More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1900 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_1900  phage integrase family protein  100 
 
 		 331 aa  677    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.125862  hitchhiker  0.00365877 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0180  phage integrase  30.51 
 
 		 336 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0996549 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4229  phage integrase family protein  30.61 
 
 		 329 aa  153  5e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0027  integrase/recombinase  29.69 
 
 		 325 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000824478  normal  0.490771 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2848  phage integrase family protein  33.68 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2966  site-specific recombinase, phage integrase family  33.67 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.121059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2751  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  33.33 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.74292  normal  0.0246266 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2939  integrase family protein  33.33 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2841  phage integrase family site specific recombinase  33.57 
 
 		 292 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.424466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2794  integrase family protein  32.52 
 
 		 304 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.160655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2840  Phage integrase  32.52 
 
 		 296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013167  Cyan8802_4618  integrase family protein  30.23 
 
 		 311 aa  133  5e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4462  integrase family protein  29.24 
 
 		 311 aa  125  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014000  Ava_D0026  Phage integrase  30.31 
 
 		 309 aa  125  9e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2840  integrase family protein  27.92 
 
 		 322 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0238888  normal  0.278729 
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5582  integrase family protein  31.44 
 
 		 313 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0012  Phage integrase  29.82 
 
 		 320 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1730  integrase family protein  28.01 
 
 		 317 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.715889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2389  integrase family protein  27.27 
 
 		 345 aa  112  9e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000168042  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0645  integrase family protein  29.11 
 
 		 328 aa  109  6e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000112195  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4067  integrase/recombinase  26.48 
 
 		 324 aa  105  9e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.130649  normal  0.280594 
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4591  integrase family protein  28.77 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000000427706  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2391  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.99 
 
 		 311 aa  102  7e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00295  site-specific recombinase, phage integrase family protein  28.04 
 
 		 297 aa  98.2  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3221  integrase family protein  25.09 
 
 		 337 aa  97.4  3e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.107588  hitchhiker  0.000000474252 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4076  phage integrase  26.16 
 
 		 298 aa  97.4  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4243  phage integrase  26.69 
 
 		 309 aa  95.9  9e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000426285 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0730  phage integrase  27.21 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  26.1 
 
 		 295 aa  94  3e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  26.1 
 
 		 295 aa  94  3e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  25.17 
 
 		 295 aa  94  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.6 
 
 		 296 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  26.6 
 
 		 302 aa  93.6  4e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.6 
 
 		 296 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  23.55 
 
 		 298 aa  93.2  5e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.6 
 
 		 296 aa  93.2  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.6 
 
 		 296 aa  93.2  5e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.6 
 
 		 296 aa  93.2  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.6 
 
 		 296 aa  93.2  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  26.3 
 
 		 301 aa  93.2  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.26 
 
 		 296 aa  92.4  8e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.6 
 
 		 296 aa  92.4  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0057  tyrosine recombinase XerD  29.18 
 
 		 312 aa  91.7  1e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.26 
 
 		 296 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.26 
 
 		 296 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.26 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0325  tyrosine recombinase XerC  28.43 
 
 		 297 aa  91.7  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4306  integrase/recombinase XerC  27.18 
 
 		 299 aa  90.9  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0052  phage integrase  29.18 
 
 		 312 aa  90.9  3e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.42 
 
 		 298 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  23.45 
 
 		 298 aa  90.9  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.07 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  22.87 
 
 		 314 aa  90.5  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  28.07 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  28.07 
 
 		 298 aa  89.7  6e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  25.7 
 
 		 295 aa  89.7  6e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.07 
 
 		 298 aa  89.7  6e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.07 
 
 		 298 aa  89.7  6e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.07 
 
 		 298 aa  89.7  6e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0394  tyrosine recombinase XerC  27.3 
 
 		 299 aa  89.7  6e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.07 
 
 		 298 aa  89.7  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0393  tyrosine recombinase XerC  27.3 
 
 		 299 aa  89.7  6e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.426652 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  24.41 
 
 		 295 aa  89.4  7e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.86 
 
 		 300 aa  89.4  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  24.65 
 
 		 299 aa  89.4  7e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3631  tyrosine recombinase XerC  27.65 
 
 		 299 aa  89.7  7e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.465228 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  25.86 
 
 		 299 aa  89  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.07 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.5 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  24.66 
 
 		 305 aa  88.6  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.5 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.5 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  31.61 
 
 		 298 aa  87  4e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3218  phage integrase family protein  26.99 
 
 		 310 aa  87  4e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000104017 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.5 
 
 		 300 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225708  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3884  phage integrase family site specific recombinase  26.99 
 
 		 310 aa  86.3  6e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.4 
 
 		 298 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.17 
 
 		 302 aa  85.9  8e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.182372  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0139  tyrosine recombinase XerD  26.71 
 
 		 312 aa  86.3  8e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  30.05 
 
 		 298 aa  85.5  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  30.05 
 
 		 298 aa  85.5  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  24.83 
 
 		 295 aa  85.9  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  27.72 
 
 		 303 aa  85.5  0.000000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1821  integrase family protein  26.54 
 
 		 307 aa  85.5  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0364742  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.83 
 
 		 299 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  33.99 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2241  integrase family protein  27.53 
 
 		 345 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.640527  hitchhiker  0.000757999 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  26.86 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.7 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002113  tyrosine recombinase XerC  24.2 
 
 		 310 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3981  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.69 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.105897  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  26.55 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  24.74 
 
 		 295 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.7 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0485  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.73 
 
 		 322 aa  84.3  0.000000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.853028 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.7 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  23.49 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.73 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  23.38 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0447  tyrosine recombinase XerC  25.26 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>