More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_0289 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  100 
 
 
606 aa  1255    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  52.65 
 
 
615 aa  628  1e-178  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  49.16 
 
 
615 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  48.81 
 
 
609 aa  596  1e-169  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  49.23 
 
 
613 aa  594  1e-168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  48.98 
 
 
611 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  49.15 
 
 
611 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  48.89 
 
 
611 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  49.83 
 
 
615 aa  592  1e-168  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  48.72 
 
 
611 aa  591  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  47.81 
 
 
600 aa  586  1e-166  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  49.3 
 
 
618 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  49.3 
 
 
618 aa  579  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  46.67 
 
 
633 aa  580  1e-164  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  48.87 
 
 
670 aa  580  1e-164  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  49.12 
 
 
613 aa  579  1e-164  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  47.61 
 
 
607 aa  576  1.0000000000000001e-163  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  47.77 
 
 
603 aa  562  1.0000000000000001e-159  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  47.25 
 
 
611 aa  543  1e-153  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  45.88 
 
 
615 aa  529  1e-149  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  44.88 
 
 
628 aa  528  1e-148  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  44.08 
 
 
617 aa  508  9.999999999999999e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  43.38 
 
 
602 aa  504  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  43.6 
 
 
597 aa  504  1e-141  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.14 
 
 
609 aa  501  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  43.34 
 
 
610 aa  500  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  43.81 
 
 
641 aa  497  1e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  41.54 
 
 
609 aa  498  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  42.32 
 
 
609 aa  492  9.999999999999999e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  43.99 
 
 
621 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0421  extracellular solute-binding protein family 5  43.2 
 
 
641 aa  489  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.427516  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0387  extracellular solute-binding protein family 5  43.26 
 
 
637 aa  487  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.651599 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  43.8 
 
 
658 aa  485  1e-136  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0342  extracellular solute-binding protein  43.26 
 
 
637 aa  487  1e-136  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  41.61 
 
 
616 aa  484  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  40.52 
 
 
626 aa  483  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  43.85 
 
 
638 aa  479  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  40.39 
 
 
609 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3120  extracellular solute-binding protein  39.67 
 
 
617 aa  476  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.821712 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  40.97 
 
 
615 aa  473  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  40.44 
 
 
609 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  41.7 
 
 
631 aa  474  1e-132  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  40.27 
 
 
609 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  40.61 
 
 
590 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  40.44 
 
 
646 aa  472  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  40.66 
 
 
626 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  40.94 
 
 
627 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  41.52 
 
 
659 aa  467  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  40.6 
 
 
626 aa  466  9.999999999999999e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0535  putative peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  43.49 
 
 
611 aa  461  9.999999999999999e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3366  extracellular solute-binding protein  41.99 
 
 
619 aa  458  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  40.78 
 
 
622 aa  456  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  40.82 
 
 
635 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3729  extracellular solute-binding protein  39.97 
 
 
605 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  40.69 
 
 
631 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3093  extracellular solute-binding protein  39.1 
 
 
640 aa  454  1.0000000000000001e-126  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.311181 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  39.57 
 
 
631 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  39.04 
 
 
622 aa  449  1e-125  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2773  extracellular solute-binding protein  40.78 
 
 
600 aa  449  1e-125  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0422  extracellular solute-binding protein family 5  40.21 
 
 
625 aa  450  1e-125  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175563  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02107  predicted oligopeptide transporter subunit  41.81 
 
 
604 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.213726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1480  extracellular solute-binding protein family 5  41.98 
 
 
604 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.173724  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0139  extracellular solute-binding protein  40.27 
 
 
627 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2315  ABC transporter, peripllasmic solute-binding proteins  41.98 
 
 
604 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02066  hypothetical protein  41.81 
 
 
604 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.250617  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0781  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  41.81 
 
 
604 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2326  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  41.81 
 
 
604 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440714 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.93 
 
 
610 aa  446  1.0000000000000001e-124  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3315  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  41.64 
 
 
604 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.644955  normal  0.133502 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  39.97 
 
 
622 aa  448  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1470  extracellular solute-binding protein  41.81 
 
 
604 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000141163  normal  0.0234366 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2902  extracellular solute-binding protein  38.82 
 
 
622 aa  444  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.19921  normal  0.272453 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  38.12 
 
 
638 aa  445  1e-123  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2475  ABC transporter, peripllasmic solute-binding proteins  41.47 
 
 
604 aa  445  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0267  bacterial extracellular solute-binding protein, family 5  38.88 
 
 
638 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4446  extracellular solute-binding protein family 5  38.88 
 
 
610 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.215863  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2711  ABC transporter, periplamic substrate-binding protein  40.78 
 
 
602 aa  439  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2567  extracellular solute-binding protein  40.78 
 
 
601 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00156108 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2941  extracellular solute-binding protein family 5  40.74 
 
 
626 aa  442  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2146  extracellular solute-binding protein  40.21 
 
 
661 aa  442  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155446  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7055  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.03 
 
 
614 aa  441  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0391894  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0289  extracellular solute-binding protein  39.21 
 
 
632 aa  436  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1510  extracellular solute-binding protein  39.76 
 
 
620 aa  436  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.14042  normal  0.0541168 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4132  extracellular solute-binding protein family 5  38.55 
 
 
610 aa  437  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2786  extracellular solute-binding protein  40.78 
 
 
602 aa  439  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.426757  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2410  extracellular solute-binding protein  40.78 
 
 
601 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00115101 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2456  extracellular solute-binding protein  40.78 
 
 
601 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2453  extracellular solute-binding protein  40.78 
 
 
601 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.958299  hitchhiker  0.000003014 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1497  ABC transporter periplamic substrate-binding protein  40.78 
 
 
602 aa  439  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2094  extracellular solute-binding protein  40.14 
 
 
627 aa  437  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2547  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.79 
 
 
650 aa  434  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.524722  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1173  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  39.19 
 
 
625 aa  433  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000592479  normal  0.415148 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2129  extracellular solute-binding protein  40.48 
 
 
627 aa  434  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.641802  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3204  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.66 
 
 
650 aa  435  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0292064  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2635  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.79 
 
 
686 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63534  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0388  extracellular solute-binding protein family 5  39.79 
 
 
624 aa  434  1e-120  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.420489  normal  0.698142 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1382  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.66 
 
 
650 aa  435  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2109  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.66 
 
 
936 aa  434  1e-120  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.556934  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2365  extracellular solute-binding protein  40.61 
 
 
601 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0436387  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1964  extracellular solute-binding protein  40.07 
 
 
627 aa  434  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>