173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_7390 on replicon NC_010627
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010627  Bphy_7390  integrase family protein  100 
 
 		 313 aa  638    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.335502 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6779  integrase family protein  47.3 
 
 		 309 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6618  Phage integrase  46.33 
 
 		 312 aa  231  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.821698 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5993  Phage integrase  45.95 
 
 		 342 aa  228  7e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5847  phage integrase  45.67 
 
 		 311 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.687418  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6214  phage integrase family protein  45.67 
 
 		 311 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419719  hitchhiker  0.00629138 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6690  integrase family protein  44.67 
 
 		 333 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.254504 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5334  integrase family protein  45.66 
 
 		 313 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.0475719 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1729  integrase family protein  39.86 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.873688  normal  0.924027 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5154  integrase family protein  39.53 
 
 		 297 aa  200  3e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.557863  normal  0.471019 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0153  hypothetical protein  81.63 
 
 		 309 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5041  hypothetical protein  26.67 
 
 		 328 aa  98.6  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.283113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4969  phage integrase family protein  29.93 
 
 		 337 aa  97.1  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.188705  normal  0.373928 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3112  integrase family protein  29.93 
 
 		 337 aa  96.7  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.295128 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0001  Phage integrase  29.28 
 
 		 339 aa  90.9  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5161  phage integrase  28.66 
 
 		 339 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5698  phage integrase family protein  28.66 
 
 		 339 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.515749  hitchhiker  0.00119848 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4539  integrase family protein  28.66 
 
 		 339 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5594  integrase/recombinase protein  27.56 
 
 		 341 aa  87  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727948  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3158  integrase family protein  29.28 
 
 		 337 aa  86.7  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7007  integrase family protein  25.24 
 
 		 360 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.436087 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0002  phage integrase family protein  25.69 
 
 		 347 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1507  phage integrase family protein  26.73 
 
 		 347 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0506287  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0002  integrase  26.73 
 
 		 347 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.66685  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0002  phage integrase family site specific recombinase  26.73 
 
 		 347 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0002  phage integrase family protein  26.73 
 
 		 347 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4939  phage integrase family protein  28.46 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.267668  normal  0.379493 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1148  phage integrase family protein  26.73 
 
 		 347 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0330275  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1428  phage integrase family protein  26.4 
 
 		 347 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.310189  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0003  phage integrase family site specific recombinase  26.4 
 
 		 347 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4156  integrase family protein  26.23 
 
 		 354 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0405  hypothetical protein  28.74 
 
 		 380 aa  77.4  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000315128  hitchhiker  0.0000725469 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3024  putative phage integrase  25.83 
 
 		 360 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4344  integrase/recombinase protein  26.07 
 
 		 326 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.509087 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4234  integrase family protein  26.07 
 
 		 326 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3675  phage integrase / Tyr recombinase protein  27.55 
 
 		 358 aa  65.9  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_003296  RS02608  integrase/recombinase protein  26.58 
 
 		 323 aa  63.2  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.524066  normal  0.0976015 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  28.72 
 
 		 311 aa  63.2  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6298  integrase family protein  27.56 
 
 		 340 aa  63.2  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0840  integrase family protein  28.39 
 
 		 294 aa  62  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.774041 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3398  integrase  27.06 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.292469  normal  0.438437 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  29.05 
 
 		 294 aa  61.2  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.92 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3928  integrase family protein  33.57 
 
 		 290 aa  59.3  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0098  integrase family protein  28.08 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.43 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  27.73 
 
 		 308 aa  57.4  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  26.98 
 
 		 294 aa  57.4  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  26.26 
 
 		 293 aa  56.2  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1209  phage integrase family site specific recombinase  26.44 
 
 		 305 aa  55.5  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.764611  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.32 
 
 		 299 aa  55.5  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  29.38 
 
 		 307 aa  55.5  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  28.16 
 
 		 293 aa  55.1  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.4 
 
 		 300 aa  54.7  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.84 
 
 		 299 aa  55.1  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.09 
 
 		 299 aa  55.1  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.84 
 
 		 299 aa  55.1  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.84 
 
 		 299 aa  55.1  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.8 
 
 		 299 aa  54.3  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.8 
 
 		 299 aa  54.3  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.8 
 
 		 299 aa  54.3  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.8 
 
 		 299 aa  54.3  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  23.6 
 
 		 301 aa  53.9  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.37 
 
 		 299 aa  53.5  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.37 
 
 		 299 aa  53.1  0.000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1762  phage/XerD family site-specific recombinase  25.25 
 
 		 338 aa  52.8  0.000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0989  integrase family protein  35.37 
 
 		 292 aa  52.8  0.000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0618431 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  25 
 
 		 297 aa  52.8  0.000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0142  integrase family protein  27.49 
 
 		 292 aa  52  0.00001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  26.6 
 
 		 300 aa  52  0.00001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  24.06 
 
 		 290 aa  52  0.00001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2992  tyrosine recombinase XerD  34.93 
 
 		 308 aa  51.2  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.32 
 
 		 299 aa  51.6  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1624  phage/XerD family site-specific recombinase  28.09 
 
 		 341 aa  51.6  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.389199 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  27.03 
 
 		 318 aa  51.2  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.35 
 
 		 299 aa  51.6  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.22 
 
 		 298 aa  51.2  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  25.66 
 
 		 315 aa  51.6  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.32 
 
 		 301 aa  51.6  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  29.8 
 
 		 301 aa  50.8  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0688  integrase family protein  32.08 
 
 		 336 aa  50.4  0.00004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  24.82 
 
 		 299 aa  50.1  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2344  phage integrase  31.82 
 
 		 322 aa  50.1  0.00006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0456613  normal  0.219342 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  21.93 
 
 		 302 aa  50.1  0.00006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  29.32 
 
 		 317 aa  49.7  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  25.72 
 
 		 302 aa  49.7  0.00007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1049  integrase domain protein SAM domain protein  26.48 
 
 		 324 aa  49.7  0.00007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  24.72 
 
 		 299 aa  49.7  0.00007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1118  tyrosine recombinase XerD  27.45 
 
 		 304 aa  49.3  0.00008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1915  site-specific tyrosine recombinase XerD  34 
 
 		 345 aa  49.3  0.00008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.279776  hitchhiker  0.00138491 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  26.79 
 
 		 302 aa  49.3  0.00009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2421  integrase family protein  22.18 
 
 		 323 aa  48.9  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0129159 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  22.11 
 
 		 296 aa  48.5  0.0001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1145  tyrosine recombinase, phage integrase family  26.73 
 
 		 301 aa  48.9  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00135559  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  24.72 
 
 		 302 aa  48.9  0.0001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3550  integrase family protein  26.71 
 
 		 324 aa  48.5  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  21.77 
 
 		 305 aa  48.1  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  24.91 
 
 		 306 aa  48.1  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.83 
 
 		 300 aa  47.4  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  21.62 
 
 		 298 aa  47.4  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>