62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4725 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4725  hypothetical protein  100 
 
 		 241 aa  479  1e-134  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226537  normal  0.100383 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2508  hypothetical protein  68.64 
 
 		 243 aa  313  1.9999999999999998e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2427  hypothetical protein  42.73 
 
 		 223 aa  158  9e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.152431  decreased coverage  0.00356275 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3479  putative spermidine synthase  46.77 
 
 		 228 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.744085 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6276  hypothetical protein  46.56 
 
 		 226 aa  148  9e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2709  hypothetical protein  40.09 
 
 		 223 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.388652  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1942  hypothetical protein  44.5 
 
 		 223 aa  145  4.0000000000000006e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1730  hypothetical protein  48.13 
 
 		 230 aa  145  6e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.399565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0322  hypothetical protein  46.88 
 
 		 258 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.631089  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3084  hypothetical protein  42.03 
 
 		 223 aa  144  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.160191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0333  hypothetical protein  47.12 
 
 		 259 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.274044  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2777  hypothetical protein  44.21 
 
 		 223 aa  144  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.565366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4395  hypothetical protein  41.12 
 
 		 261 aa  143  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.167222  normal  0.681676 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0416  hypothetical protein  38.05 
 
 		 226 aa  142  5e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3004  hypothetical protein  43.68 
 
 		 223 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.723508  normal  0.126296 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6395  hypothetical protein  47.06 
 
 		 229 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5786  hypothetical protein  41.75 
 
 		 226 aa  139  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0642937 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1380  hypothetical protein  39.91 
 
 		 224 aa  137  1e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2514  hypothetical protein  44.32 
 
 		 235 aa  137  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2900  hypothetical protein  43.16 
 
 		 241 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.537403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1397  hypothetical protein  40.47 
 
 		 228 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6689  hypothetical protein  41.18 
 
 		 226 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0339432  normal  0.323888 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1008  hypothetical protein  39.77 
 
 		 225 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000136186  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1836  hypothetical protein  45.79 
 
 		 222 aa  132  5e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2952  parallel beta-helix repeat-containing protein  35.43 
 
 		 225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.366073 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1945  hypothetical protein  43.93 
 
 		 222 aa  130  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.677507 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3158  hypothetical protein  40.45 
 
 		 229 aa  129  4.0000000000000003e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2221  hypothetical protein  43.93 
 
 		 222 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.724367 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2978  hypothetical protein  45.4 
 
 		 234 aa  129  6e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140741  normal  0.0506844 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5385  Spermine synthase  43.52 
 
 		 244 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0311  hypothetical protein  46.35 
 
 		 256 aa  127  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2873  hypothetical protein  38.39 
 
 		 223 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478117  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5586  hypothetical protein  38.83 
 
 		 224 aa  124  9e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.196693  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3078  hypothetical protein  43.82 
 
 		 254 aa  123  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0542  spermidine synthase-like protein  37.63 
 
 		 233 aa  121  8e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.654056  hitchhiker  0.00189431 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1949  spermidine synthase-like protein  44.92 
 
 		 224 aa  118  9e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0173  hypothetical protein  39.57 
 
 		 238 aa  116  3e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3145  spermidine synthase-like protein  36.55 
 
 		 234 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2397  hypothetical protein  42.62 
 
 		 230 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  unclonable  0.0000000000263434  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1116  spermidine synthase-like protein  36.13 
 
 		 234 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0451  spermidine synthase-like protein  36.71 
 
 		 233 aa  113  3e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2847  spermidine synthase-like protein  35.36 
 
 		 232 aa  106  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00416232  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1965  Spermine synthase  31.87 
 
 		 227 aa  95.9  5e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000563558  normal  0.560071 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2635  putative spermidine synthase  34.57 
 
 		 222 aa  95.5  7e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00206926  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2076  hypothetical protein  37.56 
 
 		 225 aa  93.6  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1060  hypothetical protein  38.58 
 
 		 227 aa  89  5e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1530  hypothetical protein  27.38 
 
 		 238 aa  56.6  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.577651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1382  spermine synthase  30.77 
 
 		 305 aa  53.9  0.000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00501465  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1569  spermidine synthase  30 
 
 		 508 aa  53.9  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1877  hypothetical protein  24.39 
 
 		 240 aa  52.4  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.192435  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1091  hypothetical protein  26.87 
 
 		 248 aa  52  0.000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.88322 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0701  Spermine synthase  35.59 
 
 		 533 aa  47.4  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5266  spermidine synthase  27.96 
 
 		 514 aa  46.6  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0277  spermidine synthase  29.79 
 
 		 296 aa  45.4  0.0008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.173175  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4694  spermidine synthase  28.24 
 
 		 522 aa  44.7  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0275  spermidine synthase  29.79 
 
 		 293 aa  45.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0154876  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5174  Spermine synthase  34.21 
 
 		 521 aa  44.7  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0206  spermidine synthase  31.08 
 
 		 277 aa  44.3  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2857  spermidine synthase  33.08 
 
 		 817 aa  42.7  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00246642  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0693  hypothetical protein  24.72 
 
 		 226 aa  42.7  0.005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1862  spermidine synthase  31.48 
 
 		 520 aa  42.7  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.672582  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3170  spermidine synthase  33.33 
 
 		 529 aa  41.6  0.01  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0139391  normal  0.072114 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>