More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2741 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2017  extracellular solute-binding protein  76.25 
 
 		 604 aa  960    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2741  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 598 aa  1217    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.982648  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2420  extracellular solute-binding protein  75.38 
 
 		 601 aa  932    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0712361  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2973  extracellular solute-binding protein  51.42 
 
 		 609 aa  633  1e-180  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2094  extracellular solute-binding protein  54.33 
 
 		 627 aa  631  1e-180  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1964  extracellular solute-binding protein  53.98 
 
 		 627 aa  629  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2128  extracellular solute-binding protein  51.42 
 
 		 603 aa  631  1e-179  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.603606  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3254  extracellular solute-binding protein  51.24 
 
 		 643 aa  620  1e-176  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2081  extracellular solute-binding protein  53.29 
 
 		 624 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1214  extracellular solute-binding protein  53.63 
 
 		 627 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454357 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1014  extracellular solute-binding protein family 5  50.08 
 
 		 628 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.517437  normal  0.0342428 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6015  extracellular solute-binding protein  53.46 
 
 		 624 aa  615  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2062  extracellular solute-binding protein  53.46 
 
 		 624 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.389023  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1810  extracellular solute-binding protein  51.86 
 
 		 624 aa  608  1e-173  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0607685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2109  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  52.18 
 
 		 936 aa  610  1e-173  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.556934  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1636  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  51.19 
 
 		 654 aa  610  1e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106746  normal  0.365226 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1108  extracellular solute-binding protein family 5  50.08 
 
 		 628 aa  608  1e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.762365 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1173  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  52.03 
 
 		 625 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000592479  normal  0.415148 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1607  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  52.18 
 
 		 650 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00266452  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1918  extracellular solute-binding protein family 5  51.68 
 
 		 624 aa  606  9.999999999999999e-173  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.141115  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5371  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  52.68 
 
 		 623 aa  608  9.999999999999999e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1382  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  52.18 
 
 		 650 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3204  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  52.18 
 
 		 650 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0292064  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  49.83 
 
 		 627 aa  604  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1978  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.99 
 
 		 686 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00175999  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2501  extracellular solute-binding protein family 5  50 
 
 		 613 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0677964  normal  0.0181569 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2635  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  52.68 
 
 		 686 aa  600  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63534  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2493  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  52.68 
 
 		 650 aa  599  1e-170  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.409062  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3814  extracellular solute-binding protein  49.58 
 
 		 650 aa  598  1e-170  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0812118 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2547  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  52.68 
 
 		 650 aa  600  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.524722  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  49.83 
 
 		 661 aa  598  1e-169  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1383  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 640 aa  594  1e-168  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.138715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1237  extracellular solute-binding protein  46.79 
 
 		 622 aa  543  1e-153  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.469932  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1104  extracellular solute-binding protein family 5  45.44 
 
 		 622 aa  526  1e-148  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1448  extracellular solute-binding protein family 5  43.8 
 
 		 651 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2993  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  43.97 
 
 		 625 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.17711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  46.63 
 
 		 658 aa  502  1e-141  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5001  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  44.14 
 
 		 640 aa  499  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.95388  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  43.92 
 
 		 597 aa  497  1e-139  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1725  extracellular solute-binding protein  43.6 
 
 		 624 aa  498  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0449384  normal  0.081167 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6368  extracellular solute-binding protein  43.1 
 
 		 624 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.230744  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1710  extracellular solute-binding protein  43.1 
 
 		 624 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1277  extracellular solute-binding protein  45.08 
 
 		 641 aa  474  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000168 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1539  extracellular solute-binding protein  40.92 
 
 		 617 aa  464  1e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.738539 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  43.01 
 
 		 609 aa  461  9.999999999999999e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  42.83 
 
 		 611 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  42.5 
 
 		 611 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  42.5 
 
 		 611 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  42.91 
 
 		 615 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  43.03 
 
 		 615 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  42.52 
 
 		 613 aa  449  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  42.5 
 
 		 611 aa  450  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  41.89 
 
 		 600 aa  447  1.0000000000000001e-124  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  40.37 
 
 		 606 aa  440  9.999999999999999e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  43.21 
 
 		 615 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  41.59 
 
 		 613 aa  439  1e-121  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  41.37 
 
 		 615 aa  430  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.08 
 
 		 609 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  41.6 
 
 		 633 aa  429  1e-119  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  41.24 
 
 		 609 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  41.41 
 
 		 626 aa  426  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  42.05 
 
 		 607 aa  424  1e-117  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  39.23 
 
 		 622 aa  421  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2633  extracellular solute-binding protein  42.56 
 
 		 629 aa  418  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.350381  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.37 
 
 		 614 aa  419  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  42.18 
 
 		 670 aa  418  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  41.8 
 
 		 626 aa  415  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.63 
 
 		 618 aa  411  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  39.63 
 
 		 618 aa  411  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0289  extracellular solute-binding protein  39.49 
 
 		 632 aa  412  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  41.64 
 
 		 617 aa  411  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0379  extracellular solute-binding protein  39.93 
 
 		 628 aa  409  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0139  extracellular solute-binding protein  39.83 
 
 		 627 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3534  extracellular solute-binding protein  40.27 
 
 		 626 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.173833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  40.6 
 
 		 615 aa  404  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0267  bacterial extracellular solute-binding protein, family 5  39.46 
 
 		 638 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  39.35 
 
 		 603 aa  402  1e-111  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  40.2 
 
 		 602 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4213  extracellular solute-binding protein family 5  39.28 
 
 		 621 aa  402  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.238618  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  40.55 
 
 		 627 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2902  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 622 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.19921  normal  0.272453 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  39.97 
 
 		 609 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3728  extracellular solute-binding protein  40.07 
 
 		 621 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3914  extracellular solute-binding protein family 5  40.07 
 
 		 630 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  39.53 
 
 		 616 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  41.46 
 
 		 621 aa  396  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1771  extracellular solute-binding protein  39.62 
 
 		 625 aa  398  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.0344403 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0421  extracellular solute-binding protein family 5  41.03 
 
 		 641 aa  398  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.427516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  41.08 
 
 		 641 aa  395  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  36.39 
 
 		 610 aa  396  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  39.22 
 
 		 626 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  38.74 
 
 		 622 aa  395  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  39.64 
 
 		 609 aa  395  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  36.39 
 
 		 622 aa  395  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  39.77 
 
 		 590 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  39.64 
 
 		 646 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0387  extracellular solute-binding protein family 5  40.27 
 
 		 637 aa  394  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.651599 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  38.85 
 
 		 611 aa  393  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0342  extracellular solute-binding protein  40.27 
 
 		 637 aa  395  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  38.63 
 
 		 609 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>