More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3728 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_0343  extracellular solute-binding protein  58.29 
 
 		 624 aa  687    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0388  extracellular solute-binding protein family 5  58.29 
 
 		 624 aa  688    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.420489  normal  0.698142 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3358  extracellular solute-binding protein  55.59 
 
 		 636 aa  655    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0726814  normal  0.160875 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  70.22 
 
 		 614 aa  882    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0289  extracellular solute-binding protein  77.5 
 
 		 632 aa  995    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  60.03 
 
 		 627 aa  748    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0422  extracellular solute-binding protein family 5  57.91 
 
 		 625 aa  704    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4213  extracellular solute-binding protein family 5  77.59 
 
 		 621 aa  995    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.238618  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  58.44 
 
 		 615 aa  699    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1771  extracellular solute-binding protein  77.76 
 
 		 625 aa  998    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.0344403 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2633  extracellular solute-binding protein  54.09 
 
 		 629 aa  654    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.350381  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  62.71 
 
 		 626 aa  752    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3728  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 621 aa  1269    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3534  extracellular solute-binding protein  78.25 
 
 		 626 aa  989    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.173833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0379  extracellular solute-binding protein  78.18 
 
 		 628 aa  1015    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  53.06 
 
 		 626 aa  650    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3914  extracellular solute-binding protein family 5  56.3 
 
 		 630 aa  668    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0014  extracellular solute-binding protein  45.89 
 
 		 615 aa  541  9.999999999999999e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.498204  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0009  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  45.39 
 
 		 615 aa  535  1e-151  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.193969  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0009  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  45.18 
 
 		 604 aa  524  1e-147  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  44.87 
 
 		 600 aa  517  1.0000000000000001e-145  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4083  twin-arginine translocation pathway signal  47.4 
 
 		 626 aa  514  1e-144  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  45.02 
 
 		 615 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  44.63 
 
 		 670 aa  504  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  44.46 
 
 		 611 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  44.46 
 
 		 611 aa  497  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  44.13 
 
 		 611 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  43.81 
 
 		 611 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  43.69 
 
 		 633 aa  482  1e-135  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  43.92 
 
 		 613 aa  479  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  43.29 
 
 		 615 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  42.61 
 
 		 603 aa  462  1e-129  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.57 
 
 		 618 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  41.89 
 
 		 618 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.35 
 
 		 609 aa  449  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  41.91 
 
 		 609 aa  451  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  40.55 
 
 		 613 aa  443  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  41.08 
 
 		 615 aa  442  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  40.46 
 
 		 590 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  40.46 
 
 		 609 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  40.2 
 
 		 597 aa  441  9.999999999999999e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  40.46 
 
 		 646 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0526  extracellular solute-binding protein  43.02 
 
 		 643 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0241638  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  41.54 
 
 		 609 aa  441  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  39.74 
 
 		 615 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  41.41 
 
 		 610 aa  438  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  40 
 
 		 607 aa  438  1e-121  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0655  ABC peptide transporter  40.83 
 
 		 633 aa  436  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  40.5 
 
 		 609 aa  439  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  40.54 
 
 		 626 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  41.58 
 
 		 611 aa  434  1e-120  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  40.06 
 
 		 609 aa  435  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2359  extracellular solute-binding protein  42.09 
 
 		 645 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0844875  normal  0.182874 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  39.27 
 
 		 659 aa  426  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  38.67 
 
 		 606 aa  422  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0704  ABC peptide transporter, substrate binding protein  41.92 
 
 		 645 aa  425  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.49782  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  39.63 
 
 		 616 aa  423  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  38.58 
 
 		 609 aa  424  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  39.87 
 
 		 614 aa  419  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  39.91 
 
 		 631 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  41.64 
 
 		 658 aa  413  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  39.71 
 
 		 641 aa  414  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  38.58 
 
 		 622 aa  410  1e-113  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  38.67 
 
 		 622 aa  410  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.58 
 
 		 610 aa  409  1e-113  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  40.23 
 
 		 617 aa  410  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  39.16 
 
 		 631 aa  408  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  39.16 
 
 		 635 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  40 
 
 		 631 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  40.54 
 
 		 621 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0387  extracellular solute-binding protein family 5  39.49 
 
 		 637 aa  404  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.651599 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0342  extracellular solute-binding protein  39.59 
 
 		 637 aa  404  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  38.58 
 
 		 602 aa  403  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0421  extracellular solute-binding protein family 5  38.97 
 
 		 641 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.427516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  38.57 
 
 		 605 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1636  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  38.92 
 
 		 654 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106746  normal  0.365226 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2741  extracellular solute-binding protein family 5  40.07 
 
 		 598 aa  399  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.982648  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.5 
 
 		 628 aa  399  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  39.55 
 
 		 627 aa  393  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  38.91 
 
 		 638 aa  395  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2501  extracellular solute-binding protein family 5  38.56 
 
 		 613 aa  393  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0677964  normal  0.0181569 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3029  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  36.97 
 
 		 622 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.778411  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2902  extracellular solute-binding protein  36.97 
 
 		 622 aa  392  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.19921  normal  0.272453 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  39.83 
 
 		 661 aa  392  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2109  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.34 
 
 		 936 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.556934  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1807  extracellular solute-binding protein  40.07 
 
 		 665 aa  383  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.625712  normal  0.143321 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1607  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.22 
 
 		 650 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00266452  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2635  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.94 
 
 		 686 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63534  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3204  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.22 
 
 		 650 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0292064  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2547  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.51 
 
 		 650 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.524722  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2420  extracellular solute-binding protein  39.12 
 
 		 601 aa  383  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0712361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1382  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.22 
 
 		 650 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  38.46 
 
 		 622 aa  383  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1383  extracellular solute-binding protein  37.13 
 
 		 640 aa  382  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.138715  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1173  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  37.98 
 
 		 625 aa  379  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000592479  normal  0.415148 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2017  extracellular solute-binding protein  39.17 
 
 		 604 aa  381  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4446  extracellular solute-binding protein family 5  38.07 
 
 		 610 aa  381  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.215863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1014  extracellular solute-binding protein family 5  37.92 
 
 		 628 aa  382  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.517437  normal  0.0342428 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3246  extracellular solute-binding protein  38.39 
 
 		 602 aa  381  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.645009  normal  0.0170676 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1645  extracellular solute-binding protein family 5  36.7 
 
 		 602 aa  380  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.819399  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>