More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_2777 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
171 aa  343  1e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  52.9 
 
 
173 aa  148  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  46.01 
 
 
173 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  48.72 
 
 
159 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  40.35 
 
 
175 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.58 
 
 
180 aa  127  6e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  44.58 
 
 
180 aa  127  6e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  40.94 
 
 
175 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  42.38 
 
 
188 aa  125  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  45.03 
 
 
160 aa  121  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  47.4 
 
 
159 aa  121  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.28 
 
 
166 aa  120  9e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  44.87 
 
 
158 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  40.65 
 
 
166 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.76 
 
 
169 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  40 
 
 
234 aa  114  6e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  43.42 
 
 
158 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  44 
 
 
174 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  36.71 
 
 
165 aa  112  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  40.96 
 
 
170 aa  112  3e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  40.65 
 
 
158 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  39.87 
 
 
158 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  43.04 
 
 
166 aa  108  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.04 
 
 
171 aa  107  5e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00587435 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  40.61 
 
 
188 aa  107  6e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  41.72 
 
 
374 aa  107  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  41.72 
 
 
374 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  43.97 
 
 
194 aa  107  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.62 
 
 
161 aa  105  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  42.33 
 
 
374 aa  105  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.54 
 
 
165 aa  104  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.94 
 
 
161 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  39.88 
 
 
195 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40 
 
 
191 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  40.88 
 
 
440 aa  103  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  41.98 
 
 
172 aa  102  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.94 
 
 
165 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.25 
 
 
203 aa  103  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.82 
 
 
169 aa  102  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  39.29 
 
 
181 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.11 
 
 
162 aa  101  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  38.51 
 
 
183 aa  101  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.61 
 
 
167 aa  100  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.31 
 
 
165 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4021  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.59 
 
 
174 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.58 
 
 
183 aa  99  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  38.62 
 
 
191 aa  98.6  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.62 
 
 
194 aa  98.2  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  33.73 
 
 
179 aa  98.6  4e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  38.46 
 
 
171 aa  98.6  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  39.1 
 
 
171 aa  97.8  6e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2728  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.25 
 
 
165 aa  97.4  7e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122387 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2979  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.37 
 
 
170 aa  97.4  8e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834183  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46660  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.59 
 
 
246 aa  97.4  8e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00128883  hitchhiker  0.00000365459 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.65 
 
 
190 aa  97.4  9e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_003296  RS00872  extracytoplasmic function sigma factor transcription regulator protein  38.71 
 
 
194 aa  96.7  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.037032  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  35.67 
 
 
178 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.67 
 
 
178 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.66 
 
 
176 aa  96.7  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  34.21 
 
 
178 aa  95.9  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.03 
 
 
176 aa  95.5  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  38 
 
 
168 aa  95.5  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  35.14 
 
 
171 aa  95.1  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35.29 
 
 
166 aa  95.1  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  41.79 
 
 
185 aa  94.7  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7286  sigma factor  39.26 
 
 
180 aa  95.1  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.85 
 
 
174 aa  94.4  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  42.41 
 
 
176 aa  94.4  8e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.14 
 
 
165 aa  94  9e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  36.42 
 
 
171 aa  93.2  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  34.57 
 
 
187 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.94 
 
 
169 aa  92.8  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.41 
 
 
162 aa  93.2  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.95 
 
 
170 aa  92.4  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35.33 
 
 
169 aa  91.7  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  36.36 
 
 
182 aa  91.7  4e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.62 
 
 
184 aa  91.7  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4499  RNA polymerase sigma J factor  34.57 
 
 
166 aa  91.7  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00864259  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.3 
 
 
170 aa  91.3  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  38.36 
 
 
236 aa  90.9  7e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  35.1 
 
 
173 aa  90.9  8e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.1 
 
 
173 aa  90.9  8e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  35.1 
 
 
173 aa  90.9  8e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  35.1 
 
 
173 aa  90.9  8e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  35.1 
 
 
173 aa  90.9  8e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  31.76 
 
 
182 aa  90.1  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  34.87 
 
 
202 aa  90.5  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.9 
 
 
174 aa  89.7  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.33 
 
 
159 aa  89  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  39.55 
 
 
172 aa  88.6  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.95 
 
 
187 aa  89  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.93 
 
 
170 aa  88.6  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1861  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38 
 
 
197 aa  88.2  4e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.24154  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.69 
 
 
181 aa  88.2  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.85 
 
 
210 aa  88.2  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.75 
 
 
181 aa  88.6  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.93 
 
 
170 aa  88.6  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  33.99 
 
 
172 aa  88.2  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.03 
 
 
176 aa  88.2  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.95 
 
 
187 aa  88.2  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>