129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1060 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_1060  hypothetical protein  100 
 
 		 227 aa  447  1e-125  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1965  Spermine synthase  36.26 
 
 		 227 aa  124  1e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000563558  normal  0.560071 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0542  spermidine synthase-like protein  38.89 
 
 		 233 aa  121  8e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.654056  hitchhiker  0.00189431 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0451  spermidine synthase-like protein  38.69 
 
 		 233 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1730  hypothetical protein  46.56 
 
 		 230 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.399565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2397  hypothetical protein  37.56 
 
 		 230 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  unclonable  0.0000000000263434  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0173  hypothetical protein  40.62 
 
 		 238 aa  113  3e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1530  hypothetical protein  36.44 
 
 		 238 aa  111  8.000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.577651  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5385  Spermine synthase  38.46 
 
 		 244 aa  107  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3084  hypothetical protein  38.38 
 
 		 223 aa  104  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.160191  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6689  hypothetical protein  40.22 
 
 		 226 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0339432  normal  0.323888 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2508  hypothetical protein  37.89 
 
 		 243 aa  101  8e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2873  hypothetical protein  34.56 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478117  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1942  hypothetical protein  41.61 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5786  hypothetical protein  40.21 
 
 		 226 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0642937 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3158  hypothetical protein  41.67 
 
 		 229 aa  100  3e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4725  hypothetical protein  38.58 
 
 		 241 aa  99.8  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226537  normal  0.100383 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1008  hypothetical protein  38.07 
 
 		 225 aa  95.9  5e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000136186  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3078  hypothetical protein  45.64 
 
 		 254 aa  94.4  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1380  hypothetical protein  39.57 
 
 		 224 aa  93.6  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0333  hypothetical protein  41.85 
 
 		 259 aa  94  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.274044  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4395  hypothetical protein  42.58 
 
 		 261 aa  94  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.167222  normal  0.681676 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0322  hypothetical protein  42.93 
 
 		 258 aa  93.6  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.631089  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1877  hypothetical protein  32.46 
 
 		 240 aa  93.2  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.192435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2427  hypothetical protein  32.89 
 
 		 223 aa  92.8  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.152431  decreased coverage  0.00356275 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1949  spermidine synthase-like protein  37.11 
 
 		 224 aa  92.8  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6276  hypothetical protein  41.83 
 
 		 226 aa  92.4  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2709  hypothetical protein  33.33 
 
 		 223 aa  89.4  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.388652  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5586  hypothetical protein  37.43 
 
 		 224 aa  88.6  8e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.196693  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3479  putative spermidine synthase  39.74 
 
 		 228 aa  87  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.744085 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2952  parallel beta-helix repeat-containing protein  34.44 
 
 		 225 aa  85.1  7e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.366073 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1091  hypothetical protein  32.84 
 
 		 248 aa  85.1  8e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.88322 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1116  spermidine synthase-like protein  35.56 
 
 		 234 aa  84  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1836  hypothetical protein  39.52 
 
 		 222 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1945  hypothetical protein  39.52 
 
 		 222 aa  82.8  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.677507 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2900  hypothetical protein  38.26 
 
 		 241 aa  82.8  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.537403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3004  hypothetical protein  35.57 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.723508  normal  0.126296 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6395  hypothetical protein  40.27 
 
 		 229 aa  81.6  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1397  hypothetical protein  36.36 
 
 		 228 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2221  hypothetical protein  38.92 
 
 		 222 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.724367 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2777  hypothetical protein  35.57 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.565366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0416  hypothetical protein  32.43 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3145  spermidine synthase-like protein  33.89 
 
 		 234 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0311  hypothetical protein  44.16 
 
 		 256 aa  76.3  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2847  spermidine synthase-like protein  28.88 
 
 		 232 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00416232  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2978  hypothetical protein  42.52 
 
 		 234 aa  72  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140741  normal  0.0506844 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2514  hypothetical protein  37.01 
 
 		 235 aa  70.9  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_40897  Spermidine synthase  27.88 
 
 		 328 aa  68.9  0.00000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.862336 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5495  hypothetical protein  31.33 
 
 		 375 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63120  hypothetical protein  30.72 
 
 		 349 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00932566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2076  hypothetical protein  35.29 
 
 		 225 aa  67  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2635  putative spermidine synthase  29.65 
 
 		 222 aa  65.1  0.0000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00206926  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1858  Spermine synthase  25.36 
 
 		 314 aa  62  0.000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.252885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0669  spermidine synthase  27.21 
 
 		 289 aa  56.2  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000146027  normal  0.395519 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2794  spermidine synthase  29.41 
 
 		 279 aa  55.8  0.0000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.401374  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0628  spermidine synthase  32.81 
 
 		 286 aa  53.9  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.414724  normal  0.905176 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2353  spermidine synthase  29.66 
 
 		 307 aa  53.9  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0185  spermidine synthase  28.81 
 
 		 286 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.506874 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0182  spermidine synthase  28.81 
 
 		 286 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0190  spermidine synthase  28.81 
 
 		 286 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.241142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0198  spermidine synthase  28.81 
 
 		 286 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0181  spermidine synthase  28.81 
 
 		 286 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00120  spermidine synthase  27.97 
 
 		 288 aa  52  0.000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00387054  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3481  spermidine synthase  27.97 
 
 		 288 aa  52  0.000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00013489  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00119  hypothetical protein  27.97 
 
 		 288 aa  52  0.000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00179737  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0125  spermidine synthase  27.97 
 
 		 288 aa  52  0.000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000567912  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0123  spermidine synthase  27.97 
 
 		 288 aa  52  0.000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.705101  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3538  spermidine synthase  27.97 
 
 		 288 aa  52  0.000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00580941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0131  spermidine synthase  27.97 
 
 		 288 aa  52  0.000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.316229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0128  spermidine synthase  27.97 
 
 		 288 aa  52  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000545109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0155  spermidine synthase  25.41 
 
 		 276 aa  51.6  0.000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.164944  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2319  Spermine synthase  31.08 
 
 		 309 aa  51.6  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.961165  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0886  spermidine synthase  26.51 
 
 		 310 aa  51.2  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.176516 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1565  Spermine synthase  27.44 
 
 		 312 aa  51.6  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.673187  normal  0.0572452 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0896  spermidine synthase  25.68 
 
 		 279 aa  51.2  0.00001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1086  spermidine synthase  26.53 
 
 		 280 aa  50.4  0.00002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1812  Spermine synthase  26.15 
 
 		 301 aa  50.1  0.00003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0831  spermidine synthase  26.35 
 
 		 280 aa  50.1  0.00003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0583  spermidine synthase  31.43 
 
 		 290 aa  50.1  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923404 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1825  spermidine synthase  26.35 
 
 		 280 aa  49.7  0.00004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2229  spermidine synthase  30.99 
 
 		 279 aa  49.3  0.00005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29501  spermidine synthase  29.29 
 
 		 286 aa  49.3  0.00005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2836  spermidine synthase  27.97 
 
 		 287 aa  49.3  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4961  Spermine synthase  27.78 
 
 		 313 aa  49.3  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.787243 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42690  spermidine synthase  28.81 
 
 		 286 aa  48.9  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3584  spermidine synthase  28.81 
 
 		 286 aa  48.9  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2794  spermidine synthase  24.84 
 
 		 286 aa  48.5  0.00008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0529  spermidine synthase  26.25 
 
 		 283 aa  47.4  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0515  spermidine synthase  26.25 
 
 		 283 aa  47.4  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23820  spermidine synthase  26.92 
 
 		 286 aa  47.4  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1691  spermidine synthase  27.87 
 
 		 283 aa  46.6  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2661  Spermine synthase  29.71 
 
 		 1078 aa  46.6  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.530948  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1732  spermidine synthase  27.97 
 
 		 291 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4705  spermidine synthase  29.95 
 
 		 283 aa  46.6  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.725574 
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_55177  spermine/spermidine synthase  26.9 
 
 		 299 aa  45.8  0.0006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3735  spermidine synthase  24.79 
 
 		 499 aa  45.4  0.0007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3062  spermine synthase  26.11 
 
 		 983 aa  45.4  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2756  Spermine synthase  29.71 
 
 		 1078 aa  45.4  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1864  spermidine synthase  27.12 
 
 		 286 aa  45.4  0.0008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0174037  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1034  hypothetical protein  37.04 
 
 		 268 aa  44.3  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0225297  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>