63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2873 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2873  hypothetical protein  100 
 
 		 223 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478117  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2709  hypothetical protein  67.42 
 
 		 223 aa  285  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.388652  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2427  hypothetical protein  67.87 
 
 		 223 aa  284  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.152431  decreased coverage  0.00356275 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5786  hypothetical protein  66.22 
 
 		 226 aa  276  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0642937 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6689  hypothetical protein  66.22 
 
 		 226 aa  270  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0339432  normal  0.323888 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5586  hypothetical protein  65.02 
 
 		 224 aa  254  7e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.196693  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3084  hypothetical protein  63.06 
 
 		 223 aa  250  9.000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.160191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3479  putative spermidine synthase  62.22 
 
 		 228 aa  242  3.9999999999999997e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.744085 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4395  hypothetical protein  57.66 
 
 		 261 aa  233  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.167222  normal  0.681676 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1942  hypothetical protein  58.64 
 
 		 223 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1945  hypothetical protein  63.06 
 
 		 222 aa  232  3e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.677507 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2221  hypothetical protein  62.61 
 
 		 222 aa  231  7.000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.724367 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1380  hypothetical protein  59.73 
 
 		 224 aa  230  1e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2900  hypothetical protein  59.09 
 
 		 241 aa  229  3e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.537403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1836  hypothetical protein  61.71 
 
 		 222 aa  228  5e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6395  hypothetical protein  56.82 
 
 		 229 aa  223  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3004  hypothetical protein  57.27 
 
 		 223 aa  223  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.723508  normal  0.126296 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2777  hypothetical protein  57.73 
 
 		 223 aa  222  3e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.565366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3158  hypothetical protein  53.78 
 
 		 229 aa  217  1e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2978  hypothetical protein  58.18 
 
 		 234 aa  212  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140741  normal  0.0506844 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6276  hypothetical protein  54.79 
 
 		 226 aa  211  9e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1949  spermidine synthase-like protein  56.36 
 
 		 224 aa  210  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2514  hypothetical protein  53.64 
 
 		 235 aa  209  4e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3078  hypothetical protein  50.23 
 
 		 254 aa  186  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1730  hypothetical protein  50.22 
 
 		 230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.399565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2952  parallel beta-helix repeat-containing protein  45.78 
 
 		 225 aa  178  5.999999999999999e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.366073 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1008  hypothetical protein  45.09 
 
 		 225 aa  178  7e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000136186  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1397  hypothetical protein  48.21 
 
 		 228 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0416  hypothetical protein  41.96 
 
 		 226 aa  170  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0322  hypothetical protein  47.56 
 
 		 258 aa  152  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.631089  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0333  hypothetical protein  46.9 
 
 		 259 aa  149  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.274044  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0311  hypothetical protein  47.77 
 
 		 256 aa  149  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3145  spermidine synthase-like protein  42.79 
 
 		 234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1116  spermidine synthase-like protein  42.33 
 
 		 234 aa  144  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2508  hypothetical protein  39.72 
 
 		 243 aa  140  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4725  hypothetical protein  38.39 
 
 		 241 aa  127  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226537  normal  0.100383 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2076  hypothetical protein  40.65 
 
 		 225 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2847  spermidine synthase-like protein  39.17 
 
 		 232 aa  125  5e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00416232  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2635  putative spermidine synthase  38.6 
 
 		 222 aa  124  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00206926  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0542  spermidine synthase-like protein  39.89 
 
 		 233 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.654056  hitchhiker  0.00189431 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5385  Spermine synthase  39.11 
 
 		 244 aa  115  6e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0173  hypothetical protein  38.16 
 
 		 238 aa  112  5e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0451  spermidine synthase-like protein  38.59 
 
 		 233 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2397  hypothetical protein  36.11 
 
 		 230 aa  108  8.000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  unclonable  0.0000000000263434  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1965  Spermine synthase  27.57 
 
 		 227 aa  92.8  3e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000563558  normal  0.560071 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1060  hypothetical protein  36.02 
 
 		 227 aa  86.7  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1530  hypothetical protein  34.03 
 
 		 238 aa  76.3  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.577651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1877  hypothetical protein  26.79 
 
 		 240 aa  68.9  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.192435  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1091  hypothetical protein  33.17 
 
 		 248 aa  68.2  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.88322 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0693  hypothetical protein  28 
 
 		 226 aa  56.6  0.0000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1730  hypothetical protein  24.2 
 
 		 340 aa  48.5  0.00008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.8235 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63120  hypothetical protein  30.14 
 
 		 349 aa  45.4  0.0006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00932566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1209  hypothetical protein  34.45 
 
 		 1079 aa  45.4  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.494717  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2756  Spermine synthase  34.17 
 
 		 1078 aa  45.1  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2661  Spermine synthase  33.61 
 
 		 1078 aa  45.4  0.0008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.530948  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5495  hypothetical protein  30.14 
 
 		 375 aa  44.7  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6267  spermidine synthase-like protein  28.57 
 
 		 278 aa  44.7  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.526143 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6553  spermidine synthase-like protein  28.57 
 
 		 278 aa  43.9  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0866  Spermine synthase  32.39 
 
 		 515 aa  43.5  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1812  Spermine synthase  27.56 
 
 		 301 aa  42.7  0.004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5174  Spermine synthase  30.89 
 
 		 521 aa  42.4  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2253  spermine synthase / spermidine synthase  31.71 
 
 		 303 aa  42  0.007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.158612 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12620  spermidine synthase  27.32 
 
 		 523 aa  42  0.008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.737758 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>