More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5728 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5728  hypothetical protein  100 
 
 		 470 aa  909    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.44189  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3321  MATE efflux family protein  42.59 
 
 		 489 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0635825 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4805  MATE efflux family protein  38.75 
 
 		 868 aa  227  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.371962  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0827  MATE efflux family protein  28.06 
 
 		 452 aa  159  1e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1446  MATE efflux family protein  28.78 
 
 		 439 aa  158  2e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.484247 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1925  MATE efflux family protein  27.69 
 
 		 455 aa  155  2e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.16171  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1171  MATE efflux family protein  28.68 
 
 		 457 aa  151  2e-35  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03665  C-5 cytosine-specific DNA methylase:Multi antimicrobial extrusion (MatE) protein  29.67 
 
 		 455 aa  149  1.0000000000000001e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1509  MATE efflux family protein  27.39 
 
 		 460 aa  145  2e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.712333  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1166  MATE efflux family protein  26.33 
 
 		 460 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0784  MATE efflux family protein  25.6 
 
 		 460 aa  141  3e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0012  MATE efflux family protein  25.28 
 
 		 477 aa  137  3.0000000000000003e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000348389  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0185  MATE efflux family protein  24.42 
 
 		 449 aa  137  5e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0997  MATE efflux family protein  27.49 
 
 		 437 aa  136  8e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.207525  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0877  MATE efflux family protein  24.19 
 
 		 447 aa  136  9.999999999999999e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.371074  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1133  MATE efflux family protein  27.49 
 
 		 437 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1822  MATE efflux family protein  26.45 
 
 		 440 aa  133  7.999999999999999e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.286977  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3319  MATE efflux family protein  25.49 
 
 		 460 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00330578  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1528  MATE efflux family protein  26.91 
 
 		 452 aa  127  6e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1732  MATE efflux family protein, putative  26.61 
 
 		 451 aa  126  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0426272  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1726  MATE efflux family protein  23.85 
 
 		 447 aa  125  2e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1496  Na+ driven multidrug efflux pump  26.3 
 
 		 451 aa  125  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00660126  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1486  Na+ driven multidrug efflux pump  26.3 
 
 		 451 aa  125  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1709  putative MATE efflux family protein  26.3 
 
 		 451 aa  125  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1524  MATE efflux family protein  26.3 
 
 		 451 aa  124  3e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.942742  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1642  MATE efflux family protein  26.3 
 
 		 451 aa  124  3e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1783  putative MATE efflux family protein  26.61 
 
 		 451 aa  123  6e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1678  putative MATE efflux family protein  26.15 
 
 		 451 aa  123  7e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.131479  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1053  MATE efflux family protein  24.31 
 
 		 462 aa  123  9e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  1.2115099999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0393  MATE efflux family protein  28.18 
 
 		 451 aa  122  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.530968  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0383  MATE efflux family protein  28.18 
 
 		 451 aa  122  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.504119  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3666  putative MATE efflux family protein  26.27 
 
 		 451 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.269496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0743  MATE efflux family protein  25.63 
 
 		 454 aa  122  1.9999999999999998e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000193663  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1858  MATE efflux family protein  29.92 
 
 		 467 aa  120  3.9999999999999996e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0434953  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0147  MATE efflux family protein  24.59 
 
 		 462 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000317216  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1577  MATE efflux family protein  26.52 
 
 		 447 aa  120  7e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.283423  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2291  MATE efflux family protein  26.35 
 
 		 460 aa  119  9.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1796  MATE efflux family protein  24.83 
 
 		 448 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  unclonable  0.00000000911844 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1274  Na+ driven multidrug efflux protein  23.65 
 
 		 456 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.605029  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1387  MATE efflux family protein  28.57 
 
 		 454 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00032817  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0404  MATE efflux family protein  30.48 
 
 		 457 aa  118  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.294226 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1344  MATE efflux family protein  32.94 
 
 		 470 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0877237 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2544  MATE efflux family protein  23.71 
 
 		 455 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0333  MATE efflux family protein  24.66 
 
 		 451 aa  114  3e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0189347  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2859  MATE efflux family protein  23.47 
 
 		 455 aa  114  3e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0111  MATE efflux family protein  24.38 
 
 		 464 aa  114  5e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2636  integral membrane protein  24.68 
 
 		 478 aa  113  9e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.117345 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3704  hypothetical protein  24.83 
 
 		 496 aa  110  6e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.546893 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0645  MATE efflux family protein  23.19 
 
 		 462 aa  110  6e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000346552  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1820  Na+-driven multidrug efflux pump-like protein  25.33 
 
 		 461 aa  110  7.000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0313  hypothetical protein  23.98 
 
 		 455 aa  110  8.000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00088835  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1409  MATE efflux family protein  23.57 
 
 		 460 aa  109  1e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.851568  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1218  Na+ driven multidrug efflux pump  24.94 
 
 		 464 aa  109  1e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.530621  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0814  MATE efflux family protein subfamily  23.38 
 
 		 451 aa  108  2e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0013446  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0255  MATE efflux family protein  28.48 
 
 		 448 aa  107  3e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.392054  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2508  multi anti extrusion protein MatE  28.6 
 
 		 463 aa  108  3e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1483  MATE efflux family protein  23.87 
 
 		 456 aa  108  3e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.820235  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0014  MATE efflux family protein  29.5 
 
 		 453 aa  107  4e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0029857  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1225  MATE efflux family protein  25.28 
 
 		 452 aa  107  4e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1081  MATE efflux family protein  22.27 
 
 		 447 aa  107  6e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000165796  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3948  MATE efflux family protein  24.82 
 
 		 458 aa  106  7e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2653  MATE efflux family protein  28.42 
 
 		 484 aa  106  8e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4033  MATE efflux family protein  25 
 
 		 458 aa  106  8e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078929 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0308  MATE efflux family protein  24.68 
 
 		 441 aa  106  9e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.426716  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3492  integral membrane protein  25.31 
 
 		 485 aa  105  1e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0396785  normal  0.244149 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3395  MATE efflux family protein  26.65 
 
 		 461 aa  106  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04830  MATE efflux family protein  25.85 
 
 		 468 aa  104  4e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000202645  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2029  MATE efflux family protein  26.88 
 
 		 455 aa  102  1e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.139982  normal  0.342387 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0485  hypothetical protein  22.47 
 
 		 454 aa  102  2e-20  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0273971  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0006  MATE efflux family protein  25.62 
 
 		 442 aa  100  4e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0243937 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1813  MATE efflux family protein  24.38 
 
 		 461 aa  100  8e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  unclonable  0.000000145997  normal  0.0820418 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1142  MATE efflux family protein  23.51 
 
 		 458 aa  99.8  1e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2888  MATE efflux family protein  28.21 
 
 		 462 aa  99  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0238453  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1654  MATE efflux family protein  26.63 
 
 		 473 aa  99  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1652  MATE efflux family protein  24.87 
 
 		 454 aa  98.2  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000778713  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1953  MATE efflux family protein  25.43 
 
 		 454 aa  97.4  4e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4280  MATE efflux family protein  31.25 
 
 		 445 aa  97.1  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.361328  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1593  MATE efflux family protein  25.83 
 
 		 460 aa  96.7  7e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000199125  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1497  MATE efflux family protein  23.36 
 
 		 460 aa  96.3  9e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00584213  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0181  multidrug efflux pump VmrA  24.22 
 
 		 446 aa  95.9  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1180  MATE efflux family protein  25.18 
 
 		 455 aa  96.3  1e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1318  MATE efflux family protein  26.11 
 
 		 443 aa  96.3  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000101978  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2651  MATE efflux family protein  24.3 
 
 		 449 aa  96.3  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000524124  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4053  multidrug efflux pump VmrA  23.27 
 
 		 465 aa  95.5  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0091  MATE efflux family protein  24.08 
 
 		 454 aa  95.5  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2315  MATE efflux family protein  25.21 
 
 		 470 aa  95.5  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.1458  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2060  MATE efflux family protein  24.89 
 
 		 456 aa  95.1  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000022927  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5639  MATE efflux family protein  25.17 
 
 		 450 aa  94.7  3e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.75001  normal  0.399325 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0350  MATE efflux family protein  22.67 
 
 		 455 aa  94.4  4e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2080  MATE efflux family protein  24.06 
 
 		 454 aa  94.4  4e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.634791 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0835  Na+-driven multidrug efflux pump  25.58 
 
 		 452 aa  94  5e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.552719  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1583  MATE efflux family protein  27.11 
 
 		 445 aa  93.6  8e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000267124  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3634  MATE efflux family protein  29.52 
 
 		 463 aa  92.4  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6251  MATE efflux family protein  24.05 
 
 		 461 aa  92.8  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1662  MATE efflux family protein  22.36 
 
 		 453 aa  92.4  2e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.226136  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1353  MATE efflux family protein  23.94 
 
 		 453 aa  91.7  3e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1800  MATE efflux family protein  24.47 
 
 		 455 aa  91.3  3e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1604  MATE efflux family protein  22.84 
 
 		 450 aa  91.3  3e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0293  MATE efflux family protein  22.12 
 
 		 467 aa  90.9  4e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3173  MATE efflux family protein  24.28 
 
 		 448 aa  90.9  4e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000170892  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>