76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3145 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3145  spermidine synthase-like protein  100 
 
 		 234 aa  478  1e-134  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1116  spermidine synthase-like protein  97.44 
 
 		 234 aa  468  1.0000000000000001e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2847  spermidine synthase-like protein  69.83 
 
 		 232 aa  333  1e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00416232  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2076  hypothetical protein  64.44 
 
 		 225 aa  286  1e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2635  putative spermidine synthase  64.41 
 
 		 222 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00206926  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5786  hypothetical protein  46.19 
 
 		 226 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0642937 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6689  hypothetical protein  44.39 
 
 		 226 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0339432  normal  0.323888 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4395  hypothetical protein  42.68 
 
 		 261 aa  159  5e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.167222  normal  0.681676 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6276  hypothetical protein  46.6 
 
 		 226 aa  158  7e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3479  putative spermidine synthase  43.07 
 
 		 228 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.744085 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2900  hypothetical protein  43.44 
 
 		 241 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.537403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2777  hypothetical protein  45.15 
 
 		 223 aa  155  6e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.565366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2427  hypothetical protein  42.6 
 
 		 223 aa  155  7e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.152431  decreased coverage  0.00356275 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3084  hypothetical protein  41.44 
 
 		 223 aa  154  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.160191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3004  hypothetical protein  45.15 
 
 		 223 aa  153  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.723508  normal  0.126296 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6395  hypothetical protein  45.15 
 
 		 229 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2221  hypothetical protein  44.84 
 
 		 222 aa  151  7e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.724367 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2709  hypothetical protein  43.5 
 
 		 223 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.388652  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1380  hypothetical protein  41.52 
 
 		 224 aa  150  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1945  hypothetical protein  43.95 
 
 		 222 aa  149  5e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.677507 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5586  hypothetical protein  43.05 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.196693  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2873  hypothetical protein  42.79 
 
 		 223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478117  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1836  hypothetical protein  43.24 
 
 		 222 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1942  hypothetical protein  38.05 
 
 		 223 aa  144  1e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2514  hypothetical protein  43.6 
 
 		 235 aa  143  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1008  hypothetical protein  40.09 
 
 		 225 aa  143  3e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000136186  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2952  parallel beta-helix repeat-containing protein  39.11 
 
 		 225 aa  142  5e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.366073 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1730  hypothetical protein  42.34 
 
 		 230 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.399565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3158  hypothetical protein  36.94 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0333  hypothetical protein  41.92 
 
 		 259 aa  139  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.274044  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0322  hypothetical protein  41.67 
 
 		 258 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.631089  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2978  hypothetical protein  43.93 
 
 		 234 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140741  normal  0.0506844 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1397  hypothetical protein  40.28 
 
 		 228 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0416  hypothetical protein  36 
 
 		 226 aa  135  4e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1949  spermidine synthase-like protein  41.35 
 
 		 224 aa  125  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0311  hypothetical protein  42.04 
 
 		 256 aa  125  7e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3078  hypothetical protein  38.8 
 
 		 254 aa  121  8e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4725  hypothetical protein  36.55 
 
 		 241 aa  115  7.999999999999999e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226537  normal  0.100383 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2508  hypothetical protein  34.15 
 
 		 243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0542  spermidine synthase-like protein  35.05 
 
 		 233 aa  99  5e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.654056  hitchhiker  0.00189431 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0451  spermidine synthase-like protein  32.27 
 
 		 233 aa  97.1  2e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5385  Spermine synthase  33.18 
 
 		 244 aa  83.6  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0173  hypothetical protein  32.76 
 
 		 238 aa  82.8  0.000000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1965  Spermine synthase  27.72 
 
 		 227 aa  73.9  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000563558  normal  0.560071 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2397  hypothetical protein  30.09 
 
 		 230 aa  71.6  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  unclonable  0.0000000000263434  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1060  hypothetical protein  33.15 
 
 		 227 aa  65.9  0.0000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1382  spermine synthase  39.5 
 
 		 305 aa  65.5  0.0000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00501465  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1091  hypothetical protein  29.03 
 
 		 248 aa  60.5  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.88322 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0693  hypothetical protein  28.63 
 
 		 226 aa  60.1  0.00000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1530  hypothetical protein  27.92 
 
 		 238 aa  57.8  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.577651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1877  hypothetical protein  26.84 
 
 		 240 aa  53.5  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.192435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2169  spermidine synthase  38.98 
 
 		 296 aa  53.1  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12620  spermidine synthase  31.51 
 
 		 523 aa  48.5  0.00009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.737758 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4694  spermidine synthase  35 
 
 		 522 aa  47  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1613  spermine synthase  34.15 
 
 		 753 aa  47  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0627097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_40897  Spermidine synthase  31.33 
 
 		 328 aa  46.6  0.0003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.862336 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5495  hypothetical protein  30.99 
 
 		 375 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0383  spermine synthase  26.06 
 
 		 291 aa  46.2  0.0004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2319  Spermine synthase  31.96 
 
 		 309 aa  45.8  0.0006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.961165  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63120  hypothetical protein  29.58 
 
 		 349 aa  45.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00932566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2253  spermine synthase / spermidine synthase  37.35 
 
 		 303 aa  44.3  0.001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.158612 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1691  spermidine synthase  31.87 
 
 		 283 aa  45.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2884  spermidine synthase  28.91 
 
 		 292 aa  45.1  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0714  spermidine synthase  34.91 
 
 		 320 aa  44.3  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0746  spermidine synthase  34.91 
 
 		 320 aa  44.3  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0284  spermine synthase  27.43 
 
 		 289 aa  43.9  0.002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.774661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0669  spermidine synthase  27.17 
 
 		 289 aa  43.1  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000146027  normal  0.395519 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0190  spermidine synthase  29.55 
 
 		 286 aa  43.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.241142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0182  spermidine synthase  29.55 
 
 		 286 aa  43.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0181  spermidine synthase  29.55 
 
 		 286 aa  43.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0198  spermidine synthase  29.55 
 
 		 286 aa  43.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0185  spermidine synthase  26.59 
 
 		 286 aa  43.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.506874 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0906  spermidine synthase  29.25 
 
 		 570 aa  42.7  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.975863  normal  0.296256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1569  spermidine synthase  29.41 
 
 		 508 aa  42.7  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0120  spermidine synthase  27.89 
 
 		 304 aa  42  0.008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.14036  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0239  spermine synthase  30.08 
 
 		 291 aa  42  0.009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.435342 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>