69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2709 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2709  hypothetical protein  100 
 
 		 223 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.388652  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2427  hypothetical protein  83.41 
 
 		 223 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.152431  decreased coverage  0.00356275 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5786  hypothetical protein  67.26 
 
 		 226 aa  285  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0642937 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2873  hypothetical protein  67.42 
 
 		 223 aa  285  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478117  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6689  hypothetical protein  65.92 
 
 		 226 aa  271  4.0000000000000004e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0339432  normal  0.323888 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5586  hypothetical protein  64.13 
 
 		 224 aa  265  5.999999999999999e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.196693  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3084  hypothetical protein  62.05 
 
 		 223 aa  260  1e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.160191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4395  hypothetical protein  58.48 
 
 		 261 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.167222  normal  0.681676 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3479  putative spermidine synthase  62.67 
 
 		 228 aa  252  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.744085 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1380  hypothetical protein  60.63 
 
 		 224 aa  243  1.9999999999999999e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1836  hypothetical protein  62.44 
 
 		 222 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1945  hypothetical protein  62.9 
 
 		 222 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.677507 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2221  hypothetical protein  62.9 
 
 		 222 aa  238  5e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.724367 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6395  hypothetical protein  56.05 
 
 		 229 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6276  hypothetical protein  56.95 
 
 		 226 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3004  hypothetical protein  57.4 
 
 		 223 aa  230  1e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.723508  normal  0.126296 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2900  hypothetical protein  58.3 
 
 		 241 aa  230  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.537403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2777  hypothetical protein  57.4 
 
 		 223 aa  228  6e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.565366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1942  hypothetical protein  56.13 
 
 		 223 aa  227  9e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2514  hypothetical protein  54.13 
 
 		 235 aa  226  2e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2978  hypothetical protein  56.7 
 
 		 234 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140741  normal  0.0506844 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1949  spermidine synthase-like protein  58.33 
 
 		 224 aa  214  5.9999999999999996e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3158  hypothetical protein  53.39 
 
 		 229 aa  213  9.999999999999999e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3078  hypothetical protein  51.38 
 
 		 254 aa  206  3e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2952  parallel beta-helix repeat-containing protein  48.88 
 
 		 225 aa  198  5e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.366073 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1397  hypothetical protein  48.23 
 
 		 228 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1008  hypothetical protein  46.85 
 
 		 225 aa  184  9e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000136186  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0416  hypothetical protein  44.89 
 
 		 226 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1730  hypothetical protein  48.43 
 
 		 230 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.399565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0322  hypothetical protein  49.78 
 
 		 258 aa  166  2e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.631089  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0333  hypothetical protein  49.12 
 
 		 259 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.274044  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2076  hypothetical protein  48.43 
 
 		 225 aa  159  3e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2508  hypothetical protein  39.64 
 
 		 243 aa  155  6e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0311  hypothetical protein  49.78 
 
 		 256 aa  155  6e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3145  spermidine synthase-like protein  43.5 
 
 		 234 aa  151  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1116  spermidine synthase-like protein  43.95 
 
 		 234 aa  150  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2635  putative spermidine synthase  41.78 
 
 		 222 aa  149  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00206926  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4725  hypothetical protein  40.09 
 
 		 241 aa  146  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226537  normal  0.100383 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2847  spermidine synthase-like protein  43.11 
 
 		 232 aa  142  4e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00416232  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0542  spermidine synthase-like protein  40 
 
 		 233 aa  118  7e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.654056  hitchhiker  0.00189431 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0451  spermidine synthase-like protein  39.9 
 
 		 233 aa  115  5e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5385  Spermine synthase  38.05 
 
 		 244 aa  105  5e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2397  hypothetical protein  36.32 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  unclonable  0.0000000000263434  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0173  hypothetical protein  37.95 
 
 		 238 aa  94.7  9e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1965  Spermine synthase  31.28 
 
 		 227 aa  93.6  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000563558  normal  0.560071 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1877  hypothetical protein  31.36 
 
 		 240 aa  82  0.000000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.192435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1060  hypothetical protein  34.55 
 
 		 227 aa  79.3  0.00000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1091  hypothetical protein  33.66 
 
 		 248 aa  77.8  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.88322 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1530  hypothetical protein  35.75 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.577651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0693  hypothetical protein  31.02 
 
 		 226 aa  66.2  0.0000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1382  spermine synthase  24.77 
 
 		 305 aa  54.7  0.000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00501465  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2661  Spermine synthase  35.71 
 
 		 1078 aa  53.1  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.530948  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2756  Spermine synthase  35.71 
 
 		 1078 aa  53.1  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1209  hypothetical protein  35.71 
 
 		 1079 aa  52  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.494717  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2319  Spermine synthase  36.57 
 
 		 309 aa  51.2  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.961165  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1730  hypothetical protein  25.93 
 
 		 340 aa  51.2  0.00001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.8235 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0873  hypothetical protein  24.66 
 
 		 340 aa  50.4  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.197999  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0772  spermine synthase / spermidine synthase  27.67 
 
 		 289 aa  48.9  0.00006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0155  spermidine synthase  30.19 
 
 		 276 aa  48.5  0.00008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.164944  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2119  spermine synthase  31.82 
 
 		 903 aa  47.4  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0594434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0181  hypothetical protein  24.17 
 
 		 340 aa  46.6  0.0003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0701  Spermine synthase  30.65 
 
 		 533 aa  44.7  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1994  spermidine synthase  32.32 
 
 		 757 aa  44.3  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3050  spermine synthase  33.33 
 
 		 842 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0866  Spermine synthase  32.54 
 
 		 515 aa  43.5  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12620  spermidine synthase  26.11 
 
 		 523 aa  43.9  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.737758 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4694  spermidine synthase  27.5 
 
 		 522 aa  43.1  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1199  spermidine synthase  27.69 
 
 		 279 aa  42.4  0.006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.928058  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1858  Spermine synthase  27.12 
 
 		 314 aa  42  0.008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.252885  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>