More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3890 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3890  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 261 aa  531  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4262  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 259 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141119  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0991  AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3097  AraC family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 270 aa  130  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.413253 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1886  AraC family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 273 aa  128  9.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2671  AraC family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2857  helix-turn-helix domain-containing protein  31.78 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.611855  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1502  transcriptional regulator, AraC family  32.17 
 
 		 295 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0346176  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50040  transcriptional regulator  34.93 
 
 		 259 aa  125  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.101345  normal  0.0268029 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2874  helix-turn-helix domain-containing protein  31.78 
 
 		 305 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 263 aa  123  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1180  putative transcriptional regulator  34.7 
 
 		 262 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13060  putative transcriptional regulator  34.7 
 
 		 262 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0235  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 263 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3003  AraC family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 256 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1502  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 267 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.244306 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2116  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 244 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1967  AraC family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.397797  normal  0.0346972 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2365  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.192445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1285  transcriptional regulator, AraC family  34.6 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.325206 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2335  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 278 aa  120  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02030  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 265 aa  119  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.389083 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3330  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 257 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal  0.894904 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0243  putative transcriptional regulator  32.29 
 
 		 265 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2490  AraC family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 247 aa  119  7e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2711  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 262 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000615291 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5835  AraC family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 276 aa  117  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.376008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2086  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000391503  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1956  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00233066  normal  0.263741 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1222  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0178453  normal  0.17813 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3397  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5230  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 272 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.957838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4073  AraC family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 272 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3256  AraC family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 262 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.673887  normal  0.287116 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2721  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 272 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2982  transcriptional regulator, AraC family  31.86 
 
 		 273 aa  115  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.184639  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5363  AraC family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 311 aa  115  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000169612  normal  0.258501 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3602  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 268 aa  115  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.593194  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1632  AraC family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 278 aa  115  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.653877  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3448  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 272 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.940044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4887  AraC family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 278 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0694091  normal  0.145685 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2339  transcriptional regulator, AraC family  32.27 
 
 		 270 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32460  putative transcriptional regulator  35.81 
 
 		 255 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.144604  normal  0.396553 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2750  putative transcriptional regulator  32.91 
 
 		 254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2259  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 271 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0423097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0578  AraC family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 255 aa  113  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0622  helix-turn-helix domain-containing protein  31.91 
 
 		 259 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4026  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 267 aa  113  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0583  AraC family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 259 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6023  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 293 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0029418  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2054  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 293 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000130101  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2073  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 293 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000233142  normal  0.314085 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1849  transcriptional regulator, AraC family  31.86 
 
 		 280 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.976253  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0628  AraC family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 259 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.458217  hitchhiker  0.000431435 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3550  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 258 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2424  AraC family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0283  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1991  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 287 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000491634  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1993  AraC family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4057  AraC family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.681219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3275  AraC/XylS family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 260 aa  110  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0504601 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0784  helix-turn-helix domain-containing protein  32.88 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.620589  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1861  AraC family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 283 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3341  transcriptional regulator, AraC family  31.09 
 
 		 265 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.811719 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2994  transcriptional regulator, AraC family  31.09 
 
 		 265 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2679  AraC family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 268 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3576  AraC family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 322 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0189219  normal  0.239168 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 256 aa  108  6e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4197  AraC family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 259 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.973971  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  33.64 
 
 		 260 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3347  AraC family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 283 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0937831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1602  transcriptional regulator, AraC family  30.84 
 
 		 265 aa  108  9.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.188856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4169  AraC family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 283 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.961188  normal  0.0248126 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01153  transcriptional regulator  32.06 
 
 		 283 aa  108  9.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.593212  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1369  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 287 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000576535  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2478  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 287 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000123953  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1594  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 287 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000369845  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0649  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  31.58 
 
 		 267 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.323434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 241 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2532  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 287 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1773  AraC family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 267 aa  107  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0125271 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1462  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 247 aa  108  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4366  AraC family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 262 aa  107  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3217  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 287 aa  107  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000309187  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000422  transcriptional regulator AraC/XylS family  31.98 
 
 		 257 aa  107  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.342208  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1951  AraC family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 274 aa  107  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0409973  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2096  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000553056  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1644  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 333 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000273212  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3660  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 262 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.812139  normal  0.771843 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48310  putative transcriptional regulator  33.18 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.141935  normal  0.137096 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3128  AraC family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 261 aa  107  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.030776  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31220  transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  32.93 
 
 		 261 aa  107  3e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3251  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 273 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.404361  normal  0.350151 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3150  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 262 aa  107  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2493  transcriptional regulator, AraC family  31.84 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000346931  normal  0.0115142 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4909  AraC family substrate binding transcriptional regulator  26.52 
 
 		 272 aa  106  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5836  transcriptional regulator, AraC family  33.04 
 
 		 274 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43820  putative transcriptional regulator  35.02 
 
 		 260 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4458  AraC family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 249 aa  105  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>