>