More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5663 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5663  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 333 aa  664    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2055  helix-turn-helix domain-containing protein  41.19 
 
 		 345 aa  235  9e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.580001 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  41.12 
 
 		 349 aa  235  9e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 335 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1108  helix-turn-helix domain-containing protein  40.99 
 
 		 324 aa  231  1e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.18334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 344 aa  224  1e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  40.56 
 
 		 356 aa  223  4.9999999999999996e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 337 aa  218  1e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  36.71 
 
 		 318 aa  211  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  39.69 
 
 		 334 aa  210  2e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  39.81 
 
 		 334 aa  210  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 334 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 333 aa  194  2e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  36.65 
 
 		 322 aa  185  8e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  36.81 
 
 		 325 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 325 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 312 aa  177  2e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 327 aa  176  4e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  36.31 
 
 		 359 aa  171  1e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  30.58 
 
 		 327 aa  168  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  35.69 
 
 		 327 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  32.91 
 
 		 331 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4383  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.433153  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  33.53 
 
 		 324 aa  162  8.000000000000001e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  34.82 
 
 		 329 aa  160  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 329 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2769  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424718 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 330 aa  153  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  32.7 
 
 		 325 aa  152  1e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  33.65 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  31.95 
 
 		 329 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  35.67 
 
 		 313 aa  147  3e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 312 aa  145  7.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1077  AraC family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  34.91 
 
 		 307 aa  144  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1077  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 320 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.474805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2206  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 320 aa  141  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.933189  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9089  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 327 aa  138  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2108  AraC family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.965322 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4545  AraC family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 311 aa  137  4e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  31.41 
 
 		 303 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 311 aa  136  6.0000000000000005e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1516  transcriptional regulator, AraC family  33.23 
 
 		 321 aa  135  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0842  transcriptional regulator, AraC family  31.97 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6761  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.844239 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2206  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 317 aa  133  3e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6608  AraC family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 330 aa  133  5e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4017  transcriptional regulator, AraC family  32.48 
 
 		 308 aa  132  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 		 323 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  32.83 
 
 		 335 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  32.16 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1072  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532513  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7194  transcriptional regulator, AraC family  32.1 
 
 		 319 aa  130  4.0000000000000003e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3354  transcriptional regulator, AraC family  38.33 
 
 		 234 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000174628 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2354  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 318 aa  127  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0793456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  29.38 
 
 		 328 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0667  AraC family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0758  AraC family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 315 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0690  AraC family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.301677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1769  AraC family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 305 aa  126  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158961  normal  0.542492 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4006  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 330 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0152362  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4365  helix-turn-helix domain-containing protein  31.09 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.822927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 214 aa  124  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6114  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 322 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4841  transcriptional regulator, AraC family  29.49 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.579562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2593  AraC family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 315 aa  122  8e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0889  transcriptional regulator, AraC family  33.96 
 
 		 239 aa  122  9e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7080  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  30.11 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0306  AraC family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 315 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0789  AraC family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 315 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1378  transcriptional regulator, AraC family  29.49 
 
 		 304 aa  119  6e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 322 aa  119  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 311 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1604  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 316 aa  119  9e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 317 aa  118  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7590  AraC family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03650  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  34.18 
 
 		 338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2858  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.66 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.113519 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5377  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 349 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.579005  normal  0.811497 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2564  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 349 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.972599 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1659  transcriptional regulator, AraC family  28.13 
 
 		 348 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.278996 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3961  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 349 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0742642 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1052  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2685  normal  0.950103 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3879  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3619  histidine kinase  29.22 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.499169  normal  0.14127 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5151  AraC family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1900  AraC family transcriptional regulator  27.25 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00385171  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3559  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 349 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5240  AraC family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5532  AraC family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.501091 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1449  transcriptional regulator, AraC family  29.97 
 
 		 320 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.380314 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1407  transcriptional regulator, AraC family  29.97 
 
 		 320 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.51399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 313 aa  113  5e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7240  AraC family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 199 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321623  normal  0.193055 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0886  transcriptional regulator, AraC family  32.31 
 
 		 332 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>