87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1949 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1949  spermidine synthase-like protein  100 
 
 		 224 aa  441  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1942  hypothetical protein  70.14 
 
 		 223 aa  293  1e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3158  hypothetical protein  67.69 
 
 		 229 aa  290  2e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1836  hypothetical protein  65.14 
 
 		 222 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2221  hypothetical protein  65.6 
 
 		 222 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.724367 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1945  hypothetical protein  65.14 
 
 		 222 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.677507 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5786  hypothetical protein  60.19 
 
 		 226 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0642937 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6689  hypothetical protein  59.17 
 
 		 226 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0339432  normal  0.323888 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2709  hypothetical protein  58.33 
 
 		 223 aa  232  3e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.388652  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4395  hypothetical protein  58.53 
 
 		 261 aa  231  5e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.167222  normal  0.681676 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3078  hypothetical protein  58.85 
 
 		 254 aa  231  6e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3479  putative spermidine synthase  61.09 
 
 		 228 aa  229  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.744085 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2427  hypothetical protein  58.33 
 
 		 223 aa  228  5e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.152431  decreased coverage  0.00356275 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5586  hypothetical protein  59.91 
 
 		 224 aa  228  6e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.196693  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6276  hypothetical protein  56.95 
 
 		 226 aa  225  4e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3084  hypothetical protein  55.25 
 
 		 223 aa  222  3e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.160191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2873  hypothetical protein  56.36 
 
 		 223 aa  221  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478117  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6395  hypothetical protein  56.76 
 
 		 229 aa  218  6e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3004  hypothetical protein  57.21 
 
 		 223 aa  215  5e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.723508  normal  0.126296 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2777  hypothetical protein  57.21 
 
 		 223 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.565366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2514  hypothetical protein  54.13 
 
 		 235 aa  212  3.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2900  hypothetical protein  55.56 
 
 		 241 aa  207  1e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.537403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1380  hypothetical protein  53.24 
 
 		 224 aa  206  3e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1008  hypothetical protein  46.49 
 
 		 225 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000136186  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2978  hypothetical protein  54.55 
 
 		 234 aa  195  5.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140741  normal  0.0506844 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1397  hypothetical protein  49.78 
 
 		 228 aa  191  8e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0416  hypothetical protein  43.84 
 
 		 226 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2952  parallel beta-helix repeat-containing protein  47.03 
 
 		 225 aa  170  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.366073 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0333  hypothetical protein  48.68 
 
 		 259 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.274044  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0322  hypothetical protein  48.46 
 
 		 258 aa  158  6e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.631089  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1730  hypothetical protein  46.3 
 
 		 230 aa  156  2e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.399565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2635  putative spermidine synthase  44.44 
 
 		 222 aa  150  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00206926  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0311  hypothetical protein  46.9 
 
 		 256 aa  144  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2508  hypothetical protein  43 
 
 		 243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3145  spermidine synthase-like protein  41.35 
 
 		 234 aa  135  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2847  spermidine synthase-like protein  40.48 
 
 		 232 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00416232  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1116  spermidine synthase-like protein  42.31 
 
 		 234 aa  132  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4725  hypothetical protein  44.92 
 
 		 241 aa  129  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226537  normal  0.100383 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2076  hypothetical protein  42.11 
 
 		 225 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0173  hypothetical protein  37.21 
 
 		 238 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2397  hypothetical protein  36.76 
 
 		 230 aa  108  5e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  unclonable  0.0000000000263434  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0451  spermidine synthase-like protein  43.12 
 
 		 233 aa  105  5e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0542  spermidine synthase-like protein  38.22 
 
 		 233 aa  104  9e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.654056  hitchhiker  0.00189431 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1965  Spermine synthase  27.88 
 
 		 227 aa  100  1e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000563558  normal  0.560071 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5385  Spermine synthase  38.38 
 
 		 244 aa  99  6e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1060  hypothetical protein  43.18 
 
 		 227 aa  95.5  6e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0693  hypothetical protein  31.78 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1530  hypothetical protein  33.82 
 
 		 238 aa  70.5  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.577651  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1091  hypothetical protein  30.21 
 
 		 248 aa  69.7  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.88322 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1862  spermidine synthase  33.67 
 
 		 520 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.672582  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1882  spermidine synthase  33.16 
 
 		 520 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.710411  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1928  spermidine synthase  33.16 
 
 		 520 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.259816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1877  hypothetical protein  27.81 
 
 		 240 aa  66.2  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.192435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12620  spermidine synthase  30 
 
 		 523 aa  62.4  0.000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.737758 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0701  Spermine synthase  34.96 
 
 		 533 aa  54.7  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5495  hypothetical protein  31.29 
 
 		 375 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63120  hypothetical protein  31.29 
 
 		 349 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00932566  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1858  Spermine synthase  30.17 
 
 		 314 aa  51.2  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.252885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4694  spermidine synthase  30.97 
 
 		 522 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1691  spermidine synthase  28.83 
 
 		 283 aa  50.1  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1382  spermine synthase  25.76 
 
 		 305 aa  49.7  0.00003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00501465  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0714  spermidine synthase  33.02 
 
 		 320 aa  49.7  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0746  spermidine synthase  33.02 
 
 		 320 aa  49.3  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1812  Spermine synthase  26.45 
 
 		 301 aa  48.9  0.00006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2661  Spermine synthase  33.67 
 
 		 1078 aa  48.1  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.530948  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1565  Spermine synthase  28.81 
 
 		 312 aa  48.1  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.673187  normal  0.0572452 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1209  hypothetical protein  34.69 
 
 		 1079 aa  48.1  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.494717  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2756  Spermine synthase  33.67 
 
 		 1078 aa  47.8  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1156  Spermine synthase  29.58 
 
 		 538 aa  47  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2319  Spermine synthase  31.52 
 
 		 309 aa  46.6  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.961165  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1107  spermidine synthase  25.9 
 
 		 326 aa  46.2  0.0004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3461  spermidine synthase  29.79 
 
 		 503 aa  46.2  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0583  spermidine synthase  25 
 
 		 290 aa  45.8  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923404 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18951  spermidine synthase  26.61 
 
 		 283 aa  44.7  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.454611  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0669  spermidine synthase  25.95 
 
 		 289 aa  44.3  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000146027  normal  0.395519 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3721  spermidine synthase  29.27 
 
 		 285 aa  44.3  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.145685 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0561  spermidine synthase  29.27 
 
 		 285 aa  44.3  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.329575 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4087  spermidine synthase  36 
 
 		 296 aa  45.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0537  spermidine synthase  29.27 
 
 		 285 aa  44.3  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2884  spermidine synthase  30.56 
 
 		 292 aa  44.3  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0772  spermine synthase / spermidine synthase  30.25 
 
 		 289 aa  43.9  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2253  spermine synthase / spermidine synthase  31.71 
 
 		 303 aa  43.9  0.002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.158612 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3503  Spermine synthase  34.25 
 
 		 520 aa  43.5  0.003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.389459  normal  0.637875 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1778  spermidine synthase  26.71 
 
 		 283 aa  42.7  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.251916  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2749  spermidine synthase  29.59 
 
 		 295 aa  42.7  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.53231 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0906  spermidine synthase  28.39 
 
 		 570 aa  42.7  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.975863  normal  0.296256 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0126  spermidine synthase  26.7 
 
 		 519 aa  42  0.007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.597506  decreased coverage  0.0000389155 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>