More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2939 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2939  integrase family protein  100 
 
 		 304 aa  620  1e-177  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2848  phage integrase family protein  98.36 
 
 		 304 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2794  integrase family protein  92.43 
 
 		 304 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.160655  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2841  phage integrase family site specific recombinase  97.95 
 
 		 292 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.424466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2840  Phage integrase  78.77 
 
 		 296 aa  483  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2751  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  72.61 
 
 		 321 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.74292  normal  0.0246266 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2966  site-specific recombinase, phage integrase family  71.62 
 
 		 321 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.121059  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0180  phage integrase  35.29 
 
 		 336 aa  192  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0996549 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0027  integrase/recombinase  39.16 
 
 		 325 aa  185  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000824478  normal  0.490771 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4229  phage integrase family protein  37.58 
 
 		 329 aa  180  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2840  integrase family protein  35.31 
 
 		 322 aa  161  2e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0238888  normal  0.278729 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0645  integrase family protein  36.18 
 
 		 328 aa  158  9e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000112195  n/a   
 
 
-
 
NC_013167  Cyan8802_4618  integrase family protein  34.53 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4462  integrase family protein  34.53 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014000  Ava_D0026  Phage integrase  33.78 
 
 		 309 aa  149  4e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1730  integrase family protein  37.75 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.715889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0012  Phage integrase  33.33 
 
 		 320 aa  146  5e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2389  integrase family protein  35.94 
 
 		 345 aa  143  3e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000168042  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1900  phage integrase family protein  33.57 
 
 		 331 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.125862  hitchhiker  0.00365877 
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5582  integrase family protein  32.78 
 
 		 313 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4243  phage integrase  30.19 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000426285 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3221  integrase family protein  33.55 
 
 		 337 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.107588  hitchhiker  0.000000474252 
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4591  integrase family protein  31.44 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000000427706  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00295  site-specific recombinase, phage integrase family protein  28.48 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0730  phage integrase  28.95 
 
 		 305 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4067  integrase/recombinase  34.63 
 
 		 324 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.130649  normal  0.280594 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3884  phage integrase family site specific recombinase  26.94 
 
 		 310 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3218  phage integrase family protein  27.27 
 
 		 310 aa  109  6e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000104017 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.26 
 
 		 299 aa  99.8  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0394  tyrosine recombinase XerC  29.67 
 
 		 299 aa  95.9  7e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0393  tyrosine recombinase XerC  29.67 
 
 		 299 aa  95.9  7e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.426652 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4306  integrase/recombinase XerC  29.67 
 
 		 299 aa  95.9  8e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3631  tyrosine recombinase XerC  29.67 
 
 		 299 aa  95.9  8e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.465228 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3580  tyrosine recombinase XerC  30.08 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.636062  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  30.11 
 
 		 296 aa  94.7  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3971  tyrosine recombinase XerC  29.67 
 
 		 306 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5139  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.07 
 
 		 299 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.94 
 
 		 303 aa  93.6  3e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.94 
 
 		 303 aa  93.6  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.94 
 
 		 303 aa  93.6  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.48 
 
 		 318 aa  94  3e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.48 
 
 		 318 aa  93.6  3e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.48 
 
 		 318 aa  94  3e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3558  phage integrase family protein  30.41 
 
 		 311 aa  93.2  5e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3993  tyrosine recombinase XerC  29.67 
 
 		 306 aa  92.8  7e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0447  tyrosine recombinase XerC  28.51 
 
 		 299 aa  92.4  8e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0184  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.68 
 
 		 303 aa  92.4  8e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.72736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5291  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.07 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3894  tyrosine recombinase XerC  29.27 
 
 		 306 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533729 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5230  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.68 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4087  tyrosine recombinase XerC  29.27 
 
 		 306 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0169707 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.95 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  30.77 
 
 		 324 aa  91.3  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  28.81 
 
 		 307 aa  90.5  3e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2996  tyrosine recombinase XerC  31.16 
 
 		 323 aa  90.1  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  30.22 
 
 		 301 aa  89.4  6e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.58 
 
 		 317 aa  89.7  6e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  31.18 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  30.98 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3981  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.63 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.105897  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  30.28 
 
 		 320 aa  87.8  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  30 
 
 		 315 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  30.95 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.29 
 
 		 291 aa  87.8  2e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.46 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.84 
 
 		 303 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  32.56 
 
 		 298 aa  87.4  2e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  27.35 
 
 		 314 aa  87.8  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.6 
 
 		 296 aa  87  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.28 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2391  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.48 
 
 		 311 aa  87  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  28.16 
 
 		 292 aa  87  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.28 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  27.8 
 
 		 307 aa  87  4e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.29 
 
 		 296 aa  86.7  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.29 
 
 		 296 aa  86.7  4e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  29.72 
 
 		 324 aa  86.7  4e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.29 
 
 		 296 aa  86.7  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.29 
 
 		 296 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.9 
 
 		 296 aa  86.3  5e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.42 
 
 		 302 aa  86.7  5e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.9 
 
 		 296 aa  86.3  5e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  24.91 
 
 		 299 aa  86.3  6e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.9 
 
 		 296 aa  86.3  6e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.77 
 
 		 299 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  30.42 
 
 		 296 aa  85.9  7e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  30.45 
 
 		 311 aa  85.9  8e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.6 
 
 		 296 aa  85.9  8e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.22 
 
 		 314 aa  85.9  8e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0242  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.77 
 
 		 299 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.6 
 
 		 296 aa  85.9  8e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  31.07 
 
 		 303 aa  85.5  9e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  30.68 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.26 
 
 		 321 aa  85.5  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  29.66 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0131  integrase family protein  29.59 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.144823 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  26 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  27.12 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.38 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  24.16 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>