More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4243 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4243  phage integrase  100 
 
 		 309 aa  637    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000426285 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00295  site-specific recombinase, phage integrase family protein  39.33 
 
 		 297 aa  219  6e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3884  phage integrase family site specific recombinase  39.26 
 
 		 310 aa  202  7e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0730  phage integrase  37.87 
 
 		 305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3218  phage integrase family protein  38.26 
 
 		 310 aa  196  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000104017 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3558  phage integrase family protein  36.45 
 
 		 311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5582  integrase family protein  35.25 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0012  Phage integrase  33.22 
 
 		 320 aa  166  5e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013167  Cyan8802_4618  integrase family protein  33.11 
 
 		 311 aa  162  8.000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4229  phage integrase family protein  35.05 
 
 		 329 aa  159  6e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4462  integrase family protein  32.77 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4591  integrase family protein  32.54 
 
 		 316 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000000427706  n/a   
 
 
-
 
NC_014000  Ava_D0026  Phage integrase  31.85 
 
 		 309 aa  152  8e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0027  integrase/recombinase  33.56 
 
 		 325 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000824478  normal  0.490771 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2794  integrase family protein  30.84 
 
 		 304 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.160655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0645  integrase family protein  31.8 
 
 		 328 aa  140  3e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000112195  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3221  integrase family protein  33.11 
 
 		 337 aa  139  4.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.107588  hitchhiker  0.000000474252 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2966  site-specific recombinase, phage integrase family  30.13 
 
 		 321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.121059  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2840  Phage integrase  28.72 
 
 		 296 aa  135  8e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2751  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  29.33 
 
 		 321 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.74292  normal  0.0246266 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2848  phage integrase family protein  30.03 
 
 		 304 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1730  integrase family protein  33.22 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.715889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2840  integrase family protein  27.76 
 
 		 322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0238888  normal  0.278729 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0180  phage integrase  29.7 
 
 		 336 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0996549 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2841  phage integrase family site specific recombinase  30.51 
 
 		 292 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.424466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2939  integrase family protein  30.19 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4067  integrase/recombinase  32.67 
 
 		 324 aa  123  5e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.130649  normal  0.280594 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2389  integrase family protein  28.43 
 
 		 345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000168042  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  33.63 
 
 		 296 aa  97.4  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  34.23 
 
 		 299 aa  96.3  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1900  phage integrase family protein  26.69 
 
 		 331 aa  95.9  8e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.125862  hitchhiker  0.00365877 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0447  tyrosine recombinase XerC  34.21 
 
 		 299 aa  95.1  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0325  tyrosine recombinase XerC  30.91 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  33.19 
 
 		 301 aa  92.8  7e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_002936  DET0323  phage integrase family site specific recombinase  33.48 
 
 		 336 aa  91.7  1e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.158931  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2807  Phage integrase  35.92 
 
 		 323 aa  91.3  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3971  tyrosine recombinase XerC  31.25 
 
 		 306 aa  89.7  5e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0380  tyrosine recombinase XerC  36.59 
 
 		 304 aa  89.4  7e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3580  tyrosine recombinase XerC  30.36 
 
 		 302 aa  89.4  8e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.636062  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3894  tyrosine recombinase XerC  31.28 
 
 		 306 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533729 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0795  phage integrase family protein  28.68 
 
 		 283 aa  88.6  1e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3993  tyrosine recombinase XerC  31.25 
 
 		 306 aa  88.6  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3115  phage integrase  30.2 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  30.92 
 
 		 284 aa  87.4  3e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4306  integrase/recombinase XerC  30.36 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  34.34 
 
 		 299 aa  86.7  4e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0394  tyrosine recombinase XerC  29.96 
 
 		 299 aa  87  4e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3631  tyrosine recombinase XerC  29.96 
 
 		 299 aa  87  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.465228 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0393  tyrosine recombinase XerC  29.96 
 
 		 299 aa  87  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.426652 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  34.24 
 
 		 291 aa  86.3  5e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0393  tyrosine recombinase XerC  31.58 
 
 		 321 aa  86.7  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  30.04 
 
 		 302 aa  85.9  7e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4087  tyrosine recombinase XerC  30.84 
 
 		 306 aa  85.9  8e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0169707 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.96 
 
 		 298 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  29.72 
 
 		 308 aa  85.9  9e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2012  Phage integrase  35.82 
 
 		 329 aa  85.1  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  32.76 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.03 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.57 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.57 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  30.74 
 
 		 295 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.2 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.57 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0788  phage integrase family protein  26.53 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0128  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.16 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  33.93 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  32.53 
 
 		 316 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5139  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.22 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  30.16 
 
 		 310 aa  81.6  0.00000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  26.62 
 
 		 285 aa  81.6  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  32.66 
 
 		 277 aa  82  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.84 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.63 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1488  tyrosine recombinase XerD  32.74 
 
 		 304 aa  82  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.2 
 
 		 336 aa  80.9  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.19 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.26 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3458  tyrosine recombinase XerD  35.9 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.26 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.19 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  34.41 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  35.76 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.99 
 
 		 306 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  35.33 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00307  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.98 
 
 		 313 aa  81.6  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.26 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.85 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0242  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.44 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.99 
 
 		 306 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  32.74 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.26 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  29.67 
 
 		 309 aa  80.5  0.00000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  33.96 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  30.92 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.26 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3104  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.5 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494742 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  34.73 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.87 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  29.71 
 
 		 309 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>