54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3947 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3947  integrase family protein  100 
 
 		 353 aa  709    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.859516  normal  0.187137 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4572  phage integrase  30.45 
 
 		 337 aa  99  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0929051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5390  phage integrase  28.09 
 
 		 358 aa  92.8  8e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.824533  normal  0.372469 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3241  hypothetical protein  30.74 
 
 		 359 aa  87  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4431  phage integrase  27.5 
 
 		 354 aa  84.3  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.521707 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4383  hypothetical protein  28.01 
 
 		 347 aa  64.3  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6779  integrase family protein  27.71 
 
 		 309 aa  55.8  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5993  Phage integrase  27 
 
 		 342 aa  53.5  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4949  hypothetical protein  23.06 
 
 		 416 aa  53.5  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.284652  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0002  phage integrase family protein  26.16 
 
 		 347 aa  53.5  0.000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0003  phage integrase family site specific recombinase  26.16 
 
 		 347 aa  53.5  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0002  phage integrase family site specific recombinase  26.16 
 
 		 347 aa  53.5  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0002  integrase  26.16 
 
 		 347 aa  53.5  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.66685  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1428  phage integrase family protein  26.16 
 
 		 347 aa  53.5  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.310189  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1148  phage integrase family protein  26.16 
 
 		 347 aa  53.5  0.000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0330275  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1507  phage integrase family protein  26.16 
 
 		 347 aa  53.1  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0506287  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0002  phage integrase family protein  25 
 
 		 347 aa  52.4  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4539  integrase family protein  22.26 
 
 		 339 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3587  integrase family protein  24.91 
 
 		 304 aa  51.2  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  decreased coverage  0.00000000515843  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5161  phage integrase  22.26 
 
 		 339 aa  51.2  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5698  phage integrase family protein  22.26 
 
 		 339 aa  51.2  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.515749  hitchhiker  0.00119848 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0405  hypothetical protein  25.41 
 
 		 380 aa  50.8  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000315128  hitchhiker  0.0000725469 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  27.45 
 
 		 302 aa  50.1  0.00006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0287  integrase domain protein SAM domain protein  28.04 
 
 		 362 aa  49.7  0.00008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5937  phage integrase family protein  29.34 
 
 		 329 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6690  integrase family protein  26.16 
 
 		 333 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.254504 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0229  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  27.57 
 
 		 362 aa  48.1  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0768  integrase family protein  26.83 
 
 		 337 aa  47.8  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000101801 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3158  integrase family protein  23.73 
 
 		 337 aa  47.4  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7390  integrase family protein  24.79 
 
 		 313 aa  47  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.335502 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7007  integrase family protein  24.42 
 
 		 360 aa  46.2  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.436087 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4969  phage integrase family protein  23.73 
 
 		 337 aa  46.2  0.0009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.188705  normal  0.373928 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4897  integrase family protein  28.82 
 
 		 336 aa  46.2  0.0009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6214  phage integrase family protein  26.58 
 
 		 311 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419719  hitchhiker  0.00629138 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5847  phage integrase  26.58 
 
 		 311 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.687418  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0001  Phage integrase  22.03 
 
 		 339 aa  45.8  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6618  Phage integrase  27.27 
 
 		 312 aa  45.1  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.821698 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  26.25 
 
 		 335 aa  44.7  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.9 
 
 		 296 aa  44.7  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3112  integrase family protein  22.88 
 
 		 337 aa  44.3  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.295128 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2399  site-specific recombinase, phage integrase family  30.43 
 
 		 332 aa  43.9  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0271  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.26 
 
 		 351 aa  43.9  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28022  normal  0.462537 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0328  integrase family protein  30.43 
 
 		 332 aa  43.9  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.133269 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0667  integrase family protein  30.43 
 
 		 332 aa  43.9  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.580243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2031  integrase family protein  30.43 
 
 		 332 aa  43.9  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0833  site-specific recombinase, phage integrase family  30.43 
 
 		 332 aa  43.9  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0509  site-specific recombinase, phage integrase family  30.43 
 
 		 332 aa  43.9  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0553  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.54 
 
 		 329 aa  43.5  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.172687  normal  0.167276 
 
 
-
 
NC_002950  PG0386  phage integrase family site specific recombinase  23.46 
 
 		 400 aa  43.5  0.006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19160  site-specific recombinase XerD  26.46 
 
 		 369 aa  43.5  0.006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0191087  normal  0.520558 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4156  integrase family protein  26.48 
 
 		 354 aa  42.7  0.009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5541  integrase family protein  24.88 
 
 		 329 aa  42.7  0.01  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0614894 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.87 
 
 		 294 aa  42.7  0.01  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0426  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.9 
 
 		 321 aa  42.7  0.01  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>