More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1645 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02107  predicted oligopeptide transporter subunit  63.29 
 
 		 604 aa  818    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.213726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1480  extracellular solute-binding protein family 5  63.29 
 
 		 604 aa  817    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.173724  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02066  hypothetical protein  63.29 
 
 		 604 aa  818    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.250617  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0781  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  62.79 
 
 		 604 aa  811    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2475  ABC transporter, peripllasmic solute-binding proteins  63.46 
 
 		 604 aa  816    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1916  extracellular solute-binding protein family 5  94.35 
 
 		 602 aa  1186    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2711  ABC transporter, periplamic substrate-binding protein  68.77 
 
 		 602 aa  893    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2336  extracellular solute-binding protein family 5  68.66 
 
 		 603 aa  873    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2456  extracellular solute-binding protein  62.79 
 
 		 601 aa  813    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3315  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  63.29 
 
 		 604 aa  815    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.644955  normal  0.133502 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2432  extracellular solute-binding protein family 5  71.64 
 
 		 603 aa  923    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2786  extracellular solute-binding protein  68.94 
 
 		 602 aa  895    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.426757  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2410  extracellular solute-binding protein  62.79 
 
 		 601 aa  813    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115101 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2315  ABC transporter, peripllasmic solute-binding proteins  63.12 
 
 		 604 aa  816    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2567  extracellular solute-binding protein  62.62 
 
 		 601 aa  811    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156108 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1497  ABC transporter periplamic substrate-binding protein  68.94 
 
 		 602 aa  895    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2453  extracellular solute-binding protein  62.79 
 
 		 601 aa  813    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.958299  hitchhiker  0.000003014 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1645  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 602 aa  1247    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.819399  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2773  extracellular solute-binding protein  65.44 
 
 		 600 aa  824    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3246  extracellular solute-binding protein  66.28 
 
 		 602 aa  860    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.645009  normal  0.0170676 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2365  extracellular solute-binding protein  62.96 
 
 		 601 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0436387  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2326  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  63.46 
 
 		 604 aa  816    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00440714 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1470  extracellular solute-binding protein  63.29 
 
 		 604 aa  818    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000141163  normal  0.0234366 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0535  putative peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  51.09 
 
 		 611 aa  624  1e-177  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0597  extracellular solute-binding protein  41.86 
 
 		 633 aa  503  1e-141  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2274  extracellular solute-binding protein  40.53 
 
 		 600 aa  498  1e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3719  extracellular solute-binding protein  42.93 
 
 		 611 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0280101  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4147  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  42.59 
 
 		 611 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3166  extracellular solute-binding protein  42.68 
 
 		 615 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3472  extracellular solute-binding protein  43.85 
 
 		 611 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0180  extracellular solute-binding protein family 5  41.07 
 
 		 607 aa  471  1.0000000000000001e-131  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0115715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1718  extracellular solute-binding protein  42.59 
 
 		 611 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.359306  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29650  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  42.73 
 
 		 613 aa  468  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000703906  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0448  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.67 
 
 		 628 aa  465  9.999999999999999e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0189227  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3486  ABC transporter periplasmic binding protein  43.18 
 
 		 615 aa  462  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41130  putative binding protein component of ABC transporter  43.36 
 
 		 615 aa  463  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2060  extracellular solute-binding protein  42.4 
 
 		 615 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163136  normal  0.391933 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2181  extracellular solute-binding protein  42.4 
 
 		 613 aa  458  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1538  extracellular solute-binding protein  43.21 
 
 		 609 aa  456  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1348  extracellular solute-binding protein family 5  41.72 
 
 		 603 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0798387  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3717  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.5 
 
 		 618 aa  442  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1758  extracellular solute-binding protein  41.58 
 
 		 618 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  38.76 
 
 		 611 aa  439  9.999999999999999e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37880  putative binding protein component of ABC transporter  41.11 
 
 		 602 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00173754  normal  0.230207 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0249  extracellular solute-binding protein  42.1 
 
 		 670 aa  436  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3716  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.52 
 
 		 609 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1759  extracellular solute-binding protein  39.69 
 
 		 609 aa  428  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2182  extracellular solute-binding protein  38.85 
 
 		 610 aa  428  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3471  extracellular solute-binding protein  38.22 
 
 		 609 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.640162  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4146  peptide ABC transporter, periplamic peptide-binding protein  38.72 
 
 		 609 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3718  extracellular solute-binding protein  38.58 
 
 		 590 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.357391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0289  ABC transporter extracellular solute-binding protein  40.49 
 
 		 606 aa  422  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1719  extracellular solute-binding protein  38.72 
 
 		 646 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244782  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0267  bacterial extracellular solute-binding protein, family 5  39.53 
 
 		 638 aa  419  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2902  extracellular solute-binding protein  38.8 
 
 		 622 aa  422  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.19921  normal  0.272453 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3073  extracellular solute-binding protein  39.63 
 
 		 622 aa  421  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3120  extracellular solute-binding protein  39.32 
 
 		 617 aa  419  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821712 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2061  extracellular solute-binding protein  37.71 
 
 		 616 aa  421  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409615  normal  0.170665 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0845  extracellular solute-binding protein  38.27 
 
 		 638 aa  421  1e-116  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0910462 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0139  extracellular solute-binding protein  39.83 
 
 		 627 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29640  oligopeptide ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  37.52 
 
 		 609 aa  418  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113024  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3029  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  39.31 
 
 		 622 aa  415  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.778411  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3485  putative solute-binding protein  36.69 
 
 		 626 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2153  extracellular solute-binding protein  42.45 
 
 		 597 aa  413  1e-114  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2632  extracellular solute-binding protein  38.94 
 
 		 638 aa  411  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0015  extracellular solute-binding protein  38.24 
 
 		 622 aa  412  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.440164  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41110  putative solute-binding protein  37.54 
 
 		 609 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0514  extracellular solute-binding protein family 5  36.6 
 
 		 617 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.772903  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2633  extracellular solute-binding protein  39.62 
 
 		 629 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.350381  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0248  extracellular solute-binding protein  37.25 
 
 		 626 aa  408  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0010  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  37.25 
 
 		 622 aa  404  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.427067  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0010  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.27 
 
 		 610 aa  403  1e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0393  extracellular solute-binding protein family 5  39.39 
 
 		 658 aa  405  1e-111  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.305694  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0515  extracellular solute-binding protein family 5  38.56 
 
 		 626 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3639  extracellular solute-binding protein  38.71 
 
 		 641 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.294463  normal  0.053682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3741  extracellular solute-binding protein  39.15 
 
 		 623 aa  398  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2646  extracellular solute-binding protein  38.14 
 
 		 599 aa  398  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1615  extracellular solute-binding protein  38.3 
 
 		 627 aa  397  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.316028 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2713  extracellular solute-binding protein  38.29 
 
 		 608 aa  395  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.155019 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1616  extracellular solute-binding protein  37.12 
 
 		 621 aa  395  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3640  extracellular solute-binding protein  39.02 
 
 		 615 aa  392  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.133111 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0422  extracellular solute-binding protein family 5  38.18 
 
 		 625 aa  394  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.175563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0288  extracellular solute-binding protein  37.63 
 
 		 631 aa  390  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0378  extracellular solute-binding protein  38.01 
 
 		 659 aa  390  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.296975  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2788  extracellular solute-binding protein  38.01 
 
 		 640 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0852598  normal  0.110267 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4214  extracellular solute-binding protein family 5  36.03 
 
 		 631 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1770  extracellular solute-binding protein  36.82 
 
 		 635 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.235807  normal  0.035612 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3535  twin-arginine translocation pathway signal  36.99 
 
 		 631 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7054  oligopeptide ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  37.79 
 
 		 614 aa  379  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.334122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3358  extracellular solute-binding protein  36.71 
 
 		 636 aa  380  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0726814  normal  0.160875 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3728  extracellular solute-binding protein  36.7 
 
 		 621 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0342  extracellular solute-binding protein  37.52 
 
 		 637 aa  379  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4084  extracellular solute-binding protein  34.25 
 
 		 622 aa  380  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3078  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  37.42 
 
 		 642 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.926861 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2109  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.93 
 
 		 936 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.556934  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2081  extracellular solute-binding protein  38.99 
 
 		 624 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0343  extracellular solute-binding protein  38.06 
 
 		 624 aa  377  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0387  extracellular solute-binding protein family 5  37.52 
 
 		 637 aa  377  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.651599 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2094  extracellular solute-binding protein  39.72 
 
 		 627 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2062  extracellular solute-binding protein  38.64 
 
 		 624 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.389023  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>