More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3716 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  78.25 
 
 		 609 aa  965    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  80.23 
 
 		 609 aa  1003    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  100 
 
 		 609 aa  1253    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  80.4 
 
 		 609 aa  998    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  97.37 
 
 		 609 aa  1227    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  83.64 
 
 		 610 aa  1034    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  79.09 
 
 		 616 aa  980    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  76.19 
 
 		 626 aa  970    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  80.07 
 
 		 646 aa  1002    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  75.86 
 
 		 609 aa  967    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  80.41 
 
 		 590 aa  991    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  50.09 
 
 		 633 aa  592  1e-168  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  47.6 
 
 		 600 aa  575  1.0000000000000001e-163  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  48.87 
 
 		 615 aa  565  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  46.12 
 
 		 613 aa  547  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  47.42 
 
 		 615 aa  544  1e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  46.22 
 
 		 609 aa  541  9.999999999999999e-153  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  44.79 
 
 		 615 aa  531  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  47.11 
 
 		 611 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  45.66 
 
 		 618 aa  523  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  46.22 
 
 		 615 aa  525  1e-147  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  45.66 
 
 		 618 aa  520  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  45.75 
 
 		 613 aa  517  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  45.36 
 
 		 611 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  45.18 
 
 		 611 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  45.34 
 
 		 603 aa  514  1e-144  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  45.36 
 
 		 611 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  44.99 
 
 		 670 aa  506  9.999999999999999e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  42.14 
 
 		 606 aa  501  1e-140  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  44.22 
 
 		 626 aa  483  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  43.05 
 
 		 602 aa  483  1e-135  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  41.37 
 
 		 622 aa  476  1e-133  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  43.07 
 
 		 607 aa  474  1e-132  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  42.11 
 
 		 658 aa  474  1e-132  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.49 
 
 		 610 aa  473  1e-132  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  43.76 
 
 		 628 aa  472  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  40.86 
 
 		 622 aa  467  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  41.56 
 
 		 611 aa  468  9.999999999999999e-131  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  42.76 
 
 		 626 aa  462  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  42.81 
 
 		 615 aa  464  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  42.95 
 
 		 627 aa  463  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0535  putative peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  40.75 
 
 		 611 aa  459  9.999999999999999e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  40.96 
 
 		 597 aa  461  9.999999999999999e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3254  extracellular solute-binding protein  41.91 
 
 		 643 aa  457  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  42.83 
 
 		 635 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0139  extracellular solute-binding protein  41.82 
 
 		 627 aa  449  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3728  extracellular solute-binding protein  41.35 
 
 		 621 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  41.14 
 
 		 638 aa  451  1e-125  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  42.81 
 
 		 617 aa  451  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  41.5 
 
 		 631 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.83 
 
 		 614 aa  448  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0289  extracellular solute-binding protein  41.02 
 
 		 632 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3741  extracellular solute-binding protein  43.06 
 
 		 623 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0655  ABC peptide transporter  41.89 
 
 		 633 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1497  ABC transporter periplamic substrate-binding protein  39.94 
 
 		 602 aa  447  1.0000000000000001e-124  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  42.93 
 
 		 631 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  43 
 
 		 621 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2786  extracellular solute-binding protein  39.94 
 
 		 602 aa  447  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.426757  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0267  bacterial extracellular solute-binding protein, family 5  41.02 
 
 		 638 aa  445  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2773  extracellular solute-binding protein  39.83 
 
 		 600 aa  443  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1771  extracellular solute-binding protein  40.24 
 
 		 625 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.0344403 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3914  extracellular solute-binding protein family 5  42.26 
 
 		 630 aa  442  1e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3315  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  40.83 
 
 		 604 aa  444  1e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.644955  normal  0.133502 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0526  extracellular solute-binding protein  41.48 
 
 		 643 aa  445  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0241638  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2326  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  40.83 
 
 		 604 aa  445  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00440714 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1014  extracellular solute-binding protein family 5  41.16 
 
 		 628 aa  445  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.517437  normal  0.0342428 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3534  extracellular solute-binding protein  40.78 
 
 		 626 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.173833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  42.59 
 
 		 661 aa  443  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2711  ABC transporter, periplamic substrate-binding protein  39.77 
 
 		 602 aa  445  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02107  predicted oligopeptide transporter subunit  40.5 
 
 		 604 aa  442  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.213726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1480  extracellular solute-binding protein family 5  40.07 
 
 		 604 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.173724  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1470  extracellular solute-binding protein  40.5 
 
 		 604 aa  442  9.999999999999999e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000141163  normal  0.0234366 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2902  extracellular solute-binding protein  40.56 
 
 		 622 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.19921  normal  0.272453 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  40.88 
 
 		 627 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2315  ABC transporter, peripllasmic solute-binding proteins  40.5 
 
 		 604 aa  442  9.999999999999999e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2475  ABC transporter, peripllasmic solute-binding proteins  40.5 
 
 		 604 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0542  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  40.72 
 
 		 616 aa  439  9.999999999999999e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0781  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  40.5 
 
 		 604 aa  440  9.999999999999999e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  41.29 
 
 		 659 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0379  extracellular solute-binding protein  41.02 
 
 		 628 aa  441  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1108  extracellular solute-binding protein family 5  40.28 
 
 		 628 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.762365 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02066  hypothetical protein  40.5 
 
 		 604 aa  442  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.250617  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1173  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  41.98 
 
 		 625 aa  438  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000592479  normal  0.415148 
 
 
-
 
NC_004310  BR0009  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  40.71 
 
 		 604 aa  436  1e-121  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0576  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  40.56 
 
 		 615 aa  437  1e-121  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  41.26 
 
 		 631 aa  438  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3073  extracellular solute-binding protein  40.8 
 
 		 622 aa  438  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.18 
 
 		 614 aa  437  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0009  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  40.71 
 
 		 615 aa  437  1e-121  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.193969  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3638  extracellular solute-binding protein  40.41 
 
 		 592 aa  438  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2633  extracellular solute-binding protein  40.47 
 
 		 629 aa  433  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.350381  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2420  extracellular solute-binding protein  41.07 
 
 		 601 aa  432  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0712361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2017  extracellular solute-binding protein  41.18 
 
 		 604 aa  434  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0014  extracellular solute-binding protein  40.44 
 
 		 615 aa  429  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.498204  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0704  ABC peptide transporter, substrate binding protein  40.54 
 
 		 645 aa  430  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.49782  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2359  extracellular solute-binding protein  40.7 
 
 		 645 aa  431  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0844875  normal  0.182874 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  41.65 
 
 		 605 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0422  extracellular solute-binding protein family 5  40.5 
 
 		 625 aa  429  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  41.04 
 
 		 622 aa  429  1e-119  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1917  extracellular solute-binding protein family 5  37.67 
 
 		 601 aa  430  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530573  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>