More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2966 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2966  site-specific recombinase, phage integrase family  100 
 
 		 321 aa  661    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.121059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2751  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  95.95 
 
 		 321 aa  638    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.74292  normal  0.0246266 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2840  Phage integrase  74.66 
 
 		 296 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2794  integrase family protein  72.48 
 
 		 304 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.160655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2848  phage integrase family protein  71.62 
 
 		 304 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2939  integrase family protein  71.62 
 
 		 304 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2841  phage integrase family site specific recombinase  72.51 
 
 		 292 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.424466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4229  phage integrase family protein  35.14 
 
 		 329 aa  177  3e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0180  phage integrase  33.76 
 
 		 336 aa  175  9e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0996549 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0027  integrase/recombinase  35.9 
 
 		 325 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000824478  normal  0.490771 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4462  integrase family protein  36.33 
 
 		 311 aa  165  9e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013167  Cyan8802_4618  integrase family protein  36.33 
 
 		 311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0012  Phage integrase  34.75 
 
 		 320 aa  161  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2840  integrase family protein  34.1 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0238888  normal  0.278729 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0645  integrase family protein  34.3 
 
 		 328 aa  158  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000112195  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1730  integrase family protein  35.44 
 
 		 317 aa  146  6e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.715889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2389  integrase family protein  32.74 
 
 		 345 aa  143  5e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000168042  n/a   
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5582  integrase family protein  33.66 
 
 		 313 aa  142  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014000  Ava_D0026  Phage integrase  33.55 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4591  integrase family protein  31.83 
 
 		 316 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000000427706  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1900  phage integrase family protein  33.67 
 
 		 331 aa  138  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.125862  hitchhiker  0.00365877 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4243  phage integrase  30.13 
 
 		 309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000426285 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3221  integrase family protein  33.44 
 
 		 337 aa  133  3.9999999999999996e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.107588  hitchhiker  0.000000474252 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0730  phage integrase  30.82 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00295  site-specific recombinase, phage integrase family protein  30.69 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4067  integrase/recombinase  31.6 
 
 		 324 aa  120  3.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.130649  normal  0.280594 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3884  phage integrase family site specific recombinase  26.74 
 
 		 310 aa  98.2  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3218  phage integrase family protein  27.08 
 
 		 310 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000104017 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  29.6 
 
 		 314 aa  95.5  9e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  29.33 
 
 		 301 aa  94.4  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4306  integrase/recombinase XerC  29.83 
 
 		 299 aa  93.6  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5139  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.65 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2994  tyrosine recombinase XerD  27.08 
 
 		 315 aa  90.9  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  28.72 
 
 		 306 aa  91.3  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  37.28 
 
 		 309 aa  90.5  3e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5230  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.42 
 
 		 299 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.55 
 
 		 299 aa  90.1  4e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  36.13 
 
 		 303 aa  90.1  4e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  30.47 
 
 		 324 aa  90.1  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3580  tyrosine recombinase XerC  29.83 
 
 		 302 aa  89.7  5e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.636062  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  29.93 
 
 		 302 aa  89.7  6e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5291  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.65 
 
 		 299 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.45 
 
 		 299 aa  89.4  7e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  35.62 
 
 		 296 aa  89.4  8e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  27.63 
 
 		 299 aa  89  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.15 
 
 		 299 aa  89  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  27.38 
 
 		 299 aa  89  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  29.34 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  30.2 
 
 		 302 aa  89  1e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0394  tyrosine recombinase XerC  29.17 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3631  tyrosine recombinase XerC  29.17 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.465228 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0393  tyrosine recombinase XerC  29.17 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.426652 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  29.2 
 
 		 313 aa  88.2  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  28.87 
 
 		 302 aa  87.4  3e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  33.93 
 
 		 306 aa  87.4  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  30.26 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.54 
 
 		 303 aa  87  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.54 
 
 		 303 aa  87  4e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.54 
 
 		 303 aa  87  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  29.06 
 
 		 296 aa  86.7  4e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  28.8 
 
 		 302 aa  86.7  5e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.82 
 
 		 298 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0447  tyrosine recombinase XerC  27.92 
 
 		 299 aa  86.3  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  30.58 
 
 		 296 aa  86.3  7e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3993  tyrosine recombinase XerC  28.15 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  35.44 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.74 
 
 		 321 aa  85.1  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3971  tyrosine recombinase XerC  27.73 
 
 		 306 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  28.79 
 
 		 304 aa  85.1  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3558  phage integrase family protein  26.57 
 
 		 311 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  34.01 
 
 		 298 aa  85.5  0.000000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4087  tyrosine recombinase XerC  28.15 
 
 		 306 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0169707 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  34.62 
 
 		 295 aa  84.3  0.000000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.39 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  35.33 
 
 		 322 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.62 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.74 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.57 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0242  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.45 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  28.35 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.96 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.74 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  27.76 
 
 		 292 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3894  tyrosine recombinase XerC  27.73 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533729 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  31.85 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.23 
 
 		 303 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  29.51 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.92 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  27.8 
 
 		 324 aa  82  0.00000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3191  tyrosine recombinase XerD subunit  32.55 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.67 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.86 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.19 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.19 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  34.18 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  36.08 
 
 		 316 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  28.69 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.83 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  27.63 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  35.06 
 
 		 312 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>