109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5586 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5586  hypothetical protein  100 
 
 		 224 aa  446  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.196693  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5786  hypothetical protein  75.78 
 
 		 226 aa  333  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0642937 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6689  hypothetical protein  74.44 
 
 		 226 aa  321  6e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0339432  normal  0.323888 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3084  hypothetical protein  63.23 
 
 		 223 aa  281  7.000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.160191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2709  hypothetical protein  64.13 
 
 		 223 aa  275  3e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.388652  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2427  hypothetical protein  64.86 
 
 		 223 aa  275  4e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.152431  decreased coverage  0.00356275 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1836  hypothetical protein  67.42 
 
 		 222 aa  271  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1945  hypothetical protein  66.97 
 
 		 222 aa  271  7e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.677507 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2221  hypothetical protein  66.52 
 
 		 222 aa  269  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.724367 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2873  hypothetical protein  65.02 
 
 		 223 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478117  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3479  putative spermidine synthase  64 
 
 		 228 aa  263  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.744085 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6395  hypothetical protein  57.4 
 
 		 229 aa  251  5.000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1942  hypothetical protein  59.53 
 
 		 223 aa  246  2e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4395  hypothetical protein  55.41 
 
 		 261 aa  245  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.167222  normal  0.681676 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2978  hypothetical protein  59.91 
 
 		 234 aa  238  5.999999999999999e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140741  normal  0.0506844 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1380  hypothetical protein  56.89 
 
 		 224 aa  234  1.0000000000000001e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2777  hypothetical protein  54.26 
 
 		 223 aa  233  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.565366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3004  hypothetical protein  54.26 
 
 		 223 aa  233  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.723508  normal  0.126296 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2900  hypothetical protein  55.05 
 
 		 241 aa  231  7.000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.537403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3158  hypothetical protein  53.6 
 
 		 229 aa  227  1e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1949  spermidine synthase-like protein  59.91 
 
 		 224 aa  226  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6276  hypothetical protein  55.16 
 
 		 226 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2514  hypothetical protein  54.13 
 
 		 235 aa  224  9e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0416  hypothetical protein  48 
 
 		 226 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2952  parallel beta-helix repeat-containing protein  48.43 
 
 		 225 aa  205  4e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.366073 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3078  hypothetical protein  54.07 
 
 		 254 aa  205  5e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1008  hypothetical protein  46.33 
 
 		 225 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000136186  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1397  hypothetical protein  49.11 
 
 		 228 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1730  hypothetical protein  49.11 
 
 		 230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.399565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0333  hypothetical protein  51.43 
 
 		 259 aa  172  5e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.274044  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2635  putative spermidine synthase  45.05 
 
 		 222 aa  171  6.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00206926  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0322  hypothetical protein  49.12 
 
 		 258 aa  171  7.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.631089  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0311  hypothetical protein  48.46 
 
 		 256 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2847  spermidine synthase-like protein  42.04 
 
 		 232 aa  155  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00416232  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2076  hypothetical protein  44.2 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3145  spermidine synthase-like protein  43.05 
 
 		 234 aa  155  4e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1116  spermidine synthase-like protein  43.5 
 
 		 234 aa  154  9e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2508  hypothetical protein  37.5 
 
 		 243 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4725  hypothetical protein  38.83 
 
 		 241 aa  132  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226537  normal  0.100383 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2397  hypothetical protein  39.34 
 
 		 230 aa  115  6e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  unclonable  0.0000000000263434  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0173  hypothetical protein  35.58 
 
 		 238 aa  106  3e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0542  spermidine synthase-like protein  34.83 
 
 		 233 aa  97.4  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.654056  hitchhiker  0.00189431 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5385  Spermine synthase  38.3 
 
 		 244 aa  96.3  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0451  spermidine synthase-like protein  35.23 
 
 		 233 aa  93.6  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1060  hypothetical protein  39.55 
 
 		 227 aa  85.5  6e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1965  Spermine synthase  27.55 
 
 		 227 aa  85.1  7e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000563558  normal  0.560071 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0693  hypothetical protein  29.44 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1530  hypothetical protein  32.82 
 
 		 238 aa  76.3  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.577651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1877  hypothetical protein  30.99 
 
 		 240 aa  75.5  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.192435  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1091  hypothetical protein  30.09 
 
 		 248 aa  66.2  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.88322 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2253  spermine synthase / spermidine synthase  37.11 
 
 		 303 aa  56.6  0.0000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.158612 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0714  spermidine synthase  33.67 
 
 		 320 aa  54.3  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1812  Spermine synthase  27.87 
 
 		 301 aa  53.9  0.000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0537  spermidine synthase  33.33 
 
 		 285 aa  53.5  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0746  spermidine synthase  33.67 
 
 		 320 aa  54.3  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4087  spermidine synthase  39.22 
 
 		 296 aa  52.8  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0561  spermidine synthase  32.54 
 
 		 285 aa  52.8  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.329575 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2749  spermidine synthase  33.65 
 
 		 295 aa  52  0.000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.53231 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63120  hypothetical protein  31.79 
 
 		 349 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00932566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1862  spermidine synthase  27.32 
 
 		 520 aa  51.6  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.672582  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5495  hypothetical protein  31.79 
 
 		 375 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0583  spermidine synthase  28.18 
 
 		 290 aa  51.2  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923404 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3721  spermidine synthase  39.68 
 
 		 285 aa  50.8  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.145685 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1691  spermidine synthase  31.61 
 
 		 283 aa  50.4  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2319  Spermine synthase  32.33 
 
 		 309 aa  50.8  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.961165  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0744  spermidine synthase  37.76 
 
 		 431 aa  50.4  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2470  spermidine synthase  33.67 
 
 		 285 aa  49.7  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3468  spermidine synthase  33.67 
 
 		 285 aa  49.7  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1194  spermidine synthase  37.36 
 
 		 285 aa  49.7  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0154  spermidine synthase  39.68 
 
 		 285 aa  50.1  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0637  spermidine synthase  39.68 
 
 		 285 aa  50.1  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1250  spermidine synthase  33.67 
 
 		 285 aa  49.7  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.121296  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3433  spermidine synthase  33.67 
 
 		 285 aa  49.7  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3470  spermidine synthase  33.67 
 
 		 285 aa  49.7  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3315  spermidine synthase  33.67 
 
 		 285 aa  49.7  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0604  spermidine synthase  39.68 
 
 		 285 aa  50.1  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.990769 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0390  spermidine synthase  33.67 
 
 		 285 aa  49.7  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1882  spermidine synthase  26.78 
 
 		 520 aa  49.3  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.710411  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1928  spermidine synthase  26.78 
 
 		 520 aa  49.3  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.259816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2884  spermidine synthase  33.33 
 
 		 292 aa  48.1  0.00009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1382  spermine synthase  29.66 
 
 		 305 aa  47.8  0.0001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00501465  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1460  Spermine synthase  25.79 
 
 		 304 aa  47.8  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3392  spermidine synthase  32.32 
 
 		 290 aa  47  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00712121  hitchhiker  0.00406842 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0564  spermidine synthase  31.31 
 
 		 293 aa  46.2  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0126  spermidine synthase  29.76 
 
 		 519 aa  45.8  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.597506  decreased coverage  0.0000389155 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1156  Spermine synthase  32.08 
 
 		 538 aa  45.8  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1569  spermidine synthase  28.57 
 
 		 508 aa  45.8  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1199  spermidine synthase  28.19 
 
 		 279 aa  45.8  0.0006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.928058  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0701  Spermine synthase  30.65 
 
 		 533 aa  45.4  0.0006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18761  spermidine synthase  25.44 
 
 		 283 aa  44.3  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0918674  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1209  hypothetical protein  36.84 
 
 		 1079 aa  43.9  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.494717  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1858  Spermine synthase  29.01 
 
 		 314 aa  43.9  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.252885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12620  spermidine synthase  29.69 
 
 		 523 aa  43.9  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.737758 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1107  spermidine synthase  30.28 
 
 		 326 aa  43.9  0.002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2661  Spermine synthase  35.79 
 
 		 1078 aa  43.5  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.530948  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2169  spermidine synthase  34.03 
 
 		 296 aa  43.5  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3473  spermidine synthase  27.91 
 
 		 504 aa  43.5  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4893  spermidine synthase  27.91 
 
 		 504 aa  43.5  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737239  normal  0.923655 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5393  spermidine synthase  27.91 
 
 		 504 aa  43.5  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.377907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2756  Spermine synthase  35.79 
 
 		 1078 aa  43.1  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>