64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2427 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2427  hypothetical protein  100 
 
 
223 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.152431  decreased coverage  0.00356275 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2709  hypothetical protein  83.41 
 
 
223 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.388652  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5786  hypothetical protein  67.26 
 
 
226 aa  287  8e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0642937 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2873  hypothetical protein  67.87 
 
 
223 aa  284  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478117  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6689  hypothetical protein  66.82 
 
 
226 aa  276  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0339432  normal  0.323888 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5586  hypothetical protein  64.86 
 
 
224 aa  263  1e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.196693  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3084  hypothetical protein  61.43 
 
 
223 aa  252  3e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.160191  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3479  putative spermidine synthase  61.33 
 
 
228 aa  247  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.744085 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1380  hypothetical protein  61.09 
 
 
224 aa  245  4e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1942  hypothetical protein  60.38 
 
 
223 aa  244  4.9999999999999997e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4395  hypothetical protein  58.04 
 
 
261 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.167222  normal  0.681676 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1945  hypothetical protein  62.78 
 
 
222 aa  239  4e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.677507 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2221  hypothetical protein  62.78 
 
 
222 aa  238  6.999999999999999e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.724367 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1836  hypothetical protein  62.33 
 
 
222 aa  237  1e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6395  hypothetical protein  55.8 
 
 
229 aa  231  5e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2514  hypothetical protein  56.05 
 
 
235 aa  231  8.000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2900  hypothetical protein  59.09 
 
 
241 aa  227  9e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.537403  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6276  hypothetical protein  56.11 
 
 
226 aa  224  9e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3004  hypothetical protein  56.95 
 
 
223 aa  224  9e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.723508  normal  0.126296 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2777  hypothetical protein  57.4 
 
 
223 aa  223  1e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.565366  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1949  spermidine synthase-like protein  58.33 
 
 
224 aa  214  7e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3158  hypothetical protein  52.19 
 
 
229 aa  213  1.9999999999999998e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2978  hypothetical protein  57.59 
 
 
234 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140741  normal  0.0506844 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3078  hypothetical protein  53.11 
 
 
254 aa  205  4e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2952  parallel beta-helix repeat-containing protein  47.79 
 
 
225 aa  195  4.0000000000000005e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.366073 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1008  hypothetical protein  48.46 
 
 
225 aa  195  4.0000000000000005e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000136186  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1397  hypothetical protein  47.73 
 
 
228 aa  184  6e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0416  hypothetical protein  44.89 
 
 
226 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1730  hypothetical protein  49.55 
 
 
230 aa  177  1e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.399565  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0322  hypothetical protein  51.54 
 
 
258 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.631089  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0333  hypothetical protein  50.88 
 
 
259 aa  168  7e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.274044  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0311  hypothetical protein  50 
 
 
256 aa  159  5e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4725  hypothetical protein  42.73 
 
 
241 aa  158  8e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226537  normal  0.100383 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3145  spermidine synthase-like protein  42.6 
 
 
234 aa  155  6e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2076  hypothetical protein  45.29 
 
 
225 aa  154  8e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2508  hypothetical protein  40.09 
 
 
243 aa  154  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1116  spermidine synthase-like protein  42.6 
 
 
234 aa  153  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2635  putative spermidine synthase  39.11 
 
 
222 aa  143  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00206926  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2847  spermidine synthase-like protein  41.78 
 
 
232 aa  141  7e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00416232  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0542  spermidine synthase-like protein  38.42 
 
 
233 aa  107  1e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.654056  hitchhiker  0.00189431 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0451  spermidine synthase-like protein  41.24 
 
 
233 aa  107  2e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5385  Spermine synthase  40.2 
 
 
244 aa  104  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0173  hypothetical protein  38.5 
 
 
238 aa  99.4  4e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2397  hypothetical protein  37.56 
 
 
230 aa  97.8  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  unclonable  0.0000000000263434  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1965  Spermine synthase  31.72 
 
 
227 aa  93.6  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000563558  normal  0.560071 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1530  hypothetical protein  36.7 
 
 
238 aa  82.8  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.577651  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1060  hypothetical protein  34.34 
 
 
227 aa  82  0.000000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1877  hypothetical protein  31.69 
 
 
240 aa  81.6  0.000000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.192435  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0693  hypothetical protein  32.09 
 
 
226 aa  73.9  0.000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1091  hypothetical protein  33.83 
 
 
248 aa  70.5  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.88322 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0701  Spermine synthase  32.26 
 
 
533 aa  48.5  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2756  Spermine synthase  34.44 
 
 
1078 aa  47.4  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2661  Spermine synthase  34.44 
 
 
1078 aa  47.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.530948  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5174  Spermine synthase  26.9 
 
 
521 aa  45.8  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1209  hypothetical protein  34.03 
 
 
1079 aa  44.7  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.494717  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2253  spermine synthase / spermidine synthase  29.75 
 
 
303 aa  43.5  0.002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.158612 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2119  spermine synthase  36.67 
 
 
903 aa  44.3  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0594434  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0866  Spermine synthase  32.54 
 
 
515 aa  43.9  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0155  spermidine synthase  27.15 
 
 
276 aa  43.5  0.003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.164944  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0951  spermine synthase  32.59 
 
 
228 aa  42.7  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.18222  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5495  hypothetical protein  30.77 
 
 
375 aa  42  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1395  Spermine synthase  25 
 
 
285 aa  42  0.008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1994  spermidine synthase  32.32 
 
 
757 aa  41.6  0.009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1812  Spermine synthase  26.45 
 
 
301 aa  41.6  0.009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>