More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_pSN254_0180 on replicon NC_009140
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009140  SNSL254_pSN254_0180  phage integrase  100 
 
 		 336 aa  692    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0996549 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0027  integrase/recombinase  60.82 
 
 		 325 aa  415  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000824478  normal  0.490771 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4229  phage integrase family protein  59.49 
 
 		 329 aa  406  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2840  integrase family protein  39.04 
 
 		 322 aa  227  2e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0238888  normal  0.278729 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0645  integrase family protein  44.22 
 
 		 328 aa  213  3.9999999999999995e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000112195  n/a   
 
 
-
 
NC_014000  Ava_D0026  Phage integrase  42.57 
 
 		 309 aa  210  3e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2794  integrase family protein  36.27 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.160655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4462  integrase family protein  39.46 
 
 		 311 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013167  Cyan8802_4618  integrase family protein  39.46 
 
 		 311 aa  192  7e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0012  Phage integrase  38.85 
 
 		 320 aa  189  7e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5582  integrase family protein  37.84 
 
 		 313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2848  phage integrase family protein  35.95 
 
 		 304 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4591  integrase family protein  38.85 
 
 		 316 aa  182  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000000427706  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2840  Phage integrase  34.46 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2939  integrase family protein  35.29 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1730  integrase family protein  35.55 
 
 		 317 aa  177  3e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.715889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2751  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  34.73 
 
 		 321 aa  176  6e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.74292  normal  0.0246266 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2841  phage integrase family site specific recombinase  37.06 
 
 		 292 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.424466  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2966  site-specific recombinase, phage integrase family  33.76 
 
 		 321 aa  175  9e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.121059  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4067  integrase/recombinase  35.5 
 
 		 324 aa  167  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.130649  normal  0.280594 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2389  integrase family protein  34.44 
 
 		 345 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000168042  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1900  phage integrase family protein  30.51 
 
 		 331 aa  161  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.125862  hitchhiker  0.00365877 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3221  integrase family protein  35.76 
 
 		 337 aa  160  3e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.107588  hitchhiker  0.000000474252 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4243  phage integrase  29.7 
 
 		 309 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000426285 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00295  site-specific recombinase, phage integrase family protein  29.08 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0730  phage integrase  29.29 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3218  phage integrase family protein  31.9 
 
 		 310 aa  119  7e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000104017 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3884  phage integrase family site specific recombinase  31.9 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  32.56 
 
 		 299 aa  113  5e-24  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  32.17 
 
 		 309 aa  112  8.000000000000001e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.72 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.97 
 
 		 298 aa  110  5e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.86 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.86 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.86 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.86 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.05 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.05 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.05 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.05 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  27.05 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.05 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.08 
 
 		 296 aa  107  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3558  phage integrase family protein  27.57 
 
 		 311 aa  106  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.52 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  29.54 
 
 		 295 aa  105  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  30.1 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  35.32 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  32.14 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  28.94 
 
 		 307 aa  102  7e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  29.26 
 
 		 295 aa  102  8e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  27.68 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  31.3 
 
 		 302 aa  102  1e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  32.66 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  32.03 
 
 		 297 aa  102  1e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  31.38 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  31.76 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  32.34 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  29.97 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  31.75 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  27.34 
 
 		 302 aa  100  4e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.58 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  28.4 
 
 		 302 aa  100  4e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  28.95 
 
 		 322 aa  100  5e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3928  integrase family protein  27.81 
 
 		 290 aa  100  5e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  30.04 
 
 		 310 aa  99.4  7e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0139  tyrosine recombinase XerD  30.86 
 
 		 312 aa  99.8  7e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  26.99 
 
 		 302 aa  99.4  8e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.12 
 
 		 298 aa  99.4  8e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  32.48 
 
 		 320 aa  99.4  8e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  29.03 
 
 		 308 aa  97.8  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1344  integrase family protein  31.98 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000678444  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  34.2 
 
 		 296 aa  98.6  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  28.38 
 
 		 299 aa  98.6  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2509  integrase family protein  37.58 
 
 		 380 aa  97.1  3e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.593152  normal  0.73908 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  28.29 
 
 		 305 aa  97.1  4e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  30.45 
 
 		 292 aa  97.1  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0485  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.91 
 
 		 322 aa  97.1  4e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.853028 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.6 
 
 		 298 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  29.07 
 
 		 306 aa  96.7  5e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  36.69 
 
 		 295 aa  96.7  5e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  33.52 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.09 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  32.12 
 
 		 306 aa  96.3  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  33.52 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  32.48 
 
 		 295 aa  96.3  7e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  34.67 
 
 		 299 aa  96.3  7e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  38.82 
 
 		 312 aa  95.9  8e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.38 
 
 		 298 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  36.08 
 
 		 294 aa  95.9  9e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  35.93 
 
 		 298 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.93 
 
 		 298 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.51 
 
 		 298 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.93 
 
 		 298 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.93 
 
 		 298 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.08 
 
 		 298 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  28.83 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.93 
 
 		 298 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.93 
 
 		 298 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  27.87 
 
 		 296 aa  95.5  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>