59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_2847 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_2847  spermidine synthase-like protein  100 
 
 
232 aa  471  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00416232  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3145  spermidine synthase-like protein  69.83 
 
 
234 aa  333  1e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1116  spermidine synthase-like protein  69.4 
 
 
234 aa  328  4e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2076  hypothetical protein  66.81 
 
 
225 aa  291  8e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2635  putative spermidine synthase  63.39 
 
 
222 aa  282  3.0000000000000004e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00206926  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5786  hypothetical protein  42.22 
 
 
226 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0642937 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6689  hypothetical protein  41.78 
 
 
226 aa  158  9e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0339432  normal  0.323888 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1380  hypothetical protein  40.71 
 
 
224 aa  154  8e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4395  hypothetical protein  40.17 
 
 
261 aa  153  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.167222  normal  0.681676 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6276  hypothetical protein  42.36 
 
 
226 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6395  hypothetical protein  41.07 
 
 
229 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1008  hypothetical protein  39.73 
 
 
225 aa  149  3e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000136186  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3084  hypothetical protein  39.56 
 
 
223 aa  149  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.160191  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5586  hypothetical protein  42.04 
 
 
224 aa  149  4e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.196693  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3479  putative spermidine synthase  42.08 
 
 
228 aa  149  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.744085 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2221  hypothetical protein  43.11 
 
 
222 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.724367 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3004  hypothetical protein  42.79 
 
 
223 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.723508  normal  0.126296 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2900  hypothetical protein  41.26 
 
 
241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.537403  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2777  hypothetical protein  42.31 
 
 
223 aa  146  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.565366  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1945  hypothetical protein  42.67 
 
 
222 aa  145  5e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.677507 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1836  hypothetical protein  41.96 
 
 
222 aa  144  9e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3158  hypothetical protein  38.28 
 
 
229 aa  143  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2709  hypothetical protein  43.11 
 
 
223 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.388652  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2427  hypothetical protein  41.78 
 
 
223 aa  141  8e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.152431  decreased coverage  0.00356275 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2514  hypothetical protein  40.09 
 
 
235 aa  141  9e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1730  hypothetical protein  41.52 
 
 
230 aa  139  3e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.399565  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0416  hypothetical protein  37.28 
 
 
226 aa  137  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1942  hypothetical protein  35.27 
 
 
223 aa  134  9.999999999999999e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2952  parallel beta-helix repeat-containing protein  37.12 
 
 
225 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.366073 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2978  hypothetical protein  41.26 
 
 
234 aa  132  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140741  normal  0.0506844 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1397  hypothetical protein  36.28 
 
 
228 aa  128  8.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0322  hypothetical protein  40.26 
 
 
258 aa  126  3e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.631089  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0333  hypothetical protein  40.09 
 
 
259 aa  126  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.274044  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2873  hypothetical protein  39.17 
 
 
223 aa  125  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478117  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1949  spermidine synthase-like protein  40.48 
 
 
224 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0311  hypothetical protein  41.3 
 
 
256 aa  112  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3078  hypothetical protein  33.7 
 
 
254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4725  hypothetical protein  35.36 
 
 
241 aa  106  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226537  normal  0.100383 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0542  spermidine synthase-like protein  33.64 
 
 
233 aa  98.6  7e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.654056  hitchhiker  0.00189431 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2508  hypothetical protein  31.25 
 
 
243 aa  97.8  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0451  spermidine synthase-like protein  31.53 
 
 
233 aa  95.5  6e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0173  hypothetical protein  31.9 
 
 
238 aa  82.8  0.000000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2397  hypothetical protein  30.45 
 
 
230 aa  74.7  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  unclonable  0.0000000000263434  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5385  Spermine synthase  28.57 
 
 
244 aa  72.8  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1060  hypothetical protein  32.54 
 
 
227 aa  65.9  0.0000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1877  hypothetical protein  27.83 
 
 
240 aa  65.1  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.192435  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1091  hypothetical protein  32.13 
 
 
248 aa  63.2  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.88322 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1382  spermine synthase  36.29 
 
 
305 aa  62.4  0.000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00501465  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1965  Spermine synthase  22.73 
 
 
227 aa  59.7  0.00000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000563558  normal  0.560071 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1530  hypothetical protein  29.47 
 
 
238 aa  57  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.577651  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0693  hypothetical protein  27.18 
 
 
226 aa  52  0.000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2319  Spermine synthase  34 
 
 
309 aa  50.1  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.961165  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4694  spermidine synthase  31.11 
 
 
522 aa  48.9  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1569  spermidine synthase  29.46 
 
 
508 aa  47  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_40897  Spermidine synthase  30.43 
 
 
328 aa  47  0.0002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.862336 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2169  spermidine synthase  31.48 
 
 
296 aa  45.4  0.0008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0714  spermidine synthase  35.56 
 
 
320 aa  44.3  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2884  spermidine synthase  30.3 
 
 
292 aa  42.7  0.005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0746  spermidine synthase  34.81 
 
 
320 aa  42.4  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>